Dans une récente étude publiée sur bioRxiv* serveur de prétirage, les chercheurs ont évalué toutes les caractéristiques, en particulier les propriétés antigéniques et le potentiel de transmission du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) Omicron sous-variant BA.2.75.
Sommaire
Arrière plan
La sous-variante BA.2.75 d’Omicron, descendant de la sous-variante BA.2 d’Omicron, est phylogénétiquement différente de son descendant actuellement prédominant BA.5. Il est crucial d’étudier ses propriétés virologiques pour confirmer si elle constitue une menace plus importante pour la santé publique mondiale que sa souche parentale BA.2 et d’autres sous-variantes d’Omicron, y compris BA.5.
Plus précisément, les études devraient évaluer si BA.2.75 a une efficacité de croissance accrue dans la population humaine, une pathogénicité plus élevée et un potentiel d’évasion de l’immunité humorale. Le phénotype de la protéine S est un déterminant clé de la pathogénicité virale ; par conséquent, des études ont évalué la résistance à l’immunité humorale antivirale en utilisant des substitutions dans la protéine de pointe (S). Par exemple, des études ont démontré que les sous-variantes BA.2 et BA.5 sont résistantes aux sérums d’infection percée BA.1 et BA.2, respectivement. BA.2.75 pourrait probablement acquérir une résistance immunitaire à des variants précédemment dominants pour les surpasser.
Des études préliminaires sur BA.2.75 ont également montré une augmentation potentielle de sa valeur relative de nombre effectif de reproduction (Re) par rapport à BA.5 et au BA.2 d’origine, ce qui fait craindre qu’il puisse bientôt supplanter BA.5 et devenir le prochain SRAS dominant. -Variante CoV-2 sous peu. Le 23 juillet 2022, Nextstrain a classé BA.2.75 comme un nouveau clade, 22D. Comparé au BA.2 S, BA.4/5 porte quatre mutations dans sa protéine S, tandis que BA.2.75 a neuf mutations, à savoir, K147E, W152R, F157L, I210V, G257S et D339H, G446S, N460K et R493Q.
Cinq de ces mutations sont situées à l’intérieur du domaine N-terminal (NTD), et les autres sont imbriquées à l’intérieur du domaine de liaison au récepteur (RBD). Certaines de ces mutations RBD pourraient être responsables de sa sensibilité de neutralisation altérée envers les anticorps monoclonaux thérapeutiques (mAbs) dérivés de sérums d’individus infectés par BA.2 et BA.5. Dans l’ensemble, l’émergence de BA.2.75 a soulevé des inquiétudes quant au fait que le SRAS-CoV-2 évolue continuellement pour échapper à la neutralisation par la vaccination ou les anticorps induits par l’infection et les mAb utilisés en clinique.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont caractérisé de manière exhaustive la sous-variante Omicron BA.2.75, y compris son taux de croissance chez l’homme, son potentiel d’évasion immunitaire humorale, sa résistance aux composés antiviraux, les fonctions de sa protéine S in vitro, et la pathogénicité inhérente. Ils ont construit un modèle hiérarchique bayésien pour comparer le Re relatif entre BA.5 et BA.2.75 en Inde, en tenant compte des différences régionales.
En outre, les chercheurs ont produit des pseudovirus portant des protéines S des sous-variantes d’Omicron – B.1.1, BA.2, BA.5 et BA.2.75 pour tester leur sensibilité aux sérums humains d’individus vaccinés et infectés par le SRAS-CoV-2. Ils ont également évalué la sensibilité à la neutralisation des sérums de hamsters infectés 16 jours après l’infection (dpi). En outre, ils ont préparé les dérivés à base de BA.2 S portant des substitutions BA.2.75 pour délimiter les substitutions responsables de l’immunogénicité différente de BA.2.75 S.
Les chercheurs ont obtenu des isolats cliniques de BA.2.75 et B.1.1 (comme contrôle). Ensuite, ils les ont inoculés dans des organoïdes des voies respiratoires humaines (AO) pour évaluer la sensibilité de BA.2.75 à trois médicaments antiviraux.
En outre, l’équipe a utilisé la protéase HEK293-ACE2/transmembrane, les cellules à sérine 2 (TMPRSS2) et les cellules HEK293-ACE2 pour évaluer l’association de l’utilisation de TMPRSS2 avec l’infectivité accrue du pseudovirus de BA.2.75. Ils ont utilisé un système d’affichage de surface amélioré pour mesurer l’affinité de liaison de l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2) des RBD des dérivés BA.2.75 et BA.2 portant les substitutions D339H, G446S, 315 N460K et R493Q.
Résultats de l’étude
Concernant son émergence, BA.2.75 a émergé indépendamment d’un autre descendant de BA.2, BA.5. Les résultats des tests de fusion cellulaire, des voies respiratoires sur puce et des plaques ont montré qu’il avait acquis une fusogénicité plus élevée après avoir divergé de BA.2, similaire à BA.5. Les auteurs ont noté que la substitution L452R dans BA.5 S provoquait une fusogénicité plus élevée. A l’inverse, la substitution N460K dans BA.2.75 S l’a rendu plus fusogène.
De plus, les auteurs ont observé que la mutation D339H, qui est unique dans le BA.2.75 S, a contribué à son augmentation de l’affinité de liaison à l’ACE2. Le modèle structurel calculé par AlphaFold2 a révélé que la substitution D339H influençait la position de la boucle de liaison de l’acide linoléique entre les résidus 367–378 et augmentait ainsi l’affinité de liaison à ACE2.
In vitro des expériences ont révélé que BA.2.75 se répliquait plus efficacement que BA.2 dans les cellules épithéliales alvéolaires mais pas dans les cellules épithéliales des voies respiratoires, confirmant davantage sa fusogénicité plus élevée via l’évolution de la protéine S indépendamment de BA.5. Bien que les deux soient les descendants de BA.2, BA.2.75 et BA.5 ont présenté une immunogénicité différente. Alors que l’immunogénicité de BA.2.75 était comparable à celle de BA.2, il était hautement résistant à l’immunité induite par BA.5. De plus, sa mutation G446S le rendait résistant aux effets antiviraux des sérums de hamsters infectés par BA.2 et BA.5. Les auteurs ont également noté que trois des cinq substitutions NTD dans BA.2.75 étaient étroitement associées à son potentiel d’évasion de l’immunité humorale induite par BA.5. À l’avenir, BA.2.75 pourrait encore muter le résidu W152 pour échapper à la neutralisation par les sérums d’individus convalescents ou vaccinés.
Heureusement, BA.2.75 a conservé la sensibilité à trois principaux médicaments anti-SRAS-CoV-2, dont le Remdesivir, l’EIDD-1931 et le Nirmatrelvir, et était plus sensible au Remdesivir.
conclusion
L’évaluation systématique des propriétés virologiques du nouveau sous-variant SARS-CoV-2 Omicron BA.2.75 a révélé qu’il avait un taux de croissance dans la population humaine, une fusogénicité et une pathogénicité intrinsèque plus élevés que BA.2. Il pose un plus grand risque pour la santé mondiale, et en raison de Re significativement plus élevé que BA.2 et BA.5 en Inde, comme observé via la surveillance du génome, les auteurs ont prédit que BA.2.75 a le potentiel de surpasser BA.2 et BA. 5.
En raison de sa plus grande résistance à l’immunité induite par BA.5, BA.2.75 pourrait également se propager plus efficacement dans les pays où BA.5 circule (par exemple, l’Australie). Dans l’ensemble, l’étude a mis en évidence la nécessité d’une surveillance continue et attentive de BA.2.75 grâce à une coopération mondiale pour la surveillance génomique virale.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.