Dans une étude récente publiée dans le Communication Nature journal, les chercheurs ont surveillé l’évolution des profils de symptômes associés à différentes variantes du syndrome respiratoire aigu sévère CoV-2 (SRAS-CoV-2), en particulier les sous-variantes BA.1 et BA.2 d’Omicron.
Étude : Symptômes spécifiques à la variante de COVID-19 dans une étude portant sur 1 542 510 adultes en Angleterre. Crédit d’image : NIAID
Sommaire
Arrière plan
Des études communautaires antérieures ont montré que les profils de symptômes diffèrent pour différentes variantes du SRAS-CoV-2. Ils ont donc utilisé des techniques de sélection et de classement des variables pour identifier les symptômes prédictifs de la variante causale. Ils ont également évalué la quantité de données sur les symptômes pouvant prédire la positivité de la réaction de transcription inverse-polymérase (RT-PCR) du SRAS-CoV-2.
L’identification des individus les plus susceptibles d’être infectés et contagieux sur la base des profils de symptômes a une grande valeur clinique. De nombreux pays ayant déjà levé les restrictions, les mesures d’isolement obligatoires et les tests de routine, ces efforts de surveillance deviendront de plus en plus importants.
L’étude d’évaluation en temps réel de la transmission communautaire −1 (REACT-1) a surveillé la propagation et la manifestation clinique du SRAS-CoV-2 tous les mois dans la population en Angleterre entre le 1er mai 2020 et le 31 mars 2022.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont utilisé des modèles de régression et de sélection de variables pour examiner les données de l’étude REACT-1 de plus de 1,5 million de personnes sélectionnées au hasard dans la population anglaise. Ensuite, ils ont prédit les profils de symptômes de chaque variante du SRAS-CoV-2 qui était dominante en Angleterre et dans le monde au cours de cette période. Ces variants étaient des souches ancestrales de type sauvage (wt), Alpha, Delta et Omicron BA.1 et BA.2. Plus important encore, pour chaque variante, ils ont identifié 26 symptômes les plus prédictifs d’une charge virale élevée, indiquant une infectiosité plus élevée et une capacité à transmettre plus rapidement le COVID-19.
Les données de prévalence des variantes dans le panneau inférieur proviennent du GISAID.
La population étudiée comprenait 1 542 510 adultes âgés de 18 ans ou plus, dont 17 448 personnes positives pour le SRAS-CoV-2. Parmi ceux-ci, 2 971, 2 275, 1 493 et 10 709 individus ont été testés positifs pour les variantes wt, Alpha, Delta et Omicron, respectivement. Dans une analyse multivariable, l’équipe a utilisé la régression logistique pénalisée par l’opérateur de sélection et de rétrécissement absolu le moins absolu (LASSO) pour identifier tous les symptômes positivement prédictifs de la positivité au COVID-19 pour chaque variante. Cette méthode a pris en compte les différences de symptômes par type de variante. En outre, il a pris en compte les symptômes de type rhume, tels que le nez qui coule et les éternuements, pour Omicron BA.1 et BA.2.
Résultats de l’étude
Les chercheurs ont observé une physiopathologie sous-jacente différente associée à différentes variantes du SRAS-CoV-2. Dans le contexte d’une immunité différente de la population induite par les infections et les vaccins, il y avait des différences dans les symptômes de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) dus à Omicron par rapport aux variantes précédentes et au sein d’Omicron (BA.2 contre BA.1). Les personnes infectées par Omicron BA.2 ont signalé la plupart des 26 symptômes (75,9 %), suivis de BA.1 (70 %), Delta (63,8 %), Alpha (54,7 %) et wt (45 %).
La perte de l’odorat et du goût et les symptômes de type rhume étaient de moins en moins prédictifs de la positivité de l’écouvillon pour Omicron que pour les autres variantes, respectivement. Plus précisément, les infections à Omicron n’étaient pas aussi fortement associées à l’anosmie que les variantes précédentes. Probablement, des altérations des séquences de gènes viraux qui régulent les réponses de l’hôte chez les individus infectés par Omicron ont réduit la régulation à la baisse de l’expression des récepteurs olfactifs, ce qui a provoqué l’anosmie après COVID-19. Cependant, des études transcriptomiques approfondies chez l’animal et l’homme pourraient identifier et élucider les mécanismes impliqués dans ce phénomène.
En outre, les chercheurs ont noté que même si les infections à Omicron BA.2 étaient plus susceptibles d’être symptomatiques, avec des symptômes de type rhume ou grippal, 54 % plus de chances que les symptômes affectent les activités quotidiennes « beaucoup » et en moyenne un autre symptôme, par rapport à BA.1. En effet, la charge et la gravité plus élevées des symptômes associées à BA.2 pourraient également avoir un impact sociétal et économique plus important.
conclusion
La gravité inhérente des variantes du SRAS-CoV-2 est multiforme, en raison des différents niveaux d’immunité de la population dus à une infection ou à une vaccination antérieure par le SRAS-CoV-2. Néanmoins, le remplacement rapide de BA.1 par BA.2 en Angleterre, et une positivité PCR élevée, ont permis une comparaison de la charge et de la sévérité des symptômes de ces deux variantes au sein d’une population aux caractéristiques similaires.
À la suite de l’ajustement en fonction du statut de rappel du vaccin et du temps écoulé depuis la dernière dose de vaccin, la charge des symptômes et les résultats liés à la gravité pour Omicron BA.2 avec BA.1 étaient robustes. Ils confirment également les découvertes antérieures selon lesquelles Omicron BA.2 a une transmissibilité plus élevée dans une population hautement vaccinée.
Enfin, les résultats de l’étude ont révélé que les infections à Omicron provoquaient des symptômes tels que fièvre, frissons, mal de gorge, douleurs musculaires, écoulement nasal, éternuements et maux de tête associés aux seuils de cycle ajustés (CT) les plus bas. Cela confirme en outre qu’Omicron présentait des charges virales et une infectiosité plus élevées que les variantes précédentes.
Dans l’ensemble, sur la base des profils de symptômes signalés au cours des deux années de l’épidémie de COVID-19 en Angleterre, la sous-variante BA.2 d’Omicron a causé plus de symptômes et de perturbation des activités quotidiennes des personnes infectées que ses prédécesseurs. En conséquence, à partir du 1er avril 2022, le gouvernement anglais est passé à la politique de « vivre avec le COVID-19 ». Alors que de nombreux pays, dont l’Angleterre, ont arrêté ou réduit les programmes de dépistage gratuits ou de routine du SRAS-CoV-2, de nouvelles variantes du virus continuent d’émerger. La compréhension des profils de symptômes peut aider à identifier les personnes à haut risque.
