Le groupe Tecan et Oxford Nanopore Technologies plc (Oxford Nanopore) annoncent aujourd’hui leur collaboration pour faciliter la préparation de bibliothèques de nanopores à haut débit de manière automatisée et mains libres. Le résultat est un flux de travail entièrement automatisé pour le protocole XL V14 du kit de séquençage de ligature d’Oxford Nanopore (LSK114) avec les solutions DreamPrep® NGS de Tecan. Le protocole LSK114 permet de séquencer n’importe quelle longueur de fragment d’ADN, qui peut aller de l’ADN sans cellule aux amplicons à n’importe quelle longueur de fragments d’ADN, de 200 paires de bases à plus de 100 kb ou même Mb. Il s’agit d’une avancée majeure par rapport aux plates-formes et protocoles de séquençage traditionnels qui ne peuvent séquencer que de courts fragments généralement compris entre 300 et 600 paires de bases.
Le séquençage de longs fragments d’ADN natifs est bénéfique pour générer des informations plus complètes sur le génome – qui contiennent souvent une méthylation, des schémas répétitifs de séquences ou des variantes génétiques à plus grande échelle – ainsi que pour atteindre des parties du génome qui ne peuvent pas être résolues en utilisant des séquences courtes traditionnelles. lire les technologies dans le même cycle de séquençage unique. Disposer d’assemblages génomiques complets est nécessaire pour assurer une meilleure compréhension de la fonction chromosomique, des maladies humaines et de la variation génomique, ce qui se traduira à l’avenir par une meilleure prédiction et une meilleure gestion des maladies. Par conséquent, en combinant une préparation de bibliothèque automatisée hautement reproductible de fragments courts et/ou longs et des rendements élevés de données génomiques, il devient possible d’identifier de manière fiable une carte complète des altérations génétiques, d’effectuer un phasage précis, de résoudre des séquences répétées et de mesurer la méthylation de l’ADN, le tout. en une seule séquence de séquençage. Pouvoir déployer le même flux de travail sur des fragments natifs plus courts, tels que l’ADN acellulaire, ouvre des opportunités dans l’analyse de la méthylation et l’exploration des fragments d’ADN acellulaires complets dans un échantillon, le «fragmentome».
Chez Tecan, nous étendons l’innovation en soins de santé, des sciences de la vie à la clinique, et notre partenariat avec Oxford Nanopore nous permet de faire exactement cela. Nous apportons la commodité d’un simple bouton-poussoir aux flux de travail de préparation de bibliothèques à haut débit, permettant aux scientifiques de se concentrer sur de nouvelles découvertes au lieu d’un travail manuel fastidieux. La combinaison de notre expertise en matière d’automatisation et de préparation de bibliothèques de haute qualité avec le séquençage Oxford Nanopore et ses capacités autour des lectures de n’importe quelle longueur, de l’ADN/ARN natif et du séquençage en temps réel, a des implications dans de multiples domaines, de la génétique des populations à la recherche sur le cancer et à la médecine personnalisée.
Dr Klaus Lun, vice-président exécutif de Tecan et chef de la division commerciale des sciences de la vie
Le PDG d’Oxford Nanopore, Gordon Sanghera, a ajouté : « Notre objectif chez Oxford Nanopore est de fournir des plateformes plug-and-play abordables et accessibles pour les analyses biologiques qui sont actuellement effectuées, et d’ouvrir de nouvelles applications qui ont un impact profond et positif sur l’amélioration de notre compréhension de la génétique. altérations liées à la maladie. Notre technologie fournit désormais une solution automatisée sur une seule plate-forme, fournissant des données génomiques complètes qui incluent la méthylation, la variation structurelle et la variation du nombre de copies, ainsi que les SNP et SNV standard, appelant à toutes les questions biologiques, y compris la méthylation dans le même cycle de séquençage. Notre collaboration avec Tecan met à l’échelle l’innovation des sciences de la vie accessibles avec un partenaire mondial, fournissant des solutions plug-and-play automatisées et transparentes à nos clients pour des résultats plus rapides et de meilleure qualité qui permettent d’économiser du temps, de l’argent et des efforts.
La collaboration entre Tecan et Oxford Nanopore élargit encore le portefeuille croissant de solutions de Tecan pour la préparation automatisée de bibliothèques NGS. Les manipulateurs de liquides de Tecan sont compatibles avec tous les appareils Oxford Nanopore – de Flongle™ à PromethION™ 48, ainsi qu’avec le dispositif de séquençage à haut rendement PromethION 2 (P2) Solo. Cela donne la possibilité d’élargir considérablement l’accès à un séquençage précis, rapide et accessible pour la génomique humaine et d’autres ensembles de données plus importants.
La technologie d’Oxford Nanopore permet d’effectuer une analyse de modification de base parallèlement au séquençage des nucléotides sur la même lecture unique sans avoir besoin d’exécuter plusieurs séquençages Tecan Group Ltd., Seestrasse 103, CH-8708 Männedorf, Suisse T +41 44 922 88 88, F + 41 44 922 88 89, [email protected], www.tecan.com 2 expériences. Par conséquent, contrairement aux technologies traditionnelles, aucune préparation de bibliothèque complexe supplémentaire avec (par exemple le séquençage au bisulfite pour la méthylation) n’est requise, et l’analyse de la modification épigénétique peut être effectuée sur l’ensemble du génome au cours de l’expérience. Les systèmes de préparation de bibliothèque automatisés de Tecan transforment les procédures chronophages et sujettes aux erreurs en expériences utilisateur simples et robustes. La combinaison intégrée des technologies Oxford Nanopore et Tecan est destinée à améliorer la véritable préparation de bibliothèques de séquençage d’ADN et d’ARN avec une technologie éprouvée de manipulation des liquides, des kits de réactifs compatibles avec l’automatisation et des interfaces utilisateur intuitives qui permettront la configuration pour la préparation de la bibliothèque Walkaway s’exécute dans DreamPrep NGS.
Kit de séquençage de protocole de ligature et note technique DreamPrep
Une note technique publiée aujourd’hui est une preuve de concept et démontre la vitesse, l’accessibilité et la cohérence automatisée que la collaboration offre pour une variété d’applications. La note montre un cas d’utilisation où le kit de séquençage de ligature XL V14 d’Oxford Nanopore traitant plusieurs échantillons d’ADN sur le Tecan DreamPrep NGS atteint un rendement élevé et une précision modale de séquençage de lecture brute de Q20 (99 %) et plus. Les participants à la conférence et exposition internationale de la Society for Laboratory Automation and Screening (SLAS) (San Diego, du 25 février au 1er mars 2023) verront un aperçu de ces données et auront l’occasion de discuter des objectifs des deux sociétés dans leur collaboration efforts pour créer des protocoles permettant un séquençage plus évolutif et à plus haut débit.
