L’Institut national du cancer a accordé 10,5 millions de dollars à la Division de la biostatistique du Département des sciences de la population et de la santé publique de la Keck School of Medicine de l’USC. La subvention de projet de programme de recherche (P01) permettra aux chercheurs de développer des méthodes statistiques visant à découvrir de nouveaux facteurs de risque associés au cancer en s’appuyant sur des ensembles de données de plusieurs études sur le cancer. L’importance du prix n’est pas seulement sa nature hautement compétitive, mais l’allocation de fonds au développement de méthodes complexes appliquées à de multiples sources de données intégrées ; il est rare qu’une subvention de projet de programme soit accordée par les National Institutes of Health uniquement pour des raisons statistiques. recherche méthodologique.
Cet incubateur est codirigé par James Gauderman, PhD, président de la Division de biostatistique, et Kimberly Siegmund, PhD, experte en biostatistique dans la modélisation du cancer. Le projet vise à résoudre certains des principaux problèmes rencontrés dans la recherche sur le cancer concernant les vastes données. Les données sont « importantes » en termes de grand nombre de participants aux études épidémiologiques et cliniques, ainsi que de diverses mesures recueillies au cours de différentes enquêtes. Le programme développera de nouvelles méthodes statistiques pour intégrer de grands volumes de données sur la santé, la génomique et l’exposition afin de permettre la découverte d’associations génétiques et d’interactions génomique par exposition liées au risque de cancer.
Nous nous attendons à ce que les méthodes que nous développons et leurs applications correspondantes à de grandes études en cours fournissent de nouvelles informations sur les processus biologiques complexes ainsi que des découvertes de nouvelles associations importantes pour le risque, le pronostic et/ou le traitement du cancer.
James Gauderman, PhD, président de la division de biostatistique, Keck School of Medicine de l’USC
Le premier cycle de 5 ans de ce programme portait sur le cancer colorectal, incluant une étude auprès de plus de 130 000 sujets. Des études antérieures ont produit un riche éventail de biomarqueurs potentiels permettant une meilleure compréhension de la maladie et de son pronostic. Le renouvellement de la subvention élargit l’objectif pour inclure également le cancer du sein, de l’ovaire et de la prostate, avec la possibilité d’inclure d’autres types de cancer. « Ce qui est passionnant, c’est qu’il existe de nombreuses nouvelles technologies qui nous permettent de mesurer ce qui se passe à l’intérieur de nos cellules, et nous collectons ces mesures sur les cellules cancéreuses », partage Siegmund, expert en analyse statistique et en apprentissage automatique des données épigénétiques dans maladie humaine. « Alors maintenant, nous essayons de créer des méthodes statistiques pour répondre aux questions sur comment les cellules cancéreuses se comportent. »
Cette initiative est un effort de collaboration qui rassemble de nombreux chercheurs ayant des connaissances intellectuelles, des intérêts et une expérience uniques dans le cadre d’études épidémiologiques à grande échelle sur le cancer. Cela comprend une récente étude nationale sur le cancer de la prostate chez les hommes afro-américains dirigée par Chris Haiman, ScD, président de la Division d’épidémiologie et de génétique. La subvention comprend également la cohorte multiethnique créée en 1993, avec plus de 215 000 participants dans les comtés de Los Angeles et à Hawaï. Il est composé d’une cohorte diversifiée comprenant des participants afro-américains, asiatiques américains, caucasiens, hispaniques et autochtones hawaïens. « Nous avons vu un besoin de réunir un certain nombre de personnes à la même table pour discuter de ces nouvelles données passionnantes en cours de collecte et explorer comment nous pouvons intégrer la génétique, les facteurs environnementaux et une variété de mesures omiques », explique Gauderman. « Il est vraiment utile de réfléchir à la manière d’intégrer des données provenant de plusieurs sources pour examiner des aspects qui n’ont été anticipés par aucune étude à elle seule. »
Les chercheurs souhaitent que leurs méthodes soient largement utilisées dans le domaine de l’épidémiologie du cancer. De même, une autre composante de cette étude implique le développement de modèles statistiques dans des progiciels conviviaux. Il a été important pour l’équipe de recherche de développer des méthodes qui atteindront les utilisateurs en aval. « Nous contribuons à l’écosystème logiciel en facilitant la traduction vers d’autres ensembles de données, afin que chacun puisse imiter ce que nous faisons, avec ses propres données », affirme Siegmund. De cette manière, leurs méthodes seront applicables aux études d’épidémiologie génétique portant non seulement sur le cancer, mais sur de nombreux autres traits.
Objectifs du programme
- Développer des méthodes d’analyse statistique et d’apprentissage automatique qui intègrent des mégadonnées pour identifier de nouveaux facteurs de risque de cancer.
- Appliquez ces méthodes statistiques à diverses études sur le cancer pour découvrir de nouvelles connaissances biologiques. Cela conduira à son tour à des modèles prédictifs pour éclairer les interventions ciblées contre le cancer, telles que les programmes de dépistage visant les changements de mode de vie recommandés.
- Partagez des outils logiciels conviviaux avec la communauté scientifique au sens large en vous assurant que les méthodes développées sont largement disponibles pour être appliquées à un large éventail de données.
