Les efforts pour séquencer les génomes des animaux du monde ont tendance à se concentrer sur ceux qui ressemblent le plus aux humains avec des travaux menés presque entièrement dans le Nord global, selon une analyse menée par la Washington State University.
Dans un article publié dans le Actes des Académies nationales des sciences, des chercheurs de la WSU et de l’Université Brigham Young avertissent que les efforts actuels négligent d’énormes pans de diversité et d’opportunités.
L’analyse a révélé que près de 3 300 espèces animales ont vu leur génome séquencé et assemblé, un processus qui donne un contexte organisationnel à l’ADN d’un organisme. Alors que le taux augmente, le nombre est faible par rapport aux 1,66 million d’espèces animales dans le monde, et les vertébrés constituent la part du lion des séquences actuelles.
Ils représentent 54 % de toutes les assemblées, alors qu’ils ne représentent que 3,9 % des espèces animales. En revanche, les invertébrés du phylum des arthropodes, qui comprennent les insectes et les araignées, ne représentent que 34 % des ensembles de données actuels tout en représentant 78,5 % de toutes les espèces.
Les assemblages de génomes s’accumulant rapidement, nous voulons réfléchir à l’endroit où nous mettons nos efforts. Il n’est pas réparti uniformément dans l’arbre de vie animal, les invertébrés sont encore très sous-représentés, ce qui est logique étant donné que les gens semblent se soucier davantage des vertébrés, la soi-disant « mégafaune charismatique. »
Scott Hotaling, chercheur principal et chercheur postdoctoral, Washington State University
La famille des Hominidae, qui comprend les grands singes et les humains, a rassemblé les données génomiques les plus contiguës, mais le génome humain n’est pas le plus long : ce titre revient au poisson poumon australien. De toutes les données génomiques, seuls cinq groupes d’arthropodes étaient bien représentés : les abeilles, les papillons, les moustiques, les mouches des fruits et les fourmis – tous remarquables pour l’utilité ou les problèmes qu’ils posent aux humains.
« Nous nous intéressons à nous-mêmes, et ce n’est pas nécessairement une mauvaise chose », a déclaré Paul Frandsen, auteur correspondant de l’article et professeur assistant BYU. « Mais pour commencer à comprendre des écosystèmes entiers, nous devons commencer à échantillonner davantage la variété de la vie pour obtenir une image plus claire. Les vertébrés sont des composants importants des écosystèmes, mais sans doute les insectes et de nombreuses autres petites créatures jouent probablement un rôle encore plus important car ils sont à la base du réseau trophique. »
Les auteurs, Hotaling, Frandsen et la professeure agrégée de la WSU, Joanna Kelley, ont également noté que la grande majorité des travaux de séquençage génétique se déroulent dans les pays développés, souvent appelés le Nord global, car la plupart sont situés dans l’hémisphère nord. Trois pays, les États-Unis, la Chine et la Suisse, produisent le plus. Il y avait même certaines tendances pour différentes régions, l’Amérique du Nord faisant le plus de séquençage des mammifères et des insectes, l’Europe des poissons et l’Asie des oiseaux.
Au cours des dernières années, plusieurs grands efforts de séquençage du génome ont été annoncés, y compris la Earth BioGenome Initiative, qui s’est fixé un objectif ambitieux de séquencer toute la vie eucaryote, qui comprend les animaux, les bactéries et les organismes unicellulaires, au cours des 10 prochaines années.
Le nombre actuel d’environ 3 300 assemblages de génomes animaux en juin 2021 est un grand bond en 25 ans depuis la production de la première séquence du génome animal, le ver rond Caenorhabditis elegans en 1998. Mais les auteurs ont calculé qu’au rythme actuel d’environ quatre génomes assemblées par jour, l’objectif de séquencer toute la vie eucaryote ne sera atteint qu’en 3130.
Les chercheurs proposent qu’une façon d’aider à stimuler davantage de travail dans ce domaine serait de développer des infrastructures et d’impliquer davantage de chercheurs des pays du Sud, en particulier dans les régions tropicales où il se trouve également une grande diversité animale.
« Si nous voulons construire une discipline mondiale, nous devons inclure un peuple mondial », a déclaré Hotaling. « C’est juste une équité de base, et d’un point de vue purement scientifique, les personnes qui vivent dans des zones où les espèces sont séquencées ont beaucoup de connaissances sur ces espèces et ces écosystèmes. Ils ont beaucoup à apporter. »
