*Avis important: Prépublications avec The Lancet publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
Dans une récente étude publiée sur Prépublications avec Le Lancet*les chercheurs discutent des résultats d’une analyse de surveillance active du virus de la grippe porcine (SIV) dans 30 élevages porcins de la province chinoise du Liaoning.
Étude: Émergence du nouveau virus de la grippe porcine H1N2 réassorti. Crédit d’image : Marquez Agnor / Shutterstock.com
Sommaire
Arrière-plan
Le porc est essentiellement impliqué dans l’évolution du virus de la grippe, avec des sous-types de virus de la grippe porcine prévalents, notamment H1N1, H1N2 et H3N2. Les virus de la grippe porcine H1N1 comprennent le H1N1 de type porcin (CS) classique, le H1N1 de type aviaire eurasien (EA) et le H1N1 pandémique de 2009, souvent appelé 2009/H1N1.
Lors de l’épidémie de virus de la grippe pandémique humaine en 1918, la souche CS H1N1 s’est avérée infecter et évoluer parmi les porcs pendant plus de 70 ans jusqu’en 1979, date à laquelle la souche EA H1N1 est apparue et a progressivement remplacé la souche CS H1N1 en Asie et en Europe.
La souche 2009/H1N1 a été isolée chez des porcs canadiens en mai 2009, après quoi la souche s’est propagée rapidement à travers le monde. Au cours de sa circulation, la souche 2009/H1N1 a subi un réassortiment continu avec des souches locales de virus de la grippe porcine, ce qui a élargi la diversité génomique des virus de la grippe porcine.
Les cellules de l’épithélium respiratoire supérieur du porc sécrètent des récepteurs de type aviaire de l’acide sialique liés à l’α-2,3 et des récepteurs de type humain de l’acide sialique liés à l’α-2,6. Par conséquent, les virus grippaux d’origine aviaire et mammifère peuvent infecter avec succès les porcs, permettant ainsi à ces animaux d’agir comme des «récipients de mélange» pour différents virus grippaux.
À propos de l’examen
Une analyse phylogénétique a été effectuée pour évaluer les associations génétiques du gène de l’hémagglutinine (HA) et des génotypes du virus de la grippe H1 isolés chez le porc à l’aide de l’arbre de vraisemblance maximum construit des segments H1 pandémiques porcins et humains. L’arbre phylogénétique bayésien mesuré dans le temps des gènes HA du SIV et les génotypes du virus de la grippe porcine H1N2 ont été évalués.
Le virus de la grippe A (IAV) a été séquencé et les souches de virus de la grippe porcine ont été évaluées à l’aide des séquences de référence de la base de données de recherche sur la grippe (IRD) et de la base de données de l’initiative mondiale sur le partage de toutes les données sur la grippe (GISAID). Les longueurs des branches représentant les distances antigéniques, ainsi que les anneaux phylogénétiques hôte-porc, hôte-humain et date d’isolement, ont été évalués.
Pour explorer davantage la constitution génomique des virus de la grippe porcine H1N2, toutes les séquences porcines ont été téléchargées et divisées en 12 génotypes allant de G1 à G12. L’analyse des marqueurs moléculaires a été effectuée et l’origine des gènes HA a été déterminée.
Résultats
L’arbre de probabilité maximale des segments H1 de la pandémie humaine et porcine comprenait respectivement 361 et 2 427 virus d’origine porcine et humaine. Trois souches du virus de la grippe porcine H1N2, dont A/swine/Liaoning/3330/2020, A/swine/Liaoning/3327/2020 et A/swine/Liaoning/3328/2020, ont été identifiées. Les trois isolats viraux étaient de nouveaux triples réassortis appartenant au génotype G12.
Les gènes de la polymérase, de la matrice (M) et de la nucléoprotéine (NP), ainsi que les souches porcines 2009/H1N1, ont été regroupés, tandis que les gènes de la neuraminidase (NA) et les souches humaines H3N2 ont été regroupés, et les gènes non structuraux (NS) les gènes et les souches TR H1N2 ont été regroupés.
Les trois virus de la grippe porcine H1N2 détectés dans la province du Liaoning ont obtenu leurs gènes HA des virus humains pandémiques H1N1 de 2009 circulant en 2019 qui ont été transmis aux porcs par l’homme.
Les marqueurs moléculaires du gène HA qui améliorent la virulence et la capacité de liaison aux récepteurs, ainsi que provoquent des dérives antigéniques, comprenaient HA-158E, HA-190D et HA-200A, chacun ayant été identifié dans les virus de la grippe porcine 2019/H1N2. La mutation génétique I117V du gène NA a entraîné une légère diminution de la sensibilité à l’oseltamivir.
De plus, des marqueurs moléculaires contribuant aux capacités d’adaptation de l’hôte mammifère, notamment PA 195R, M1 215A et NS1 42S, ont été détectés dans les souches humaines pandémiques H1N2 de 2009. Les trois virus de la grippe porcine 2009/H1N2 comprenaient le motif PSIQSR/GLF au niveau de la région de clivage HA, qui est caractéristique des virus de la grippe aviaire de faible pathogénicité.
conclusion
Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont montré que la caractéristique du « récipient de mélange » du porc entraînait la commutation des composants génétiques entre les souches saisonnières humaines et les souches épidémiques de grippe porcine lors des co-infections porcines. Cela a généré de nouveaux réassortis avec une adaptabilité accrue aux humains et des potentiels pandémiques, comme démontré lors de l’émergence de 2009/H1N1. Ainsi, des recherches supplémentaires doivent être menées pour évaluer la surveillance du virus de la grippe porcine.
*Avis important: Prépublications avec The Lancet publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
