Les chercheurs caractérisent la neutralisation de la nouvelle variante SARS-CoV-2 BA.2.86 par des anticorps monoclonaux

Dans une étude récente publiée sur le bioRxiv* serveur de pré-impression, les chercheurs ont utilisé un modèle viral pseudotypé par protéine Spike (S) du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) pour caractériser la neutralisation des variantes du SRAS-CoV-2 BA.2.86 par des anticorps monoclonaux (mAb) et par des sérums obtenus de Stockholm, y compris un groupe récent, et un autre groupe échantillonné avant l’émergence de la variante XBB en Suède.

*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ni être traités comme des informations établies.

Arrière-plan

Une nouvelle variante du SRAS-CoV-2 connue sous le nom de BA.2.86 a récemment fait surface dans neuf pays, dont le Danemark, Israël, les États-Unis d’Amérique, le Royaume-Uni (RU), le Portugal, l’Afrique du Sud, le Canada, la France et la Suède.

Le développement de la variante BA.2.86 est similaire à l’émergence de la variante SARS-CoV-2 Omicron BA.13, avec plus de 30 substitutions d’acides aminés au sein de la glycoprotéine de pointe par rapport à la variante BA.2, y compris de nombreuses mutations dans les principales régions antigéniques.

La nouvelle variante a soulevé des inquiétudes concernant la sensibilité de la variante aux mAb médicaux précédemment autorisés et la mesure dans laquelle la variante peut échapper aux réactions immunitaires médiées par les anticorps dans le scénario actuel, dans lequel les antécédents d’exposition individuels sont une combinaison compliquée de plusieurs maladies à coronavirus 2019 ( COVID-19) et antécédents de COVID-19.

À propos de l’étude

Dans la présente étude, les chercheurs ont vérifié si la variante SARS-CoV-2 BA.2.86 était sensible aux réponses immunitaires existantes en anticorps neutralisants.

Pour l’étude, un modèle viral pseudotypé par glycoprotéine de pointe variante SARS-CoV-2 BA.2.86 a été utilisé. Les chercheurs ont évalué la neutralisation de BA.2.86 par le sérum obtenu auprès de donneurs de sang à Stockholm à la semaine 34 (c’est-à-dire entre le 21 et le 27 août 2023) pour décrire la susceptibilité relative de la variante BA.2.86 aux réponses immunitaires médiées par les anticorps dans une population. niveau.

Pour mieux comprendre les effets de l’exposition au variant XBB du SRAS-CoV-2, l’équipe a également mesuré la neutralisation du variant BA.2.86 par les sérums fournis par les donneurs de sang avant la circulation du XBB (semaine 39, c’est-à-dire entre le 26 septembre et 2 octobre 2022). BA.2.86 a été comparé au BA.2 de base, ainsi qu’au XBB.1.5 récemment prédominant.

Une étude phylogénétique des variantes du SRAS-CoV-2 actuellement concurrentes a été entreprise, avec des emplacements de variantes par rapport à BA.2.86 et des avantages de croissance relatifs estimés.

Des mutations BA.2.86 ont été découvertes par rapport à BA.2. Le séquençage de Sanger a été utilisé pour valider et examiner les séquences nucléotidiques des constructions de protéines de pointe BA.2.86 optimisées pour les codons. La mutagenèse dirigée sur plusieurs sites a été utilisée pour créer le plasmide codant pour la pointe XBB.1.5. Pour les études de culture, des cellules 293T de rein embryonnaire humain (HEK) exprimant l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2) ont été utilisées.

Des expériences de neutralisation des pseudovirus ont été réalisées à l’aide de particules de lentivirus pseudotypées en pointe créées par co-transfection de cellules HEK293T avec chaque plasmide de pointe, le plasmide du VIH et un plasmide de transfert exprimant la luciférase de luciole. Les titres de concentration inhibitrice demi-maximale (ID50) ont été déterminés. Les anticorps monoclonaux utilisés dans l’étude comprenaient une combinaison de tixagevimab et de cilgavimab, S309 et LyCoV1404. Les ensembles de données SARS-CoV-2 de l’Initiative mondiale pour le partage de toutes les données sur la grippe (GISAID) ont été utilisés pour l’analyse de la concurrence des variantes.

Résultats

BA.2.86 était résistant au cilgavimab et au tixagevimab (Evusheld), au LY-CoV1404 (bebtelovimab) et au S309 (sotrovimab), qui sont tous des anticorps monoclonaux thérapeutiquement pertinents.

Dans les trois types, les sérums échantillonnés « pré-XBB » présentaient des titres d’Ab neutralisants significativement inférieurs (quatre à six fois) par rapport aux sérums récemment obtenus, neuf des 12 échantillons provenant des périodes de variantes pré-XBB ayant un effet inhibiteur demi-maximal. titres de concentration inférieurs au seuil de détection.

Le sérum présentait des titres neutralisants moyens légèrement inférieurs pour la variante BA.2.86 par rapport à ceux contre la variante XBB aux deux périodes. Les titres contre la variante BA.2.86 étaient également plus de 10 fois inférieurs à ceux contre la souche BA.2 d’origine.

Les échantillons de sang actuels de patients suédois présentaient des titres plus élevés pour toutes les variantes du SRAS-CoV-2 testées, probablement en raison d’infections causées par la variante XBB ou ses souches descendantes. Il convient de noter que des titres contre le variant BA.2.86 ont été trouvés dans huit des douze échantillons de sérum récents.

Les substitutions d’acides aminés identifiées dans la variante BA.2.86 comprenaient :

ins16MPLF, S50L, R21T, V127F, HV69-70Δ, F157S, Y145Δ, N211Δ, R158G, L216F, L212I, A264D, H245N, D339H, I332V, R403K, K356T, V445H, N450D, G45 6S, N460K, L452W, V483Δ, N481K, F486P, A484K, E554K, R493Q, P621S, A570V, H681R, I670V, P1143L et S939F.

Conclusions

Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont mis en évidence la sensibilité du variant BA.2.86 aux anticorps neutralisants. Rien n’est certain concernant la gravité de l’infection BA.2.86, et avec l’atténuation des efforts mondiaux de séquençage génétique et de surveillance du SRAS-CoV-2, il pourrait être très tôt pour prédire si le variant BA.2.86, ou l’un de ses descendants, surpasserait le SRAS-CoV. -2 variantes actuellement en circulation.

Bien que l’émergence d’une autre variante de type Omicron du SRAS-CoV-2 doive être considérée avec prudence, le caractère évasif immunitaire de la variante BA.2.86 ne semble pas aussi profond qu’il l’était lors de l’émergence de la variante Omicron dans la variante Delta du SRAS-CoV-2. -période dominante, probablement en raison de multiples vaccinations contre le COVID-19 et d’antécédents d’infections.

*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ni être traités comme des informations établies.