*Avis important: medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs déterminent la teneur en acides nucléiques de plusieurs types de virus dans des échantillons prélevés dans des usines de traitement des eaux usées dans le but de corréler ces informations avec des données cliniques sur l’apparition de maladies dans la communauté.
Étude: Concentrations de virus respiratoires dans les excrétions humaines qui contribuent aux eaux usées : une revue systématique. Crédit d’image : APIWAN BORRIKONRATCHATA / Shutterstock.com
Sommaire
Arrière-plan
Les acides nucléiques viraux, qui peuvent se présenter sous la forme d’acide désoxyribonucléique (ADN) ou d’acide ribonucléique (ARN), pénètrent dans les eaux usées à partir de diverses excrétions humaines, notamment l’urine, le mucus, les selles, les expectorations et la salive. Ainsi, la surveillance des virus respiratoires dans les eaux usées pourrait être un outil viable pour les responsables de la santé publique afin d’identifier les tendances d’infection au niveau de la communauté ou de la population.
Tout au long de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), l’épidémiologie basée sur les eaux usées (WBE) a contribué à soutenir les efforts de santé publique pour surveiller la propagation du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2). Ces informations ont par la suite soutenu l’utilisation de cette approche de surveillance pour surveiller les taux de transmission du virus respiratoire syncytial (VRS) et de la grippe au sein de la communauté, car ces niveaux ont également reflété les taux d’incidence clinique de ces virus.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont recueilli et synthétisé la littérature scientifique publiée sur les concentrations et les schémas d’excrétion des virus respiratoires dans tous les types d’excrétion humaine qui pénètrent dans les eaux usées. Les études examinées ont examiné le VRS, le rhinovirus, le virus parainfluenza, les virus de la grippe humaine A et B, le métapneumovirus et les coronavirus saisonniers, notamment HKU1, OC43, 229E et NL63.
Le principal résultat de l’étude était l’estimation de la concentration d’acides nucléiques viraux dans cinq types d’excrétion humaine qui ont été quantifiés en copies du génome viral par unité (masse/volume) d’excrétion.
L’équipe a effectué des recherches approfondies dans trois bases de données, dont Web of Science, PubMed et Scopus, pour chaque virus respiratoire entre juin 2022 et août 2022. La chaîne de recherche comprenait deux champs, le premier recherchant le nom du virus respiratoire et ses variations courantes. Le deuxième champ est resté constant et a recherché cinq types d’excrétion.
Ensuite, les chercheurs ont téléchargé les dossiers d’étude dans Covidence, un logiciel Web qui a examiné, dédupliqué et extrait les données pour la méta-analyse. Les ensembles de données des études longitudinales et transversales ont été examinés séparément, les concentrations d’acide nucléique viral des études transversales étant représentées graphiquement séparément des concentrations des études longitudinales. Une moyenne pondérée a également été utilisée pour combiner les taux de positivité virale des études transversales pour chaque type d’excrétion.
Résultats de l’étude
Les données finales de cette revue comprenaient 220 ensembles de données provenant de 50 articles qui répondaient aux critères d’inclusion et des informations documentées sur les concentrations de virus respiratoires dans cinq types d’excrétion humaine.
Au total, 195 des 220 ensembles de données ne déterminaient que les taux de positivité des virus respiratoires dans les excrétions humaines. À l’inverse, 14 et 11 des 220 études ont quantifié les concentrations d’acides nucléiques viraux ou ont examiné leurs schémas d’excrétion longitudinaux dans les excrétions, respectivement.
Alors que de nombreux ensembles de données évaluaient les virus respiratoires dans les excrétions, l’accent restait principalement sur trois types d’excrétion de mucus, de salive et d’expectoration. La disponibilité des données sur la détection des virus respiratoires dans les selles était moindre et encore plus rare dans les urines.
En fait, aucune étude n’a examiné la présence de rhinovirus, de coronavirus saisonniers et de virus parainfluenza dans l’urine, alors qu’une seule étude a dosé à la fois le VRS et le métapneumovirus dans l’urine. Ces résultats indiquent que les selles et l’urine sont les excrétions humaines les plus sous-examinées, en particulier dans le contexte des virus respiratoires. Ceci est comparable à plusieurs études qui ont détecté la grippe dans les échantillons d’urine de sujets infectés.
La disponibilité des données variait avec chaque virus respiratoire, avec seulement 20 ensembles de données d’excrétion disponibles pour le métapneumovirus et le rhinovirus. À l’inverse, 75 ensembles de données sur l’excrétion étaient disponibles pour la grippe.
De plus, les taux de positivité pour chaque virus, à l’exception des coronavirus humains, étaient les plus élevés dans le mucus, suivi des expectorations et de la salive. En conséquence, le taux de positivité du coronavirus humain était le plus élevé dans le mucus.
Enfin, les chercheurs ont trouvé difficile de comparer les concentrations virales respiratoires dans cinq types d’excrétion en raison des méthodes de quantification utilisées dans les études incluses et les unités rapportées.
conclusion
La revue actuelle met en évidence un manque d’études examinant les concentrations de virus respiratoires dans les excrétions humaines. Étant donné qu’une grande partie de ces données ont documenté la présence ou l’absence de virus respiratoires dans les excrétions dans une conception d’étude transversale, il reste un besoin de données plus longitudinales, ce qui pourrait aider à estimer le nombre de personnes dans la communauté infectées par le virus et le jeter dans les eaux usées.
*Avis important: medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
