Les anciens peuples d’Asie de l’Est peuvent s’être adaptés à une épidémie de type coronavirus il y a jusqu’à 25000 ans

La pandémie actuelle de coronavirus 2019 (COVID-19), causée par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), a mis en évidence la vulnérabilité de l’humanité aux nouveaux virus.

Les génomes humains modernes contiennent des informations évolutives remontant à des dizaines de milliers d’années. Cette information génétique nous aide à identifier les virus qui avaient affecté les peuples anciens.

Une nouvelle étude menée par des chercheurs de l’Université d’Adélaïde et de l’Université nationale australienne en Australie et de l’Université de l’Arizona aux États-Unis montre qu’une ancienne épidémie de type coronavirus a conduit l’adaptation des peuples d’Asie de l’Est il y a 25000 à 5000 ans. Les résultats de leur étude ont été mis à disposition sur le serveur de pré-impression bioRxiv* en novembre 2020.

Contexte de l’étude

Au cours des deux dernières décennies, des souches de coronavirus ont créé trois épidémies majeures avec des impacts humains importants. La première épidémie, le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), est survenue en Chine en 2002. L’épidémie a infecté plus de 8 000 personnes et fait près de 800 morts.

Quelques années plus tard, le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) a touché environ 2400 personnes et causé plus de 850 décès en Arabie saoudite.

L’épidémie la plus récente a commencé en décembre 2019 dans la ville de Wuhan en Chine. Bien que moins virulente et mortelle, la maladie à coronavirus est bien plus contagieuse. L’épidémie a causé plus de 55,76 millions de personnes et au moins 1,34 million de morts.

Compte tenu de l’ampleur de la pandémie actuelle, des efforts de recherche ont été déployés pour développer de nouveaux vaccins et thérapies afin d’en limiter l’impact. Certains scientifiques se sont concentrés sur la détermination des facteurs qui sous-tendent l’épidémiologie de l’infection.

Les preuves passées suggèrent que d’anciennes épidémies virales se sont produites régulièrement dans l’histoire de l’humanité. Cependant, on ne sait toujours pas si cela a contribué de manière significative aux différences au niveau de la population dans les réponses au SRAS-CoV-2 aujourd’hui.

L’étude

Les chercheurs ont cherché à savoir si les anciennes épidémies de coronavirus avaient généré des différences génétiques au sein et entre les populations humaines modernes.

L’équipe a examiné si les signaux de sélection étaient améliorés au sein d’un ensemble de VIP spécifiques au coronavirus. Ils ont scanné 26 populations humaines diverses des cinq continents pour prouver une forte sélection agissant sur des protéines qui interagissent avec des souches de coronavirus (CoV-VIP).

L’équipe a identifié 42 CoV-VIP manifestant une réponse adaptative coordonnée qui a émergé il y a longtemps (il y a environ 25000 ans), soit 900 générations.

En conséquence, le modèle observé était unique aux ancêtres des Asiatiques de l’Est. L’équipe a également noté que la pression de sélection a créé une réponse robuste à travers les 42 gènes CoV-VIP.

Les chercheurs ont expliqué que la réponse adaptative est probablement le résultat d’une épidémie de coronavirus multigénérationnelle.

Moment de la sélection chez les CoV-VIP: La figure montre la distribution des heures de début de sélection chez les CoV-VIP (distribution rose) par rapport à la distribution des heures de début de sélection à tous les locus du génome (distribution bleue). Des détails sur la façon dont les deux distributions sont comparées par le test de signification des pics et sur la façon dont les heures de début de sélection sont estimées avec Relate sont fournis dans les méthodes STAR.

Une caractéristique de la réponse adaptative observée est que la sélection semble se produire continuellement pendant 20 000 ans. Cela signifie que des pandémies de coronavirus se sont produites tout au long de l’histoire. Par exemple, ces dernières années, des épidémies de coronavirus se sont produites environ toutes les décennies, ce qui suggère que le schéma peut s’être produit tout au long de l’histoire chez les peuples d’Asie de l’Est.

L’équipe a conclu qu’ils pouvaient déduire d’anciennes épidémies virales affectant les ancêtres des populations d’Asie de l’Est. Cela a abouti à des chances d’adaptation coordonnées sur au moins 42 gènes.

<< Nos résultats soulignent l'utilité d'incorporer des approches génomiques évolutives dans des protocoles de recherche médicale standard. En effet, en révélant l'identité de nos anciens ennemis pathogènes, les méthodes génomiques évolutives pourraient en fin de compte améliorer notre capacité à prédire - et donc à prévenir - les épidémies du futur, "ont expliqué les chercheurs.

Épandage continu

Comprendre comment les populations réagissent à la pandémie actuelle peut aider les scientifiques à développer de nouvelles thérapies et vaccins pour enrayer sa propagation.

Jusqu’à présent, il n’y a toujours pas de traitement ni de vaccin disponible pour le COVID-19.

Aux États-Unis, le nombre total de cas a dépassé 11,36 millions, avec plus de 248 000 décès. Des pays comme l’Inde et le Brésil signalent respectivement plus de 8,91 millions et 5,91 millions de cas.

*Avis important

bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas examinés par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.