Dans un article récent publié dans la revue Rapports scientifiquesles chercheurs caractérisent cinq souches de gammacoronavirus (gCoV) et de deltacoronavirus (dCoV) détectées chez les mouettes rieuses (Chroicocephalus ridibundus) et les goélands communs (Larus canus) en Pologne.
Étude: Les mouettes comme hôtes des gamma et des deltacoronavirus. Crédit d’image : Nataliya Dorokhina/Shutterstock.com
Sommaire
Arrière-plan
Le Orthocoronavirinae la sous-famille comprend Alpha-, Bêta-, Gamma-et Deltacoronavirus genres, dont les gCoV et les dCoV infectent les oiseaux sauvages. Les gCoV et les dCoV ont chacun trois sous-genres et respectivement cinq et sept espèces.
Les CoV sont des virus à acide ribonucléique simple brin (ARNss) de sens positif qui mutent à un rythme maximal possible en raison de la faible fidélité de leur machinerie ARN polymérase ARN-dépendante (RdRp). Par conséquent, les CoV génèrent potentiellement plusieurs variantes virales au cours d’un court cycle d’infection qui pourraient rapidement changer d’hôte.
À propos de l’étude
Les chercheurs ont obtenu des séquences génomiques entières (WGS) de cinq échantillons de CoV. Quatre des souches de dCoV sélectionnées ont été détectées chez trois mouette rieuse et une mouette pierregarin, tandis qu’une souche de gCoV provenait d’une mouette cendrée.
Vingt-sept échantillons présentant la charge virale la plus élevée, telle que déterminée par test de réaction en chaîne par polymérase (PCR), ont été soumis au séquençage de nouvelle génération (NGS). Par la suite, les chercheurs de novo lectures brutes assemblées en contigs. L’algorithme BLAST a été utilisé pour comparer ces séquences avec les séquences du génome viral de la base de données GenBank.
Les échantillons présentant l’homologie la plus élevée ont été sélectionnés pour une analyse plus approfondie. Plus précisément, grâce à la méthode MAFFT, toutes les séquences nucléotidiques ont été alignées. Toutes les similarités dans les séquences de nucléotides et d’acides aminés ont été déterminées et exprimées en pourcentages.
Ces alignements ont ensuite été intégrés au logiciel IQ-TREE pour estimer le meilleur modèle évolutif. Tous les événements de recombinaison au sein de ces génomes CoV, le cas échéant, ont également été identifiés.
Résultats de l’étude
Le genre Charadriiformes de la Laridés L’espèce était le principal réservoir de gCoV et de dCoV, avec des longueurs de génome de plus de 26 000 et environ 23 000 nucléotides (nt), respectivement. Les quatre génomes chinois des mouettes rieuses (BHG) dCoV identifiés dans cette étude présentaient une grande similitude avec les génomes de trois espèces d’oiseaux des Émirats arabes unis et des BHG chinois. Cette observation suggère leur relation évolutive étroite et leur potentiel de transmission interspécifique.
Cependant, l’analyse phylogénétique de leurs WGS a révélé une bifurcation au sein d’une branche commune. De nombreux changements d’acides aminés ont également été identifiés au sein de leur protéine Spike (S), indiquant ainsi que ces dCoV ont évolué au sein d’une seule mouette. Notamment, les dCoV polonais ne comprenaient aucune des mutations décrites comme récepteurs spécifiques à l’hôte pour les goélands.
Le BHGdCoV/Poland/P350/2017 polonais a été identifié en décembre 2017, à 35-40 km de l’endroit où le CgdCoV/Poland/P005/2019 le plus récent a été identifié en janvier 2019. En comparaison, les goélands échantillonnés dans la province chinoise du Yunnan ont été échantillonnés dans Janvier-mars 2021 à partir d’un seul endroit.
Des dCoV presque identiques provenant d’oiseaux du Moyen-Orient ont été échantillonnés sur une période de deux ans. Dans l’ensemble, les dCoV identifiés chez les goélands dans cette étude étaient très divers à l’échelle génomique, soulevant ainsi la possibilité de nouvelles variantes de sérotypes qui pourraient émerger avec des mutations minimes de la protéine S.
L’analyse phylogénétique des gènes structurels et non structurels du CGgCoV/Poland/P014/2019 a révélé qu’il ressemblait beaucoup au coronavirus de canard 2714 (DuCoV2714), détecté en Chine en 2014. Cependant, ces deux virus partageaient un faible degré de S. homologie protéique, qui formait une branche phylogénétique distincte sans rapport avec aucun gCoV identifié à ce jour. Certaines études antérieures ont identifié des gCoV similaires chez les oiseaux sauvages en Australie et au Canada.
La sous-famille des goélands et des sternes peut être trouvée dans de nombreuses régions du monde, ce qui indique que ces oiseaux sont exceptionnellement diversifiés sur le plan écologique. Alors que certains de ces oiseaux vivent exclusivement dans le milieu marin, certains vivent en eau douce et d’autres encore dans les deux.
Certains de ces oiseaux sont fréquemment en contact avec des humains et des animaux domestiques. La plupart de ces oiseaux vivent dans des colonies à forte densité, facilitant ainsi la transmission directe du virus et la propagation des maladies.
Conclusions
Les dCoV et gCoV WGS décrits dans cette étude sont les premiers à être identifiés chez les goélands polonais. Ainsi, les résultats de l’étude fournissent de nouvelles informations sur l’évolution et la diversité des CoV circulant dans le monde. Laridés famille.
Les caractéristiques génétiques de ces virus démontrent comment ces deux genres distincts de CoV pourraient co-infecter un organisme et créer des conditions propices à des événements de recombinaison, qui, à leur tour, pourraient donner naissance à de nouveaux variants du CoV. En fait, des chercheurs ont récemment signalé une co-infection simultanée de canards noirs du Pacifique par des gCoV et des dCoV en Australie.
Étant donné que les dCoV porcins, qui ont probablement évolué à partir des dCoV aviaires, pourraient infecter les humains, il reste crucial d’étudier en permanence les réservoirs animaux de CoV et d’élargir les connaissances sur leur diversité croissante et leur potentiel de zoonose.
