Des scientifiques de l’UCL et du Francis Crick Institute de Londres ont mis au point un nouvel outil qui permet d’estimer rapidement le nombre de cellules T (cellules immunitaires) dans une tumeur cancéreuse ; l’abondance des lymphocytes T aidant à prédire la réponse d’un patient à l’immunothérapie, les chercheurs espèrent que cela pourrait permettre des thérapies anticancéreuses plus ciblées et plus efficaces.
Dans le cadre du projet TRACERx financé par Cancer Research UK, publié dans La nature, les scientifiques ont analysé les données de séquençage de l’ADN des tumeurs cancéreuses des patients, pour voir s’ils pouvaient quantifier la fraction de cellules T dans un échantillon.
Expliquant la recherche, l’auteur correspondant, le Dr Nicholas McGranahan (UCL Cancer Institute), a déclaré: « Le séquençage de l’ADN est fréquemment effectué sur les tumeurs des patients cancéreux pour la stratification des patients et pour comprendre comment un cancer s’est développé.
« L’estimation des cellules immunitaires, qui sont importantes pour contrôler les cancers, influencer la survie des patients et orienter le traitement, n’a pas été possible dans le passé uniquement à partir des données de séquençage de l’ADN.
« Nous visions à explorer si nous pouvions développer une nouvelle méthode pour élucider les cellules immunitaires directement à partir du séquençage de l’ADN, sans avoir besoin de plus de données. »
Le séquençage de l’ADN permet aux scientifiques de voir l’histoire évolutive de la façon dont les tumeurs individuelles se sont développées. Dans cette recherche, ils ont développé un outil (ou une méthode) pour « regarder en arrière » et calculer les niveaux de « recombinaison VDJ » des lymphocytes T ; il s’agit d’un processus dans les cellules T, dans lequel elles sont réassemblées ou modifiées et reçoivent les outils leur permettant d’identifier et d’attaquer les envahisseurs.
Plus précisément, ils ont trouvé un « signal », qui indiquait la perte des cercles d’excision des récepteurs des cellules T (TREC), nécessaires à la maturation des cellules T, qui s’est produite lors de la recombinaison VDJ. En attribuant un score à cette « perte », ils ont pu estimer avec précision le nombre de cellules T présentes dans la tumeur.
Nous montrons que ce score peut être utilisé pour prédire la réponse aux mécanismes d’immunothérapie et d’évasion immunitaire.
Le score peut également être appliqué aux données de séquençage de l’ADN dérivées d’échantillons de sang normaux qui sont généralement collectés mais qui, jusqu’à présent, n’ont pas pu être systématiquement analysés pour le contenu immunitaire. »
Dr Nicholas McGranahan, Institut du cancer de l’UCL
Pourquoi cela aidera l’immunothérapie
Ces dernières années, les inhibiteurs de points de contrôle (IPC), un type d’immunothérapie, sont devenus un traitement révolutionnaire pour de nombreux types de cancer.
Les IPC agissent en bloquant les protéines appelées points de contrôle, qui sont fabriquées par les cellules T ; ces points de contrôle aident à empêcher les réponses immunitaires d’être trop fortes et peuvent parfois empêcher les cellules T de tuer les cellules cancéreuses. Lorsque ces points de contrôle sont bloqués, les cellules T peuvent mieux tuer les cellules cancéreuses.
L’un des biomarqueurs trouvés qui prédisent le succès probable de l’immunothérapie est la quantité de cellules T présentes. Plus il y a de cellules T disponibles pour que les IPC s’adaptent, plus les cellules cancéreuses peuvent être détruites.
Le premier auteur, le Dr Robert Bentham, chercheur principal (UCL Cancer Institute), a déclaré : « La quantification de l’infiltration des lymphocytes T directement à partir du séquençage de l’ADN offre un plus grand pouvoir prédictif de la réponse du patient au traitement sans avoir besoin de données supplémentaires.
« En effet, le processus que nous avons développé peut être réalisé sans temps ni coût supplémentaire, au-delà du séquençage standard de l’ADN.
« Notre outil permettra également plus de recherche sur le système immunitaire, pas seulement dans le contexte du cancer. »
Les scientifiques disent que, comme l’outil n’a été utilisé que dans la recherche jusqu’à présent, ils devront le développer davantage avant qu’il puisse être mis à disposition pour une utilisation clinique.
L’UCL a été assistée dans cette étude par des partenaires de recherche du Francis Crick Institute, à Londres, et a utilisé des échantillons de patients de l’étude TRACERx financée par CRUK, dirigée par le professeur Charles Swanton, chef de groupe au Crick et directeur de l’UCL CRUK Lung Cancer Center of Excellence.
