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Les antidépresseurs affectent-ils la santé intestinale ? Les experts examinent les preuves

par Dr Stéphane Cohen
10 novembre 2025
dans Actualités médicales
Temps de lecture : 6 min
Les antidépresseurs affectent-ils la santé intestinale ? Les experts examinent les preuves

Quel est l’impact des antidépresseurs sur la santé intestinale ? Trois experts expliquent les faits. Conception par MNT; Photographie par Fiordaliso/Getty Images et STEVE GSCHMEISSNER/BIBLIOTHÈQUE DE PHOTOS SCIENTIFIQUES/Getty Images.
  • De plus en plus de preuves montrent que le microbiome intestinal est important pour la santé immunitaire, digestive et globale.
  • Étant donné que les antidépresseurs sont pris par voie orale, certains de leurs ingrédients actifs peuvent atteindre le gros intestin, où vivent la majorité des microbes.
  • Actualités médicales aujourd'hui avait parlé à trois experts médicaux pour en savoir plus sur la façon dont les antidépresseurs couramment prescrits pouvaient façonner et remodeler notre intestin.

Récemment, l’intérêt s’est accru quant à l’impact que les antidépresseurs pourraient avoir sur le microbiome intestinal – les milliards de micro-organismes qui habitent l’intestin.

Une étude récente, par exemple, a conclu que les antidépresseurs, entre autres médicaments, ont un impact sur le microbiome intestinal pendant des années.

De l’autre côté de la médaille, les scientifiques savent désormais que les connexions entre le microbiome intestinal et le cerveau (l’axe intestin-microbiote-cerveau) peuvent influencer la santé mentale.

Cela soulève la possibilité intrigante que la composition de la communauté microbienne intestinale puisse influencer l’efficacité des médicaments antidépresseurs.

Pour cet article, Actualités médicales aujourd'hui a contacté trois experts médicaux pour explorer comment les antidépresseurs pourraient influencer le microbiome. Nous étudions également comment le microbiome intestinal influence l’efficacité du traitement antidépresseur.

Nous nous concentrerons en particulier sur les inhibiteurs sélectifs du recaptage de la sérotonine (ISRS), qui sont les antidépresseurs les plus couramment prescrits.

Il est toutefois essentiel de noter que toute personne prenant des antidépresseurs ne doit pas arrêter son traitement ni modifier son traitement avant d’en avoir parlé à son médecin. Cela peut être dangereux.

Sommaire

  • Quel est l’impact des ISRS sur le microbiome intestinal ? Preuves contradictoires
  • Les ISRS modifient-ils l’intestin de façon permanente ?
  • Le microbiome intestinal peut-il influencer l’efficacité des ISRS ?
  • ISRS et microbiome : en bref
  • Comment soutenir le microbiome intestinal

Quel est l’impact des ISRS sur le microbiome intestinal ? Preuves contradictoires

Même si, à certains égards, cette question semble relativement facile à répondre, il existe un élément supplémentaire qui la rend plus difficile.

Les recherches existantes ont montré que les personnes atteintes d’un trouble dépressif majeur ont une composition microbiologique différente de celle des personnes non atteintes.

Cela signifie que la simple analyse du microbiome intestinal des personnes qui prennent des ISRS ne peut pas vous raconter toute l’histoire : leurs bactéries intestinales étaient probablement différentes avant qu’elles ne prennent les médicaments.

Certaines études ont étudié les microbiomes d'individus prenant des ISRS et d'autres médicaments contre la dépression, identifiant des changements dans les niveaux de certaines espèces. Cependant, ces études n’ont porté que sur le microbiome à un moment donné, il n’est donc pas possible de savoir si ces différences étaient présentes avant que l’individu ne commence à prendre des ISRS.

Pour rendre les choses encore plus complexes, même si des études ont identifié des différences entre les microbiomes d’individus souffrant et non de dépression, il n’existe pas encore de consensus sur les différences précises.

Pourtant, une innovation étude de 2021 fournit quelques informations. Les scientifiques ont recruté 30 personnes souffrant de troubles dépressifs majeurs et 30 témoins sains. Les personnes souffrant de dépression étaient naïves en matière de drogue, ce qui signifie qu’elles n’avaient jamais pris d’ISRS auparavant.

Les chercheurs ont prélevé des échantillons de selles avant que les participants ne commencent le traitement et après que leurs symptômes aient commencé à réagir au traitement. Cela leur a permis de tracer spécifiquement les changements associés au médicament.

Dans l’ensemble, les chercheurs ont conclu que les ISRS modifiaient le microbiome intestinal des personnes souffrant de dépression. À la fin de l’étude, leur microbiome intestinal ressemblait davantage à celui de témoins sains.

Bien que des questions demeurent, cela suggère que les changements dans les bactéries intestinales ne sont pas nécessairement négatifs. Les auteurs ont écrit : « (L)a microbiote intestinal avait tendance à avoir une structure « normale » sous traitement par ISRS, indiquant ainsi un effet positif des ISRS sur le changement du microbiote intestinal. »

Toutefois, les scientifiques doivent poursuivre leurs recherches, car il est bien établi que certains ISRS ont un effet action antibactérienne.

Les ISRS modifient-ils l’intestin de façon permanente ?

Josh Lichtman, DO, psychiatre et directeur médical du Neuro Wellness Spa, a déclaré MNT que, même si les ISRS peuvent légèrement modifier l'équilibre bactérien de l'intestin, « pour la plupart des patients, l'intestin s'ajuste en quelques semaines et revient à sa valeur de base normale ».

Il nous a également déclaré que : « Nous ne voyons aucune preuve que les ISRS causent des dommages durables au microbiome. L'alimentation et le mode de vie ont tendance à avoir une influence beaucoup plus grande sur la santé intestinale que l'utilisation des ISRS. »

Dans le même esprit, Anoop Singh, MD, psychiatre certifié et directeur médical régional de Mindpath Health, a déclaré que :

« Pour la plupart des gens, les changements liés aux ISRS semblent modestes et se stabilisent avec le temps. Il est peu probable que les ISRS causent des dommages durables au microbiome et, dans certains cas, ils peuvent même aider à rétablir l'équilibre perturbé par le stress chronique. »

Le microbiome intestinal peut-il influencer l’efficacité des ISRS ?

Bien que les ISRS puissent changer la donne pour certaines personnes souffrant de dépression, ils ne fonctionnent pas pour tout le monde. On estime que quatre personnes dépressives sur dix qui prennent ces médicaments n’en retirent aucun bénéfice.

Certaines preuves suggèrent que la composition du microbiome intestinal d'un individu peut aider à déterminer si une personne répondra bien aux ISRS ou non.

Une étude a comparé 62 personnes naïves d’antidépresseurs souffrant de trouble dépressif majeur à 41 témoins appariés et en bonne santé. Une fois de plus, les chercheurs ont noté des différences entre les microbiomes des deux groupes.

Après que les personnes du groupe dépression aient suivi 8 semaines de traitement aux ISRS, les scientifiques les ont ensuite divisés en répondeurs qui en ont bénéficié et en non-répondants qui n'en ont pas bénéficié.

Ils ont découvert que certains genres courants de microbes intestinaux étaient présents à des niveaux plus élevés chez ceux qui répondaient au traitement que chez les non-répondants :

  • Blautia— ils sont associés à des bienfaits pour la santé et peuvent tuer certaines bactéries pathogènes
  • Bifidobactérie — ces bactéries soutiennent un intestin et un système immunitaire sains
  • Coprococcus — ceux-ci produisent un acide gras à chaîne courte appelé butyrate, associé à une bonne santé globale ; Il est intéressant de noter que de faibles niveaux de ce genre de bactérie sont associé à la dépression.

« Des preuves émergentes suggèrent une véritable relation à double sens. Le microbiome ne réagit pas seulement aux antidépresseurs ; il peut également aider à déterminer leur efficacité », a déclaré Singh. MNT.

« Plusieurs études ont montré que les personnes ayant un microbiome intestinal plus diversifié et équilibré ont tendance à mieux répondre aux antidépresseurs. C'est un domaine de recherche passionnant », a poursuivi Singh, « et même si nous n'en sommes pas encore au point de choisir des médicaments en fonction d'échantillons de selles, le lien entre la santé intestinale et la réponse aux antidépresseurs devient de plus en plus difficile à ignorer. »

ISRS et microbiome : en bref

Comme pour toutes les facettes du microbiome intestinal, son interaction avec les ISRS n’est en aucun cas simple. Cependant, voici les principaux points à retenir :

  1. les personnes souffrant de dépression ont tendance à avoir des microbiomes nettement différents avant le traitement médicamenteux
  2. Les ISRS modifient la composition du microbiome intestinal, mais au moins certains de ces changements sont positifs ; cependant, les ISRS présentent des propriétés antibactériennes, de sorte que certains des changements pourraient être moins favorables, mais nous avons besoin de plus de recherches
  3. certaines espèces de « bonnes » bactéries intestinales sont associées à de meilleures réponses au traitement ISRS.

Alors que de nombreuses questions et mystères entourent encore le microbiome intestinal et ses liens avec la santé, il devient de plus en plus clair qu’une population saine de bactéries intestinales est bénéfique pour la santé globale.

Bien que d’autres études soient nécessaires, il est possible que le maintien d’une bonne santé intestinale réduise le risque de développer une dépression et améliore l’efficacité des ISRS chez ceux qui les prennent.

Enfin, voici quelques conseils d’experts sur la façon de nourrir un microbiome intestinal sain.

Comment soutenir le microbiome intestinal

« La meilleure façon de soutenir votre microbiome intestinal est d'avoir une alimentation diversifiée, riche en fibres et en plantes », a expliqué Kristen Carli, MS, RD, diététiste professionnelle chez WOWMD.

Elle a dit MNT que cela devrait inclure « des aliments riches en fibres, qui aident à nourrir les bonnes bactéries de nos intestins. C'est également une bonne idée d'inclure de nombreux aliments riches en probiotiques pour remplacer certaines des bonnes bactéries dont la croissance a pu être inhibée ».

Lichtman a suggéré de suivre un « régime alimentaire équilibré, de style méditerranéen et à base de plantes ». Il a également recommandé de rester actif et d’apprendre à gérer efficacement le stress.

« Ces habitudes soutiennent les 'bonnes' bactéries intestinales qui veillent à la fois à la santé digestive et mentale », a-t-il conclu.

Poursuivant le thème, Singh a suggéré aux gens de « donner la priorité à la variété ». Il a ajouté qu’« une alimentation riche en fibres et à base de plantes – comprenant des céréales complètes, des légumineuses, des légumes, des fruits, des noix et des graines – favorise un microbiome plus diversifié ».

« Le yaourt, le kéfir, le kimchi, l'huile d'olive et les baies sont excellents pour nourrir les bactéries bénéfiques, mais peuvent ne pas convenir à tout le monde. Consultez votre fournisseur de soins primaires ou un nutritionniste pour obtenir des conseils spécifiques, y compris l'utilisation de probiotiques », a-t-il conclu.

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Le Dr Cohen écrit depuis 30 ans et est un expert de renommée mondiale dans le domaine de la médecine et du bien-être. Conférencier acclamé, le Dr Stéphane Cohen a donné plus de 100 conférences en Europe ainsi que de nombreuses conférences à l'étranger à divers publics, y compris aux États-Unis.

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