Les professeurs des départements de microbiologie, de médecine génétique et de sciences génomiques, et de pathologie et de médecine cellulaire moléculaire de l’Icahn School of Medicine de Mount Sinai jouent un rôle clé dans un programme des National Institutes of Health (NIH) mis en place pour fournir un réel- évaluation des risques dans le temps des variantes du SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19. Le programme, appelé SARS-CoV-2 Assessment of Viral Evolution (SAVE) et décrit dans un article publié le 31 mars dans Nature, évalue comment les variantes pourraient affecter la transmission, la virulence et la résistance à la fois à l’immunité induite par la maladie (convalescence) et induite par le vaccin.
Le programme SAVE a été créé par le National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), qui fait partie du NIH, en janvier 2021 pour faire face à la menace mondiale pour la santé publique causée par l’augmentation de la diversité génomique du SRAS-CoV-2 et l’émergence de variantes virales qui compromettent l’immunité antivirale protectrice après infection ou vaccination. Il utilise une approche coordonnée pour identifier et conserver les données sur ces variants, leur impact sur l’immunité et leurs effets sur la protection vaccinale.
La science collaborative et le partage ouvert des résultats en temps quasi réel au sein d’une équipe internationale de scientifiques ont défini le programme SAVE et ont facilité la hiérarchisation rapide, le développement de réactifs, les tests et l’évaluation des variantes du SRAS-CoV-2. Le programme SAVE sert de modèle pour la réponse non seulement aux variantes du SRAS-CoV-2, mais aussi à d’autres agents pathogènes émergents. »
Florian Krammer, PhD, professeur de vaccinologie Mount Sinai à Icahn Mount Sinai, coprésident du groupe in vitro du programme SAVE et co-auteur correspondant de l’article
Le programme SAVE est composé d’une équipe internationale de scientifiques spécialisés en virologie, immunologie, vaccinologie, biologie structurale, bioinformatique, génétique virale et évolution. Il a été formé en tant que composant essentiel de génération de données pour le groupe interagences (SIG) SARS-CoV-2 du département américain de la Santé et des Services sociaux et pour faciliter le partage rapide de données avec les partenaires mondiaux et la communauté scientifique. Chaque membre de l’équipe est responsable de contributions clés allant de la curation des mutations virales, à l’analyse bioinformatique, au développement de nouveaux réactifs, au développement et aux tests d’essais, in vitro caractérisation, et in vivo développement de modèles pour contre-mesurer les tests.
Le programme SAVE est divisé en trois groupes de travail : (1) groupe de détection précoce et d’analyse ; (2) In vitro grouper; (3) In vivo grouper. Le groupe de détection précoce utilise des bases de données publiques et des outils d’analyse pour organiser et hiérarchiser les variantes émergentes du SRAS-CoV-2. Le groupe In Vitro évalue l’impact des variants du SRAS-CoV-2 sur les réponses immunitaires humorales et à médiation cellulaire à l’aide de tests in vitro. le In vivo utilise des modèles animaux petits et grands pour tester l’efficacité des vaccins et définir les mécanismes immunitaires et les corrélats de protection. In vitro groupe de virologues/immunologistes permettent de déterminer rapidement les relations entre l’évolution virale et la sensibilité à la neutralisation. À leur tour, ces résultats permettent à l’équipe In Vivo d’évaluer et d’évaluer la protection fournie par la vaccination et/ou une infection antérieure dans des études animales.
L’émergence de la variante B.1.1.529 (Omicron, qui comprend BA.1, BA.1.1 et BA.2), qui contient plus de 30 mutations dans la protéine de pointe, a menacé de réduire l’efficacité du COVID-19 cliniquement approuvé thérapies par anticorps monoclonaux et immunité induite par l’infection et le vaccin contre le virus. Le programme SAVE a rapidement réagi en générant des plasmides et des protéines de pointe, en identifiant les premiers cas d’Omicron (BA.1) à New York, en isolant, en propageant et en distribuant des stocks viraux Omicron authentiques, en partageant des réactifs, en effectuant des tests de liaison et de neutralisation et en évaluant le virus. infection sur différents modèles animaux. Les données de ces études ont été rapidement partagées avec les agences gouvernementales et soumises sous forme de manuscrits sur des serveurs de préimpression pour informer la communauté scientifique au sens large.
Les membres du corps professoral d’Icahn Mount Sinai qui sont essentiels à cet effort comprennent:
- Harm van Bakel, PhD – Agit en tant que membre du groupe de détection précoce et d’analyse. Son laboratoire exploite les données qu’ils ont générées dans le cadre du programme de surveillance des agents pathogènes du mont Sinaï, ainsi que les données des référentiels publics pour identifier et hiérarchiser les nouvelles variantes émergentes à isoler et à caractériser davantage.
- Adolfo García-Sastre, PhD, et Michael Schotsaert, PhD– Diriger le In vivo efforts par le biais des instituts de santé mondiale et des agents pathogènes émergents et du cancer Tisch à Icahn Mount Sinai. Leurs laboratoires ont mis en place des modèles d’infection animale par le SRAS-CoV-2 et disposent d’animaux vaccinés qui peuvent être utilisés pour tester l’efficacité contre les variantes préoccupantes dès leur apparition.
- Viviana Simon, M.D., Ph.D. – Agit en tant que membre du In vitro groupe et supervise la caractérisation des variantes virales pathogènes cultivées à partir d’échantillons prélevés sur des patients cherchant des soins au Mount Sinai Health System.
- Florian Krammer, PhD – Agit à titre de coprésident du In vitro grouper. De plus, le laboratoire Krammer fournit des informations essentielles sur la façon dont les sérums des individus vaccinés contre le COVID-19 continuent de neutraliser les variantes.
« Comme décrit dans l’article, de nombreux composants critiques et sensibles au facteur temps sont impliqués dans une réponse réussie aux variantes émergentes », a déclaré Viviana Simon, MD, PhD, professeur de microbiologie et de médecine et membre du corps professoral du Global Health and Emerging Pathogens Institute à Icahn Mount Sinai, et membre du In vitro groupe du programme SAVE. « Les partenariats comme le programme SAVE doivent continuer à inclure des scientifiques du monde entier pour garantir que les variantes sont rapidement identifiées et caractérisées afin que nous puissions contrer efficacement la menace constante que représentent les pathogènes émergents pour la santé publique mondiale. »
« Tous les membres du Mount Sinai du programme SAVE souhaitent souligner le rôle majeur que le soutien institutionnel et les collaborations avec d’autres groupes Icahn Mount Sinai ont joué dans notre capacité à participer au programme SAVE. Cela n’aurait pas été possible sans la supervision de la biosécurité de Randy Albrecht et le soutien de l’institution pour étendre nos capacités de bioconfinement, ainsi que sans collaborations avec de nombreux collègues de recherche clinique et fondamentale au mont Sinaï », a déclaré Adolfo Garcia-Sastre, PhD, directeur de l’Institut de la santé mondiale et des agents pathogènes émergents et membre de la In vivo groupe du programme SAVE. « Et bien sûr, nous ne voulons pas oublier nos jeunes membres de notre groupe, les professeurs assistants de recherche, les enseignants, les étudiants postdoctoraux, les étudiants au doctorat, les directeurs de laboratoire, les techniciens et les étudiants pré-doctoraux, qui ont participé aux études du programme SAVE. Nous ne pourrions rien faire sans eux. »
