La pandémie Covid-19 a produit des progrès importants dans les tests des virus respiratoires, mais il a également exposé des besoins importants non satisfaits dans le dépistage pour empêcher la propagation des infections dans des contextes à haut risque.
Bien que les tests de PCR (réaction en chaîne par polymérase) soient l'étalon-or pour détecter les infections virales, ils restent un défi pour dépister un grand nombre de personnes dans des endroits vulnérables à l'épidémie – comme les centres de santé et les maisons de soins infirmiers – en raison de coûts élevés et du fait que différents tests sont nécessaires pour chaque virus.
Une nouvelle étude de Yale, cependant, constate qu'une autre stratégie – en utilisant un écouvillonnage nasal pour dépister une protéine antivirale produite par le corps comme défense contre l'infection – peut être une méthode efficace pour éliminer les infections respiratoires, limitant les tests de PCR uniquement à ceux qui sont les plus susceptibles d'être infectés, à une fraction du coût.
L'étude a été publiée en ligne le 20 juin dans La lancet ebiomedicine.
En comparant les résultats des tests de PCR et des projections pour le biomarqueur immunologique chez plus de 1 000 personnes (y compris les enfants et les adultes, certains qui avaient une infection virale, et certains qui ne l'ont pas fait), les chercheurs ont constaté que l'utilisation du test de dépistage moins cher permettrait une réduction de 10 fois ou plus ou plus de la nécessité de tests de PCR.
Cette nouvelle approche, suggèrent les résultats, peut offrir une stratégie précieuse pour gérer les épidémies et pour les dépistages de routine afin de prévenir la transmission des virus à haut risque, a déclaré Ellen F. Foxman, professeur agrégé de médecine de laboratoire et d'immunobiologie à la Yale School of Medicine (YSM) et auteur principal de l'étude.
« Si vous vouliez filtrer chaque personne qui a franchi la porte pour chaque virus respiratoire, ce serait difficile et prohibitif », a déclaré Foxman. « Mais nous savons également que dans certains contextes avec des quartiers proches – comme les milieux militaires, les soins de santé et les établissements de réadaptation, ou les centres de vie assistée – une personne infectée qui pourrait être asymptomatique peut diffuser l'infection à d'autres, y compris des personnes à haut risque de devenir très malades du virus.
« Donc, la question était de savoir comment triagez les tests dans ces paramètres? La plupart des gens n'auront pas de virus, donc vous ne voulez pas faire des tests sophistiqués et coûteux pour eux. Idéalement, vous voulez un test simple et peu coûteux qui vous permet de dire: » OK, vous n'avez pas de virus, vous pouvez vous poursuivre « et ensuite vous concentrer sur les tests supplémentaires sur les personnes qui en ont besoin. »
Les premiers auteurs de l'étude étaient Julien Amat, associé postdoctoral au Foxman's Lab, et Sarah Dudgeon, un doctorat. Étudiant du groupe de recherche de Wade Schulz, professeur agrégé de médecine de laboratoire à Yale. L'étude a également impliqué une équipe d'autres collaborateurs du département de médecine de laboratoire de Yale.
Pour l'étude, les chercheurs se sont appuyés sur une observation faite par le laboratoire de Foxman en 2017: les écouvillons nasaux prélevés sur des patients soupçonnés d'infections respiratoires ont révélé que parmi les tests positifs pour les virus avec des tests de PCR, des défenses antivirales avaient été activées. Ceci, ont-ils conclu, pourraient être utiles pour indiquer la présence d'un virus.
Dans la présente étude, ils se sont concentrés sur la protéine CXCL10 (une cytokine produite dans le passage nasal en réponse à plusieurs virus respiratoires) en utilisant 1 088 échantillons d'écouvillons prélevés à partir de tests de dépistage Covid-19 ou de milieux cliniques à l'hôpital de Yale New Haven. Ils ont ensuite effectué une série d'analyses – y compris une comparaison avec les résultats des tests des tests de PCR effectués en utilisant les mêmes écouvillons et la modélisation mathématique pour prédire les économies des ressources en utilisant le test dans différents scénarios.
Le biomarqueur a bien performé pour prédire les infections virales, indépendamment de l'âge du patient, du sexe ou d'autres données démographiques, a déclaré Foxman.
De plus, l'équipe de recherche a utilisé des enregistrements électroniques pour évaluer les instances lorsque les résultats du dépistage des biomarqueurs et des tests de PCR ne s'alignaient pas (lorsque, par exemple, le test du biomarqueur était négatif, et le test de PCR était positif), et a découvert des facteurs qui pourraient contribuer aux départements.
Par exemple, l'écran des biomarqueurs était moins susceptible d'identifier une infection virale chez les personnes qui prenaient certains médicaments contre le cancer immunosuppressifs. De même, ils ont constaté que parmi les personnes qui avaient été testées positives pour les infections virales par des tests de PCR, mais pour lesquels les charges virales étaient si faibles qu'elles étaient à peine détectables, le dépistage des biomarqueurs était moins susceptible de produire un test positif.
Dans l'ensemble, les chercheurs ont constaté que la méthode des biomarqueurs, si elle est utilisée pour filtrer les populations à faible prévalence de virus (par exemple, les travailleurs du personnel hospitalier ne présentant aucun symptôme d'infection), le dépistage réduirait le besoin de 92% des tests de PCR.
Vous pouvez donc faire moins d'un dixième des tests de PCR tout en identifiant les personnes atteintes d'infections virales. Cette stratégie aurait pu être utile au début de la pandémie de Covid-19, lorsque notre hôpital testait parfois 10 000 personnes ou plus par semaine. « Les chercheurs estiment que le coût des tests de PCR commerciaux est d'environ cinq à 15 fois supérieur au coût des tests de biomarqueurs. Il est excitant de considérer les applications possibles. »
Ellen F. Foxman, professeur agrégé de médecine de laboratoire et d'immunobiologie à la Yale School of Medicine
L'étude a été financée par la concurrence inaugurale du prix d'innovation de Yale-New Haven Health System (YNHHS), une initiative qui soutient les employés de YNHHS et les professeurs de Yale travaillant sur des idées prometteuses avec un potentiel d'impact sur les soins de santé et les National Institutes of Health.
Les autres auteurs de l'étude sont Julien Ar Amat, associé postdoctoral à YSM et membre du Foxman Lab; Sarah N. Dudgeon, un doctorat. candidat au Schulz Research Group; Nagarjuna R. Cheemarla, ancien associé postdoctoral à YSM; Timothy A. Watkins, étudiant diplômé et membre du Foxman Lab; Alex B. Green, un ancien résident de l'hôpital de Yale New Haven qui est maintenant membre de l'hôpital pour enfants de Philadelphie; H. Patrick Young, chercheur associé au Département de médecine de laboratoire; David R. Peaper, professeur agrégé de médecine de laboratoire à YSM; Marie L. Landry, professeur de médecine de laboratoire et de médecine (maladies infectieuses) à YSM; et Wade Schulz, professeur agrégé de médecine de laboratoire à YSM.
