Dans une étude récente publiée dans Maladies infectieuses émergentesune équipe interdisciplinaire de chercheurs de différents pays a examiné diverses espèces animales provenant de sites de commerce d’espèces sauvages pour détecter la présence d’agents pathogènes zoonotiques au Laos, en Asie du Sud-Est.
Le commerce et la consommation d’animaux sauvages amplifiés par l’empiètement de l’homme dans l’écosystème naturel ont conduit à l’émergence de diverses maladies infectieuses. Le commerce et la consommation d’animaux sauvages ont été responsables de diverses épidémies telles que le virus de l’immunodéficience humaine (VIH-1), Ebola, Monkeypox et même l’actuelle maladie à coronavirus 2019 (COVID-19).
Les marchés du commerce des espèces sauvages regroupent diverses espèces pathogènes en contact étroit, généralement dans des conditions insalubres et denses, entraînant l’amplification, le mélange et la transmission d’agents pathogènes zoonotiques entre différentes espèces, y compris les humains.
À l’heure actuelle, il est essentiel de déterminer les agents pathogènes dans les espèces sauvages commercialisées afin de développer des mesures adéquates pour lutter contre les maladies zoonotiques et évaluer les futurs coûts environnementaux et sociétaux du commerce des espèces sauvages.
Étudier le design
Dans cette étude, les auteurs ont collecté des échantillons de neuf points chauds du commerce d’espèces sauvages et de deux étals en bordure de route appelés sites de commerce au Laos. D’autres échantillons ont été prélevés sur des animaux sauvages confisqués sur les marchés par trois bureaux provinciaux d’inspection forestière (POFI).
Au total, 717 échantillons d’animaux sauvages provenant de 359 animaux ont été prélevés. Parmi ceux-ci, plus de 461 échantillons de 324 animaux ont été prélevés sur des sites de commerce d’espèces sauvages et 256 échantillons de 35 animaux ont été prélevés sur le POFI.
Différents échantillons d’animaux tels que des écouvillons urogénitaux, des échantillons d’urine, des échantillons de sang et des tissus de foie, de rein et de rate ont été prélevés selon que les animaux étaient vivants, morts ou abattus.
L’acide nucléique a été extrait à l’aide d’un kit QIAGEN. Les réactions en chaîne par polymérase (PCR) ciblant Leptospire spp., Rickettsie spp., AnaplasmatacéesOrientia tsutsugamushi, Ehrlichia chaffeensis, Coxiella burnetti, Anaplasma phagocytophilum, hantavirus, flavivirus, virus Zika, virus de la dengue et ARN 16S bactérien universel a été menée. Les échantillons de PCR ont été séquencés et comparés à l’aide de l’outil de recherche d’alignement local de base (BLASTN).
Les auteurs ont effectué des analyses univariées, descriptives et multivariées, et un modèle de régression logistique à effets mixtes a estimé l’impact du statut de transformation de la viande sauvage sur le risque de Leptospire détection.
Résultats
Les résultats de l’étude ont démontré que parmi les animaux échantillonnés sur le marché de la faune sauvage, plus de 37 % appartiennent à des espèces de vertébrés de 12 familles différentes. Plus de 73 % des animaux échantillonnés étaient des écureuils Sciuridae représentant 16 espèces et 20,3 % étaient des écureuils de Pallas (Callosciurus erythraeus).
Parmi les animaux prélevés sur les sites de commerce d’espèces sauvages, plus de 20 % des spécimens d’animaux avaient au moins ≥ 1 échantillon positif par PCR pour ≥ 1 pathogène zoonotique dans 90,9 % du total des sites. Sur les 324 animaux testés, 20,1 % étaient positifs pour Leptospire spp., 9,8% pour Rickettsie spp, 4,9 % pour Anaplasmataceae et 0 % pour O. tsutsugamushi.
Dans la faune prélevée sur les sites POFI, plus de 71 % des animaux ont été testés positifs par PCR pour ≥ 1 agent pathogène zoonotique. Parmi elles, 25,7 % des espèces animales étaient positives pour Leptospire spp, 57,1% pour Rickettsie spp, 17,1 % pour Anaplasmataceae et 5,7 % pour O. tsutsugamushi. Correspondance d’identité de séquençage identifiée R. felis, R. conorii, R. typhi et Anaplasme espèces (soit A. capra, A. centraleou A. marginale), A. platys, A. phagocytophile, A.bovis, Lactococcus garvieae, Ehrlichia chaffeensiset Kurthia populaire. Aucune espèce animale n’a été positive pour C. burnetii, virus de la dengue, flavivirus et virus Zika.
L’équipe a observé que deux espèces animales – écureuil variable (Callosciurus finlaysonii) et la civette palmiste commune (Paradoxure hermaphrodite) avaient 45,5 % et 46,4 % de Leptospire spp.–échantillons positifs, respectivement. Leptospire spp.–la positivité pendant la saison sèche était de 25,6 % alors qu’elle était de 11,6 % pendant la saison des pluies.
La désagrégation des données par espèce et par province a démontré que la saisonnalité observée était motivée par les résultats chez les écureuils variables et les civettes palmistes communes dans la province de Champassak. Les auteurs n’ont observé aucune association entre la probabilité qu’un animal teste positif pour Espèces de Leptospira et l’animal étant vivant, fraîchement mort ou congelé.
Dans les multiples échantillons d’un sous-ensemble de Leptospire spp.– animaux positifs, 75 % des prélèvements urogénitaux et 50 % des prélèvements sanguins étaient positifs. Rickettsie spp a été exclusivement détecté dans les organes solides comme le foie, la rate et les reins des espèces animales.
Conclusion
Les résultats de l’étude ont démontré un risque substantiel d’exposition aux agents pathogènes zoonotiques pour la population humaine par la consommation et la manipulation de viande d’animaux sauvages.
Dans cette étude, les écureuils présentaient la plus grande diversité d’agents pathogènes et étaient fréquemment commercialisés sur le marché du Laos. Leptospira spp. était l’agent pathogène le plus infectieux et le plus fréquemment détecté chez la majorité des espèces animales, suivi de Rickettsia typhi et R. felis.
La présence fréquente de Leptospira chez les animaux sauvages, qui peut être transmise par les muqueuses et la peau abrasée, pose un risque sanitaire substantiel pour les chasseurs, les vendeurs et les consommateurs.
