Une détection précoce et précise est essentielle pour prévenir la propagation du COVID-19 et fournir des soins appropriés aux patients. Les écouvillons nasopharyngés (NP), qui nécessitent l'insertion d'une longue tige dans la cavité nasale pour prélever un échantillon à l'arrière du nez et de la gorge, sont actuellement la référence absolue pour la collecte d'un échantillon à des fins de diagnostic. Mais la procédure est techniquement difficile, souvent inconfortable pour les patients et nécessite des équipements de protection individuelle qui peuvent être rares.
D'autres méthodes de prélèvement d'échantillons – y compris à partir d'un écouvillon oropharyngé et de crachats – ont été testées dans de petites études, mais il existe une incertitude quant à la meilleure méthode pour détecter le virus. Dans une nouvelle étude publiée dans EBioMedicine, les enquêteurs du Brigham and Women's Hospital ont effectué une revue systématique et une méta-analyse, analysant les données de plus de 3 000 échantillons pour comparer les trois approches. L'équipe a constaté que les tests d'expectoration détectaient l'ARN du virus responsable du COVID-19 à des taux significativement plus élevés, tandis que les tests sur écouvillon oropharyngés avaient des taux plus faibles. Quelle que soit la méthode de collecte, les échantillons précoces ont été prélevés après le début des symptômes, plus le taux de détection est élevé.
Le diagnostic précis du COVID-19 a des implications pour les soins de santé, le retour au travail, la lutte contre les infections et la santé publique. Notre étalon-or dans et hors de l'hôpital est l'écouvillon nasopharyngé, mais il y a beaucoup de confusion quant à la modalité d'échantillonnage la meilleure et la plus sensible. Notre étude montre que les tests d'expectoration ont abouti à des taux significativement plus élevés de détection du SRAS-CoV-2 et soutient l'utilisation de ce type de test comme une méthode précieuse pour le diagnostic et la surveillance des patients COVID-19. «
Jonathan Li, MD, auteur correspondant, membre du corps professoral de la Division des maladies infectieuses du Brigham
Li et ses collègues ont parcouru la littérature – à la fois des pré-impressions et des articles publiés – pour des études qui évaluaient au moins deux sites d'échantillonnage respiratoire à l'aide d'un écouvillon NP, d'un écouvillon oropharyngé ou de crachats. De plus de 1 000 études, ils ont identifié 11 qui répondaient à leurs critères. Ces études comprenaient les résultats d'un total de 3442 échantillons des voies respiratoires.
L'équipe a examiné la fréquence à laquelle chaque méthode de collecte produisait un résultat positif. Pour les écouvillons NP, le taux était de 54 pour cent; pour les écouvillons oropharyngés, 43 pour cent; pour les expectorations, 71 pour cent. Le taux de détection virale était significativement plus élevé dans les expectorations que les écouvillons oropharyngés ou les écouvillons NP. Les taux de détection étaient les plus élevés dans la semaine suivant l'apparition des symptômes pour les trois tests.
« En ce qui concerne les tests, le plus tôt sera le mieux, car la précision du diagnostic est améliorée plus tôt après l'apparition des symptômes, quel que soit le site d'échantillonnage », a déclaré Li. « Contrairement aux tests d'anticorps, il est très rare d'avoir un test qPCR faussement positif lors du diagnostic du COVID-19 au début de la maladie en utilisant ces méthodes. »
Des écouvillons nasopharyngés sont prélevés dans la cavité nasale; des écouvillons oropharyngés sont collectés en insérant une tige à travers la bouche; et des échantillons de crachats sont généralement collectés en faisant tousser profondément un patient pour produire et expulser des mucosités. Tous les patients ne sont pas en mesure de produire un échantillon de crachats; pour ces patients, un prélèvement nasopharyngé peut être la meilleure méthode de prélèvement. La méta-analyse ne comprenait que des études menées sur des personnes hospitalisées – une étude supplémentaire sera nécessaire sur les patients asymptomatiques ou présentant des symptômes légers. L'étude actuelle n'a pas évalué les méthodes de test alternatives, telles que la salive ou les prélèvements nasaux antérieurs (prélevés de l'avant du nez). Li et ses collègues du Brigham travaillent actuellement sur un projet, financé par le Massachusetts Consortium on Pathogen Readiness, pour collecter et traiter plusieurs types d'échantillons de patients atteints de COVID-19 afin de créer une ressource pour les chercheurs.
« Le Saint Graal sera de trouver un test facilement acceptable par les patients, facile à collecter et extrêmement sensible », a déclaré Li.
La source:
Brigham and Women's Hospital
Référence du journal:
Mohammadi, A., et coll. (2020) Détection du SRAS-CoV-2 dans différents sites respiratoires: revue systématique et méta-analyse. EBioMedicine. doi.org/10.1016/j.ebiom.2020.102903.
