Une récente Microbe à lancette L’étude a utilisé le séquençage du génome entier pour obtenir des informations épidémiologiques sur la transmission de la syphilis.
Étude: Épidémiologie génomique de la syphilis en Angleterre : une étude basée sur la population. Crédit d’image : Tatiana Shepeleva / Shutterstock.com
Sommaire
Arrière-plan
La syphilis est une infection sexuellement transmissible (IST) qui peut être traitée avec des médicaments. Les IST sont des infections bactériennes causées par Treponema pallidum sous-espèce pallidum.
Depuis le début du 21St siècle, le nombre de cas de syphilis a augmenté, en particulier dans les pays à revenu élevé. En fait, les nouveaux cas de syphilis sont passés de 3 011 en 2012 à 8 011 en 2019 en Angleterre. Cette augmentation a été associée au fait que les hommes bisexuels, gays et autres hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes (GBMSM) adoptent un comportement sexuel à haut risque.
Une augmentation de la syphilis a également été enregistrée chez les hommes et les femmes hétérosexuels, ce qui indique la possibilité d’une transmission verticale provoquant une syphilis congénitale. Entre 2015 et 2020, environ 24 cas de syphilis congénitale ont été identifiés en Angleterre. Dans certaines régions d’Angleterre, une augmentation des cas de syphilis a été enregistrée chez les femmes et les GBMSM, indiquant ainsi un réseau sexuel superposé comme cause sous-jacente d’une diffusion plus large.
La surveillance épidémiologique n’a pas fourni suffisamment de données sur la dynamique de la transmission de la syphilis. Par exemple, l’analyse de cas regroupés dans l’espace et dans le temps suggère une seule épidémie et une seule chaîne de transmission ; cependant, cette épidémie pourrait également provenir de réseaux de transmission non liés.
Les techniques moléculaires aident à déterminer les éléments génétiquement liés T. pallidum souches. Cependant, cette méthode ne peut pas définir avec précision des groupes de souches qui pourraient indiquer des délais épidémiologiquement importants.
L’application du séquençage du génome entier (WGS) a montré la présence mondiale de deux virus cocirculants T. pallidum lignées, dont Nichols et SS14. Ces lignées ont été subdivisées en dix-sept sous-lignées et singletons.
À propos de l’étude
L’étude actuelle a utilisé le WGS pour comprendre la dynamique de transmission de la syphilis aux niveaux national et régional. T. pallidum-des échantillons d’ADN génomique positifs ont été obtenus auprès de la United Kingdom Health Security Agency (UKHSA), à Londres, et de cinq laboratoires qui effectuent des analyses moléculaires en interne. T. pallidum tests diagnostiques.
Toutes les données pertinentes ont été extraites de l’ensemble de données sur l’activité des cliniques de médecine génito-urinaire (GUMCAD). Des analyses phylogénomiques des échantillons génomiques ont été effectuées.
Lignées locales de T. pallidum des échantillons ont été identifiés ainsi que leurs groupes de transmission en fonction de l’emplacement ou de l’orientation sexuelle. De plus, la distribution et la fréquence des allèles conférant une résistance aux macrolides parmi T. pallidum les sous-lignées ont été évaluées.
Résultats de l’étude
L’étude actuelle a lié les métadonnées spatio-temporelles, démographiques et comportementales des patients atteints de syphilis avec celles générées précédemment. T. pallidum génomes de patients diagnostiqués avec la syphilis entre 2012 et 2018 en Angleterre.
Au total, 497 échantillons ont été identifiés entre le 1er janvier 2012 et le 31 octobre 2018 et ont été considérés comme adaptés au WGS. Parmi ces échantillons, les génomes complets de 240 échantillons ont été récupérés, dont 220 ont finalement été pris en compte pour l’analyse.
Environ 90 % des échantillons provenaient d’hommes, 4 % de femmes et le reste était de sexe inconnu. La plupart des échantillons provenaient de Londres, suivis du sud-est de l’Angleterre, du nord-est de l’Angleterre et du sud-ouest de l’Angleterre. De plus, environ 76 % des génomes provenaient de GBMSM, dont 40 % vivaient à Londres et étaient positifs au virus de l’immunodéficience humaine (VIH).
Diverses sous-lignées anglaises ont été identifiées ; cependant, les sous-lignées mondiales 1 et 14 constituaient les groupes dominants. Bien que les deux groupes soient résistants aux macrolides, ils présentent des profils sociodémographiques et spatio-temporels différents des patients.
La sous-lignée 1 est associée à une plus grande diversité d’orientation sexuelle, de statut VIH, de sexe et d’âge, tandis que la sous-lignée 14 est principalement liée aux GBMSM plus âgés. Une autre différence démographique entre les deux groupes est que la sous-lignée 1 a été identifiée dans toutes les régions d’Angleterre, alors que la sous-lignée 14 a été principalement identifiée à Londres et non dans les régions du nord de l’Angleterre, indiquant ainsi que les deux sous-lignées représentent des réseaux de transmission sexuelle distincts.
Étant donné que les deux sous-lignées 1 et 14 comprennent des patients avec et sans VIH, le statut VIH n’est pas significativement corrélé à la transmission de la syphilis. Dans trois cas, des réseaux ou groupes de transmission hétérosexuels distincts ont été identifiés.
Cependant, dans la plupart des cas, les groupes génétiques liés au GBMSM indiquaient une diversité spatio-temporelle. Les différences de diversité spatio-temporelle indiquent un comportement différentiel de recherche de partenaire entre les personnes GBMSM et hétérosexuelles.
Un groupe mixte a été trouvé avec des génomes centraux identiques, dont la plupart étaient représentés par GBMSM. L’identification de clusters discrets a révélé la possibilité de résoudre les chaînes de transmission locales pour T. pallidum sur la base de données épidémiologiques détaillées.
Conclusions
L’étude actuelle présente certaines limites, notamment la petite taille de l’échantillon par rapport au nombre total de cas de syphilis au cours de la période d’étude. Il existe une forte possibilité de surreprésentation des échantillons de GBMSM dans la base de données nationale sur le génome.
Malgré ces limites, les résultats de l’étude indiquent l’efficacité du WGS dans l’identification des groupes de transmission pour le suivi épidémiologique. Cette découverte est inestimable pour analyser les épidémies potentielles et formuler des interventions efficaces pour protéger les personnes contre la syphilis.
