La résistance aux antimicrobiens (RAM) constitue un défi de santé croissant, réduisant l’efficacité des traitements vitaux et augmentant le risque de complications liées aux procédures médicales de routine.
Pour soutenir la recherche mondiale sur la RAM, l'Institut européen de bioinformatique de l'EMBL (EMBL-EBI) a lancé le portail AMR, une plateforme centrale qui relie les génomes bactériens, les phénotypes de résistance et les annotations fonctionnelles, le tout en un seul endroit.
La première version du portail AMR est basée sur un ensemble de données de l'Imperial College de Londres obtenu dans le cadre du projet Comprehensive Assessment of Bacterial-Based Antimicrobien Resistance Forecast from GEnotypes (CABBAGE). Le portail AMR garantit la disponibilité, la standardisation et la réutilisation à long terme des données AMR.
« La résistance aux antimicrobiens est l'un des défis les plus urgents en matière de santé mondiale », a déclaré Helen Parkinson, chef de section à l'EMBL-EBI. « Les travaux sur le portail AMR rassemblent les chercheurs de l'Imperial College et l'expertise de l'EMBL-EBI pour fournir un accès mondial aux connaissances sur la génomique et la résistance aux antibiotiques. Cela jette les bases de la recherche sur la RAM et simplifie l'accès pour les utilisateurs mondiaux.
Que propose le portail AMR ?
Le portail AMR rassemble des types de données expérimentales et informatiques, permettant aux chercheurs d'étudier comment les variantes génétiques se traduisent en résistance aux antimicrobiens.
Les utilisateurs peuvent explorer des données telles que :
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Valeurs de concentration minimale inhibitrice (CMI), qui représentent la concentration la plus faible d'un médicament antimicrobien qui empêche la croissance d'un micro-organisme spécifique
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Sensibilité des micro-organismes aux antibiotiques
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Marqueurs de résistance générés via les flux de travail d'annotation de l'EMBL-EBI, qui identifient les gènes de résistance connus et les mutations à partir de séquences d'ADN
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Exemples de métadonnées, y compris des informations sur les bactéries incluses, les méthodes expérimentales et la provenance de l'ensemble de données
En fournissant des données structurées et de haute qualité à grande échelle, le portail AMR crée également une base pour la formation et l'analyse comparative des systèmes d'apprentissage automatique capables de prédire la résistance des séquences d'ADN et d'améliorer la façon dont la résistance est détectée et surveillée.
« L'objectif de la base de données CABBAGE était de rassembler toutes les données accessibles au public sur la résistance génomique et antimicrobienne dans un format cohérent et réutilisable », a déclaré Leonid Chindelevitch, professeur agrégé de résistance aux antimicrobiens à l'Imperial College de Londres. « Travailler avec l'EMBL-EBI pour créer le portail AMR signifie que ces données sont librement accessibles, permettant à la communauté mondiale de recherche d'explorer plus efficacement les mécanismes de résistance, de rassembler des preuves plus solides pour soutenir les décisions de santé publique et de promouvoir le développement de diagnostics plus précis.
Construit sur l’infrastructure EMBL-EBI
Le portail AMR est alimenté par l'infrastructure de données de l'EMBL-EBI, rassemblant les séquences génomiques, les annotations protéiques et fonctionnelles et les données microbiennes dans un système unique et intégré. Il s'appuie sur les ressources de base de l'EMBL-EBI, en exploitant les données et les logiciels de l'European Nucleotide Archive (ENA), de BioSamples, d'UniProt, d'InterPro, de MGnify et d'Ensembl.
« Ce projet démontre la force de l'infrastructure intégrée d'EMBL-EBI », a déclaré Andy Yates, chef d'équipe d'EMBL-EBI. « En combinant les données, les outils et l'expertise de l'ensemble de l'institut, nous pouvons rendre des informations biologiques complexes accessibles et utilisables à grande échelle. Le portail AMR est un exemple fantastique de la manière dont notre infrastructure partagée nous permet de soutenir la communauté mondiale de recherche.
Le projet de portail AMR rassemble les équipes de recherche et de services de l'EMBL-EBI, combinant l'expertise en génomique, protéines, microbiomes et normes de données pour fournir une ressource unifiée.
« Cette nouvelle ressource AMR de l'EMBL-EBI fournit une collection sans précédent et ouvertement organisée de données phénotypiques sur la résistance aux antimicrobiens », a déclaré Kate Baker, professeur de génomique microbienne appliquée à l'Université de Cambridge. « En reliant les mesures phénotypiques aux informations génomiques, cette initiative permet aux chercheurs de mieux comprendre la relation entre le génotype et la résistance aux antimicrobiens et soutiendra l'effort scientifique mondial visant à lutter contre la RAM. »
Regarder vers l'avenir
Cette version marque la première phase du portail AMR avec davantage de fonctionnalités et de données à venir. Les prochaines étapes se concentreront sur la soumission de données communautaires afin que les chercheurs puissent apporter leurs propres données sur la résistance aux antibiotiques, y compris les résultats de laboratoire et les études publiées. Il est également prévu d'élargir la gamme de gènes de résistance annotés disponibles et d'inclure des annotations protéiques et fonctionnelles d'UniProt et InterPro.
« Il s'agit de la première phase. La prochaine étape consiste à abaisser les obstacles pour les personnes générant des données AMR afin qu'elles puissent être déposées dans les archives de l'EMBL-EBI », a déclaré John Lees, chef de groupe à l'EMBL-EBI. « À mesure que davantage de groupes contribueront, ce portail s'étendra naturellement et deviendra une ressource de plus en plus puissante pour la communauté mondiale de la RAM, permettant la création d'ensembles de données de référence pour les outils de prévision de la RAM et aidant à suivre les tendances de résistance au fil du temps ».
