De nombreux patients atteints de COVID-19 développent un syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA), une maladie potentiellement mortelle où les poumons ne peuvent pas fournir suffisamment d'oxygène aux organes vitaux du corps.
Les patients atteints de SDRA sont généralement placés sur des ventilateurs pour aider à obtenir suffisamment d'oxygène dans leur corps. À présent, une nouvelle recherche présentée au congrès international «virtuel» de la Société européenne de pneumologie a révélé que le fait d'avoir moins de types différents de champignons dans les poumons est lié à une gravité accrue de la maladie chez les patients atteints de SDRA.
Le microbiome humain est composé de minuscules organismes tels que des bactéries, des virus et des champignons. Présentant ses recherches à la réunion, Mme Noel Britton, doctorante à l'Université de Pittsburgh, aux États-Unis, a déclaré que jusqu'à présent, les chercheurs avaient eu tendance à se concentrer sur l'étude des effets des bactéries sur la santé humaine, en partie parce que le microbiome est principalement composé de bactéries et il y a des difficultés techniques à extraire suffisamment de champignons à étudier.
« En termes de nombre de cellules, les champignons sont surpassés en nombre par les bactéries de plusieurs ordres de grandeur », dit-elle.
« De plus, s'il est désormais bien établi que les poumons sont l'hôte d'un microbiome distinct et dynamique, ils ne représentent pas un environnement riche pour que les microbes se développent, et ils ont généralement beaucoup moins de microbes que l'intestin – le site du corps où les scientifiques ont concentré le plus de recherches sur le microbiome.
Il peut être difficile de capter un signal d'une masse aussi faible de champignons et d'être sûr que les séquences identifiées ne sont pas dues à une contamination en laboratoire.
«Nous voulions mener cette recherche car le syndrome de détresse respiratoire aiguë est caractérisé par une sur-réaction hyper-inflammatoire du système immunitaire et nous savons que les champignons peuvent être impliqués dans l'activation et la régulation du système immunitaire humain.
«Il n'existe pas de thérapies connues pour le traitement réussi du SDRA et on en sait très peu sur les raisons pour lesquelles certains patients ont une réponse hyper-inflammatoire. La diversité du microbiome, et en particulier des champignons, peut jouer un rôle important dans la compréhension des raisons pour lesquelles certains patients se développent. ARDS et certains non. «
Mme Britton et ses collègues ont recruté 202 patients sous ventilation mécanique dans l'étude entre octobre 2011 et septembre 2019. À leur connaissance, aucun de ces patients n'avait le COVID-19, mais ils continuent à recruter des patients pendant la pandémie et une analyse future sera regardez ceux avec COVID-19 confirmé.
Sur les 202 patients de cette analyse, 21% avaient un diagnostic de MRA, l'âge moyen était de 50 ans et 61% étaient des femmes.
Les chercheurs ont collecté des sécrétions à base de mucus de la trachée (la voie aérienne principale menant aux poumons) et extrait de l'ADN à analyser en laboratoire à l'aide d'une technique appelée séquençage de nouvelle génération.
Mme Britton a déclaré: «Nous avons identifié environ 100 types différents de champignons dans les poumons de patients gravement malades ventilés mécaniquement. La diversité était assez faible dans tous les échantillons, mais dans les échantillons dans lesquels une seule espèce dominait, la diversité était très faible. »
« Un grand nombre de patients avaient des échantillons qui étaient dominés par une seule espèce fongique du type Candida; cela représentait plus de 50% des champignons présents dans ces échantillons et il est connu pour être impliqué dans la maladie chez l'homme. »
La diversité fongique était plus faible chez les patients atteints de SDRA que chez ceux sans maladie. Chez les patients atteints de SDRA, le choc, la septicémie et la défaillance d'organes étaient associés à une moindre diversité.
La diminution de la diversité était liée à une aggravation des lésions pulmonaires, un traitement plus intensif et des niveaux élevés d'une protéine appelée pentraxine-3, qui est un indicateur de l'inflammation et de la gravité de la maladie.
L'association d'une moindre diversité fongique avec des marqueurs cliniques de la gravité de la maladie est une découverte importante car elle fournit des preuves d'une relation entre le microbiome pulmonaire et les résultats cliniques dans les maladies graves. Nous continuerons à étudier cela plus avant car il y a beaucoup de choses qui ne sont pas comprises sur le développement et le traitement du SDRA et cette étude peut nous orienter vers une découverte importante basée sur le diagnostic ou le traitement. «
Noel Britton, PhD., Université de Pittsburgh
On ne sait pas comment la diversité fongique (ou autre microorganisme) se développe, mais les champignons sont plus susceptibles de pénétrer dans les poumons en inhalant de petites quantités de salive dans les poumons.
« En tant que deuxième plus grande surface muqueuse du corps humain, à peu près de la même taille qu'un court de tennis, les poumons humains sont constamment exposés aux champignons par inhalation », a déclaré Mme Britton.
« Les champignons en suspension dans l'air sont particulièrement répandus, comprenant jusqu'à 50 000 spores par mètre cube d'air, et donc les voies respiratoires sont exposées à une grande variété. Les champignons inhalés peuvent être extrêmement divers et inclure des espèces connues pour être pathogènes ainsi que celles que l'on pense être inoffensif chez les humains. «
Tobias Welte, qui n'a pas participé à la recherche, est l'ancien président de l'European Respiratory Society, professeur de médecine pulmonaire et directeur du département des maladies pulmonaires et infectieuses de l'école de médecine de l'Université de Hanovre, en Allemagne.
Il a déclaré: «Au cours des dernières années, une grande attention s'est portée sur le microbiome, en particulier dans l'intestin, et sa relation avec divers problèmes de santé. Les champignons sont plus difficiles à étudier que d'autres composants du microbiote pulmonaire, tels que les bactéries et les virus. , mais nous commençons à voir de plus en plus de preuves qu'ils jouent également un rôle dans les maladies pulmonaires chroniques.
«La conclusion de cette étude, selon laquelle une moindre diversité du mycobiome est liée à de pires résultats pour les patients atteints du syndrome de détresse respiratoire aiguë, est fascinante. Il est trop tôt pour savoir ce que cela pourrait signifier pour les patients et leurs médecins, mais cela a le potentiel de conduisent à de nouveaux tests diagnostiques et à de meilleurs traitements. «
