Des chercheurs de l'Istituto Superiore di Sanità (Institut national italien de la santé) ont montré que le syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus 2 (SRAS-CoV-2) circulait déjà en Italie plusieurs semaines avant que le premier cas autochtone (indigène) ne soit documenté en février. 21st cette année.
L'équipe a effectué une recherche rétrospective de traces génomiques du virus dans des échantillons d'eaux usées prélevés dans des stations d'épuration (WTP) dans le nord de l'Italie avant que le premier cas autochtone n'ait été enregistré.
Huit échantillons ont été testés positifs pour le SRAS-CoV-2, le premier cas remontant au 18 décembree, 2019.
Cette image au microscope électronique à balayage montre le SARS-CoV-2 (jaune) – également connu sous le nom de 2019-nCoV, le virus qui cause le COVID-19 – isolé d'un patient aux États-Unis, émergeant de la surface de cellules (roses) cultivées dans le laboratoire. Image capturée et colorisée aux Rocky Mountain Laboratories (RML) du NIAID à Hamilton, Montana. Crédits: NIAID
Elisabetta Suffredini et ses collègues affirment que l'étude souligne en outre l'importance de la surveillance environnementale en tant que «système d'alerte précoce» qui peut détecter les épidémies avant même que les cas aient été signalés aux services de santé.
Une version pré-imprimée du document est disponible sur le serveur medRxiv *, tandis que l'article fait l'objet d'un examen par les pairs.
Codogno, Milano, Italie – 03/09/2020 – Volontaires travaillant dans la zone rouge. Crédit d'image RomboStudio / Shutterstock
Sommaire
Les premiers signalements du SRAS-CoV-2 en Chine et en Italie
Le SRAS-CoV-2, l'agent causal de COVID-19, a infecté pour la première fois des personnes à Wuhan, en Chine, en décembre 2019. Depuis lors, COVID-19 est devenu une urgence mondiale de santé publique et a été déclaré pandémie par l'Organisation mondiale de la santé le 11 marse.
L'Italie est l'un des pays les plus touchés au monde, le virus ayant désormais infecté plus de 240 000 personnes et causé plus de 34 700 décès.
Selon les auteurs, le virus a d'abord affecté la Lombardie et la Vénétie dans le nord de l'Italie, avant de se propager à toutes les autres régions du pays à un stade ultérieur.
Les premiers cas signalés de SRAS-CoV-2 en Italie étaient deux touristes chinois qui sont tombés malades en janvier après avoir pris l'avion depuis Wuhan. Les patients ont été immédiatement isolés et ne semblent avoir infecté personne d'autre.
Le premier cas autochtone a été documenté un mois plus tard, le 21 février, et concernait un homme de 38 ans de Codogno, en Lombardie, dans le nord de l'Italie. Cependant, la façon dont le virus a été introduit chez cet homme n'est pas claire puisque son collègue qui était soupçonné d'être «patient zéro» a été testé négatif.
Identifier la première introduction du virus
«L'identification de la première introduction du virus présente un grand intérêt épidémiologique. En Italie et ailleurs, il y a eu des spéculations selon lesquelles COVID-19 avait circulé silencieusement avant que le premier cas ne soit identifié », écrit l'équipe.
À Paris, par exemple, une analyse rétrospective d'échantillons respiratoires prélevés sur des patients hospitalisés en décembre 2019, a révélé qu'un patient hospitalisé le 27 décembree était positif pour le SRAS-CoV-2, bien qu'il n'ait pas visité la Chine.
Il a été démontré que les patients éliminent le virus dans leurs selles
Des études ont montré qu'environ la moitié des patients atteints de COVID-19 ont du SARS-CoV-2 détectable dans leurs selles et que les patients éliminent le virus dans leurs selles, même s'ils sont asymptomatiques.
«Les échantillons d'eaux usées peuvent ainsi être utilisés pour surveiller les niveaux de virus circulant dans la population, une approche appelée épidémiologie basée sur les eaux usées (WBE)», écrit l'équipe.
Maintenant, Suffredini et ses collègues ont effectué une recherche rétrospective de traces génomiques de SARS-CoV-2 dans quarante échantillons d'eaux usées prélevés dans des CAP dans trois villes du nord de l'Italie (Milan, Turin et Bologne) entre octobre 2019 et février 2020.
Vingt-quatre autres échantillons, prélevés dans les mêmes WTP entre le 12 septembre 2018 et le 19 juin 2019, ont également été analysés comme des échantillons «blancs» ou témoins.
Les échantillons ont été prélevés dans le cadre d'études épidémiologiques basées sur les eaux usées et ont été conservés dans les archives du Département de l'environnement et de la santé de l'Institut national italien de la santé.
Échantillons remontant au 18 décembree testé positif
L'analyse moléculaire utilisant à la fois la transcription inverse en chaîne-polymérase imbriquée (RT-PCR) et la PCR en temps réel a révélé que 15 échantillons étaient positifs pour le SRAS-CoV-2.
De ces échantillons positifs, huit avaient été collectés avant le premier cas autochtone documenté en Italie. Les premiers cas remontaient au 18 décembre 2019 à Milan et à Turin et au 29 janvier 2020 à Bologne.
« Notre étude sur les échantillons d'archives collectés avant la détection du premier cas autochtone confirme que le SRAS-COV-2 circulait déjà en Italie après la mi-décembre 2019, comme le démontre en France l'analyse rétrospective des échantillons respiratoires stockés », précisent les chercheurs.
La valeur potentielle de la surveillance environnementale
Les chercheurs affirment que l'étude montre la valeur potentielle de la surveillance environnementale en tant que système d'alerte précoce qui pourrait alerter les autorités sanitaires de la présence d'une épidémie dans une population spécifique.
«L'activation des réseaux WBE nationaux pour la surveillance du SRAS-CoV-2 pourrait contribuer à la détection précoce d'une éventuelle deuxième vague d'infection, afin de coordonner et de mettre en œuvre rapidement des interventions d'atténuation, et pourrait établir un système de surveillance prêt à fonctionner en cas d’épidémies futures », conclut l’équipe.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
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