Dans une récente étude publiée sur bioRxiv* serveur de préimpression, une équipe de chercheurs indiens a analysé l’ensemble des séquences du génome du virus du monkeypox isolé chez des patients atteints du monkeypox avec et sans antécédents de voyage internationaux pour comprendre les relations phylogénétiques et l’évolution génomique du virus qui pourraient contribuer à des taux de transmission plus élevés.
Étude : Caractérisation du génome des cas de monkeypox détectés en Inde : identification de trois sous-groupes parmi la lignée A.2. Crédit d’image : NIAID
Sommaire
Arrière plan
Le virus du monkeypox, comme celui qui cause la variole Virus de la varioleest un Orthopoxvirus espèces appartenant à la Poxviridae famille. Il s’agit d’un virus à acide désoxyribonucléique (ADN) double brin dont le génome code environ 190 gènes.
Le premier cas humain connu de monkeypox a eu lieu en 1970 en République démocratique du Congo, qui s’est propagé aux pays d’Afrique occidentale et centrale, avec des épidémies ultérieures aux États-Unis (États-Unis) en 2003 et au Royaume-Uni (Royaume-Uni) en 2018. Les études sur le génome menées par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) ont reconnu deux clades majeurs – Clade I (clade du bassin du Congo) et Clade II (clade ouest-africain), avec deux sous-clades dans le clade II. L’épidémie mondiale de monkeypox de 2022 a été liée au Clade IIb.
Les virus de la Poxviridae famille ont montré des fréquences élevées de recombinaison inter- et intra-espèces. Les clades I et II avaient une distance génétique de 900 pb. Les modifications génétiques pourraient rendre la transmission et l’infection avantageuses pour le virus. Par conséquent, les analyses du génome entier des souches circulantes du virus monkeypox sont essentielles dans la surveillance de la maladie.
À propos de l’étude
La présente étude a recueilli des échantillons d’écouvillons nasopharyngés et oropharyngés, de croûtes de lésions et de liquides de 96 personnes suspectées d’avoir le monkeypox. Les cas positifs ont été identifiés sur la base d’une réaction en chaîne par polymérase (PCR) en temps réel à l’aide d’amorces spécifiques au monkeypox.
L’ensemble d’échantillons final comprenait cinq échantillons du Kerala (avec des antécédents de voyages internationaux) et cinq de Delhi (sans antécédents de voyages internationaux récents). Les échantillons négatifs ont ensuite été criblés pour l’entérovirus et le virus varicelle-zona.
Le séquençage de nouvelle génération a été utilisé pour la caractérisation génomique des échantillons positifs. De plus, des analyses phylogénétiques ont été effectuées sur un ensemble de données final composé de séquences génomiques générées dans cette étude et de 75 séquences des bases de données NCBI (National Center for Biotechnology Information) et GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data) qui ont été générées avant et épidémie de monkeypox post-2022.
Résultats
L’étude a récupéré 90% à 99% du génome du monkeypox de la croûte de la lésion et des échantillons de liquide de tous les cas positifs. Les arbres phylogénétiques ont placé les 10 échantillons d’Inde dans la lignée Clade IIb A.2, ainsi que huit autres échantillons des États-Unis, de Thaïlande et du Royaume-Uni.
L’analyse basée sur le génome a divisé la lignée A.2 en trois sous-groupes, avec sept séquences (cinq du Kerala et deux de Delhi) se ramifiant avec les souches UK-2022 OP331335.1 et USA-2022 ON674051.1 et formant un sous-cluster. Les mutations définissant la lignée aux positions C 179537 T, C 25072 T et A 140492 C ont en outre classé les cinq séquences du Kerala dans la sous-lignée A.2.1.
Les trois séquences restantes de Delhi se sont ramifiées avec la souche USA-2022 ON675438.1 et ont formé le deuxième sous-groupe. Le troisième sous-groupe était composé de séquences d’autres souches américaines et britanniques et d’échantillons de Thaïlande.
Des études ont établi un lien entre l’évolution à court terme du virus monkeypox et des mutations dans les gènes du complexe d’édition de l’apolipoprotéine B (APOBEC3) qui entraînent l’activité de la cytidine désaminase. L’analyse du génome de la présente étude a révélé 13 nouvelles mutations APOBEC3 et 16 polymorphismes nucléotidiques simples (SNP), que les auteurs pensent être des changements définissant la lignée au sein de la lignée A.2. L’étude a également identifié 25 mutations APOBEC3 supplémentaires dans les souches de monkeypox circulant en Inde.
Les séquences de monkeypox d’Inde différaient des lignées antérieures, telles que B.1 de pays européens comme l’Allemagne, l’Italie et la France, et la lignée A.1 2017-2018 du Nigeria, de Singapour et d’Israël.
conclusion
Pour résumer, l’étude fait état de 13 nouvelles mutations du gène APOBEC3 du virus monkeypox qui pourraient potentiellement être impliquées dans l’évolution du virus. De plus, les résultats ont également découvert 16 nouveaux SNP qui, avec les mutations APOBEC3, ont abouti à des échantillons indiens formant la lignée A.2.1. Les auteurs pensent que les mutations dans le Orthopoxvirus les gènes sont associés à une virulence accrue par suppression immunitaire chez l’hôte.
En outre, les gènes de la région terminale du virus monkeypox et d’autres Orthopoxvirus les espèces sont responsables de l’adaptation à l’hôte et de la transmission. Par conséquent, des études à l’échelle du génome pour comprendre le rôle de ces gènes et la surveillance des mutations émergentes sont impératives pour contenir la propagation du monkeypox.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
