Dans la lutte contre la pandémie actuelle, les chercheurs du Luxembourg Center for Systems Biomedicine (LCSB) de l'Université du Luxembourg coordonnent une collaboration internationale pour construire une carte des maladies COVID-19: un référentiel complet incorporant toutes les connaissances actuelles sur l'hôte viral mécanismes d'interaction. Cet outil en ligne soutiendra la recherche et améliorera notre compréhension de la maladie.
Dans un article publié cette semaine dans Nature Scientific Data, les chercheurs présentent leur projet et appellent à des contributions de la communauté R&D du monde entier.
S'appuyant sur plus d'une décennie d'expertise dans les cartes des maladies et le renforcement des communautés, les chercheurs du LCSB organisent ce projet comme une réponse rapide à l'épidémie actuelle. 162 contributeurs de 25 pays à travers le monde participent désormais à un effort de collaboration.
En extrayant et en assemblant des données de la littérature existante et du nombre croissant de publications COVID-19 grâce à une organisation rigoureuse et efficace, ils construisent un référentiel de connaissances fiable.
La carte de la maladie fournira une représentation graphique interactive des mécanismes de la maladie et une ressource informatique pour les analyses et la modélisation de la maladie.
Cette plate-forme permettra à des experts du domaine, tels que des cliniciens, des virologues et des immunologistes, de collaborer avec des scientifiques des données et des biologistes informatiques pour une formulation précise de modèles et une interprétation précise des données. «
Reinhard Schneider, professeur, chef du noyau bioinformatique, Luxembourg Center for Systems Biomedicine
La façon dont la carte des maladies COVID-19 est construite est unique car les chercheurs doivent s'appuyer sur une approche distribuée, multi-outils et multi-groupes dictée par les contraintes de temps d'urgence de la pandémie en cours. Seule une collaboration entre plusieurs instituts de recherche et la combinaison de plusieurs domaines d'expertise peuvent permettre de relever ce défi assez rapidement.
« La réponse de la communauté des chercheurs est déjà impressionnante, mais nous voulons gagner en visibilité et attirer de nouveaux contributeurs », souligne le Dr Marek Ostaszewski, membre du Bioinformatics Core et l'un des coordinateurs de la carte des maladies. « Nous invitons les conservateurs à rejoindre le projet et à aider à la création du référentiel. »
Les chercheurs sollicitent également les commentaires de médecins, cliniciens et experts du domaine. Ils peuvent aider à revoir la carte – son contenu et sa portée – et à améliorer la qualité et l'applicabilité.
Une telle collaboration ouverte entre les chercheurs cliniques, les sciences de la vie, les conservateurs de voies, les biologistes computationnels et les scientifiques des données permet de créer une ressource fiable, fiable et utile pour tous les projets qui étudient les mécanismes de la maladie COVID-19.
Les connaissances recueillies amélioreront notre compréhension du sexe, de l'âge et d'autres caractéristiques de sensibilité de l'hôte, de la progression de la maladie, des mécanismes de défense et de la réponse au traitement. Il facilitera l'élaboration de diagnostics et de stratégies de traitement efficaces.
« Ce projet ouvre la voie au développement communautaire à long terme de modèles et de bases de connaissances de haute qualité qui seront utiles à la fois pour les épidémies actuelles et futures », conclut le professeur Schneider.
La source:
Référence de la revue:
Ostaszewski, M., et al. (2020) COVID-19 Disease Map, construction d'un référentiel de calcul des mécanismes d'interaction virus-hôte SARS-CoV-2. Données scientifiques. doi.org/10.1038/s41597-020-0477-8.
