Dans une récente étude publiée sur bioRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs ont évalué l’infectivité de la variante Omicron BA.2.75 du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2) par rapport aux variantes préexistantes.
Depuis juillet 2022, la variante SARS-CoV-2 Omicron BA.5 est devenue une épidémie au Japon. L’Omicron BA.2.75 récemment apparu a davantage préoccupé le monde. Des études ont développé un modèle mathématique pour prédire et comparer les infectivités de différentes variantes du SRAS-CoV-2 telles que les variantes Wuhan, Alpha, Beta, Gamma, Delta et Omicron BA.1 et BA.2.
Sommaire
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont prédit le risque comparatif d’infection par des variantes récemment émergentes telles que la variante SARS-CoV-2 Omicron BA.2.75 par rapport à celle contre des variantes préexistantes.
L’équipe a évalué la distance évolutive des gènes viraux de pointe (S) entre la variante de Wuhan et Omicron BA.4, BA.5 ou BA.2.75. Les séquences du gène S ont été collectées en recherchant dans la base de données EpiCoV de la Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) celle ayant une séquence complète du gène S. L’affinité d’amarrage associée au domaine de liaison au récepteur (RBD) de chaque protéine S de ces variants avec l’enzyme de conversion de l’angiotensine-2 (ACE-2) a été évaluée par analyse de grappes et simulation d’amarrage.
Les séquences d’acides aminés liées aux protéines S ont été collectées sur le site Web CoVariants qui a classé les variantes selon les clades Nextstrain, où la variante Omicron BA.4 a été classée comme 22A, Omicron BA.5 comme 22B et Omicron BA.2.75 comme 22D . Étant donné que BA.4 et BA.5 avaient des protéines S similaires, les séquences du gène S et des acides aminés ont été regroupées pour l’étude.
Résultats
Les résultats de l’étude ont montré que les variantes du SRAS-CoV-2 qui avaient une distance évolutive plus longue par rapport à la variante du SRAS-CoV-2 Wuhan étaient plus susceptibles de conduire à une épidémie. La variante Omicron BA.2.75 s’est avérée avoir l’affinité d’amarrage la plus élevée de la protéine S virale avec la protéine ACE2. Par rapport à la variante Omicron BA.2, alors que BA.4 et BA.5 avaient des distances évolutives du gène S plus longues, l’affinité d’amarrage observée était plus faible.
De plus, par rapport à BA.2, BA.2.75 affichait des distances évolutives plus longues ainsi qu’une affinité d’amarrage plus élevée. Cela indique que BA.2.75 a une plus grande capacité à pénétrer dans les cellules hôtes, tandis que les vaccins SARS-CoV-2 actuellement disponibles sont moins efficaces contre cette variante.
Conclusion
Les résultats de l’étude ont montré que l’infectiosité de la variante SARS-CoV-2 Omicron BA.2.75 était significativement élevée en raison de la longue distance évolutive du gène S et de la simulation d’amarrage de la protéine S virale avec ACE2. Les chercheurs pensent qu’Omicron BA.2.75 présente un risque plus élevé de provoquer une crise sanitaire mondiale.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
