L’infection par le virus pandémique, le SRAS-CoV-2, peut réduire le nombre d’espèces bactériennes dans l’intestin d’un patient, la moindre diversité créant un espace pour que les microbes dangereux se développent, selon une nouvelle étude.
L’étude s’appuie sur la prise de conscience que l’utilisation généralisée d’antibiotiques pour lutter contre les infections par des bactéries pathogènes au cours des dernières décennies, en tuant les espèces les plus vulnérables aux médicaments disponibles, a laissé en place davantage d’espèces résistantes aux antibiotiques. De plus, les perturbations des ratios bactériens intestinaux ont déjà été liées à un COVID-19 plus grave.
Cependant, selon les chercheurs, on ne sait pas jusqu’à présent qui est venu en premier, l’infection à coronavirus perturbant le microbiome intestinal ou un intestin déjà affaibli rendant le corps plus vulnérable au virus. La nouvelle étude semble favoriser la première explication. La nouvelle enquête a également révélé que des espèces résistantes aux antibiotiques peuvent s’échapper dans la circulation sanguine, exposant les patients à un risque accru d’infections secondaires potentiellement mortelles.
Dirigée par des chercheurs de la NYU Grossman School of Medicine, l’enquête a impliqué 96 hommes et femmes hospitalisés avec COVID-19 en 2020 à New York et à New Haven, Conn. Les résultats ont montré que la majorité des patients avaient une faible diversité du microbiome intestinal, avec un quart complet dominé par un seul type de bactérie. Dans le même temps, les populations de plusieurs microbes connus pour inclure des espèces résistantes aux antibiotiques ont augmenté, probablement en raison de l’utilisation généralisée d’antibiotiques au début de la pandémie.
On a également observé que ces bactéries résistantes aux antibiotiques présentes dans l’intestin avaient migré dans la circulation sanguine chez 20 % des patients. Les auteurs de l’étude notent que des recherches supplémentaires sont nécessaires pour découvrir pourquoi ce groupe était plus à risque d’infection secondaire alors que d’autres restaient protégés.
Nos résultats suggèrent que l’infection à coronavirus interfère directement avec l’équilibre sain des microbes dans l’intestin, mettant davantage en danger les patients dans le processus. Maintenant que nous avons découvert la source de ce déséquilibre bactérien, les médecins peuvent mieux identifier les patients atteints de coronavirus les plus à risque d’infection secondaire du sang.
Ken Cadwell, PhD, co-auteur principal de l’étude et microbiologiste
La nouvelle étude est la première à montrer que l’infection à coronavirus seule, et non l’utilisation initiale d’antibiotiques pour traiter la maladie comme d’autres experts l’avaient pensé, endommage le microbiome intestinal, explique Cadwell, également professeur aux départements de microbiologie et de médecine de NYU Langone Santé. Il ajoute que l’étude fournit également la première preuve que les mêmes bactéries présentes dans l’intestin pénètrent également dans la circulation sanguine des patients, provoquant des infections dangereuses.
Le rapport est publié en ligne le 1er novembre dans la revue Communication Nature.
Pour l’enquête, les chercheurs ont d’abord infecté des dizaines de souris avec le coronavirus et analysé la composition des espèces bactériennes dans leurs échantillons de selles. Cette étape leur a permis de déterminer si le coronavirus pouvait perturber directement le microbiome indépendamment de l’hospitalisation et du traitement.
Ensuite, ils ont collecté des échantillons de selles et des tests sanguins de patients COVID-19 dans les hôpitaux NYU Langone Health et Yale University pour évaluer la composition des microbes intestinaux et la présence d’une infection secondaire. Si un groupe de bactéries constituait la majorité des bactéries vivant dans l’intestin, il était considéré comme dominant.
« Nos résultats mettent en évidence la façon dont le microbiome intestinal et les différentes parties du système immunitaire du corps sont étroitement interconnectés », déclare l’auteur principal de l’étude, Jonas Schluter, PhD, professeur adjoint au département de microbiologie de NYU Langone et membre de son Institut de génétique des systèmes. . « Une infection chez l’un peut entraîner des perturbations majeures chez l’autre. » Schluter prévient que puisque les patients ont reçu différents types de traitements pour leur maladie, l’enquête n’a pas pu entièrement rendre compte de tous les facteurs qui ont pu contribuer à la perturbation de leur microbiome et aggraver leur maladie.
Selon Schluter, l’équipe d’étude prévoit ensuite d’examiner pourquoi certaines espèces microbiennes sont plus susceptibles de s’échapper de l’intestin pendant le COVID-19. Les chercheurs disent qu’ils ont également l’intention d’explorer comment différents microbes interagissent, ce qui peut contribuer à cette migration dans la circulation sanguine.
