Dans une étude récente publiée sur le medRxiv* serveur de prétirage, les chercheurs analysent les sérums obtenus avant, pendant et après la période de dominance du coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Omicron BA.1 et BA.2 (BA.1/2) du syndrome respiratoire aigu sévère pour évaluer les taux d’infection et les changements dans l’histoire immunologique des patients atteints de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) au fil du temps.
Des études antérieures ont rapporté qu’Omicron est plus transmissible et immuno-évasif que les variantes du SRAS-CoV-2 qui circulaient auparavant, ce qui a conduit à la vaste et rapide propagation géographique d’Omicron à travers le monde. En raison de la moindre gravité des infections à Omicron, des ressources de diagnostic et des tests limités et des taux de réinfection élevés, l’expansion des sous-variantes d’Omicron BA.1/2 n’a pas été bien caractérisée dans les régions australes de l’Afrique.
Étude: Paysage immunologique en évolution rapide et gravité du SRAS-CoV-2 à l’ère Omicron en Afrique du Sud. Crédit d’image : TakSato / Shutterstock.com
Sommaire
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont évalué quantitativement les altérations du paysage immunologique du SRAS-CoV-2 au fil du temps. Les chercheurs se sont particulièrement intéressés à la période de dominance BA.1/2, où ils ont comparé les propriétés épidémiologiques d’Omicron et des variantes SARS-CoV-2 circulant précédemment en utilisant des données de cohortes urbaines et rurales en Afrique du Sud.
En juin 2020, l’étude prospective sur les ménages du SRAS-CoV-2, de la grippe et de la charge communautaire du virus respiratoire syncytial, de la dynamique de transmission et de l’interaction virale en Afrique du Sud-COVID-19, également connue sous le nom de PHIRST-C, a recruté 1 200 personnes de 222 ménages. Un total de 114 ménages avec 643 personnes résidaient dans des zones rurales, tandis que le site urbain comprenait 108 ménages avec 557 personnes.
La présente analyse a été réalisée sur un sous-ensemble de l’échantillon de population PHIRST-C de 905 sur 1 200 individus. Les infections par le SRAS-CoV-2 pendant la prédominance d’Omicron BA.1/2 ont été évaluées sur la base d’un test de transcription inverse en chaîne par polymérase en temps réel (rRT-PCR) et d’évaluations sérologiques tout au long de la mi-septembre 2021.
Entre juillet 2020 et avril 2022, 10 échantillons de sérum ont été obtenus séquentiellement de chaque participant, avec du sang prélevé tous les deux mois avant, pendant et après l’émergence d’Omicron BA.1. Les patients ont été suivis pour une infection active par le SRAS-CoV-2 entre le 16 juillet 2020 et le 28 août 2021 en région rurale, et entre le 27 juillet 2020 et le 28 août 2021 en région urbaine pendant la dominance de les souches SARS-CoV-2 D614G, Beta et Delta.
Lors du suivi, des écouvillons nasopharyngés ont été obtenus deux fois par semaine pour le diagnostic de COVID-19 par rRT-PCR. Les taux cumulés d’infection et de réinfection par le SRAS-CoV-2 pendant la dominance BA.1/2 ont également été évalués. Les données ont été incorporées dans un modèle de transmission domestique binomial en chaîne ajusté en fonction du sexe, de l’âge et des deux sites pour évaluer les caractéristiques des variantes Delta et Omicron.
Parmi les participants à l’étude, moins de 20 % avaient reçu une ou plusieurs doses de vaccin COVID-19 avant l’émergence d’Omicron sur les deux sites. Les taux d’attaque d’infection estimés ont été comparés aux données nationales de surveillance hospitalière COVID-19. Les taux de mortalité par infection (IFR) ont été calculés pour les vagues de COVID-19 dans le site urbain.
Résultats de l’étude
Les taux d’attaque d’infection BA.1/2 étaient de 65 % et 58 % dans les sites ruraux et urbains, respectivement, les percées d’infections et les réinfections représentant plus de 60 % des cas dans les deux sites. Le paysage immunologique a été fragmenté avec 14 catégories distinctes d’exposition au SRAS-CoV-2 pendant la prédominance d’Omicron BA.1/2.
Les participants à l’étude avaient plus de deux fois plus de risques d’infections BA.1/2 que d’infections Delta, avec un rapport de cotes (OR) de 2,4 lorsque Omicron était comparé aux infections Delta.
Le COVID-19 causé par les souches D614G, Beta et Delta a conféré respectivement 13 %, 34 % et 51 % de protection contre les infections à Omicron BA.1/2. L’immunité hybride, qui est définie comme l’immunité fournie à la fois par une infection antérieure par le SRAS-CoV-2 et la vaccination par le COVID-19, et les diagnostics répétés de COVID-19 sans vaccination ont réduit la probabilité d’infection par BA.1/2 de 60 % et 85 %, respectivement. Les infections percées et les réinfections présentaient un risque réduit de 41 % de transmission ultérieure du SRAS-CoV-2 par rapport aux infections primaires par le SRAS-CoV-2 avec un OR de 0,6.
Dans la région rurale, des taux d’attaque d’infection de 8,2 %, 21 % et 39 % ont été observés pour les souches D614G, Beta et Delta, respectivement, avec des taux plus élevés, signalés à chaque vague successive de COVID-19. Les taux correspondants dans la région urbaine étaient de 26 %, 32 % et 23 %, respectivement.
Les taux d’infection cumulés dans les sites ruraux et urbains étaient de 68 % et 81 %, respectivement, les infections primaires par le SRAS-CoV-2 représentant la plupart des cas sur les deux sites. En revanche, les réinfections étaient plus fréquentes pendant la dominance BA.1/2.
Les participants à l’étude ont connu respectivement 1,3 et 1,4 épisodes de COVID-19 dans les régions rurales et urbaines au cours des deux premières années de la pandémie de COVID-19. La grande proportion de réinfections pendant la dominance d’Omicron a déplacé le paysage immunologique vers une dominance d’exposition répétée au SRAS-CoV-2, avec 52 % et 60 % des individus dans les sites ruraux et urbains, respectivement, signalant plus d’une exposition signalée après la quatrième vague. Les ratios réinfection/infection étaient de 2,0 et 1,4 dans les sites urbains et ruraux, respectivement.
Le risque de transmission domestique du SRAS-CoV-2 est considérablement réduit avec la taille du ménage. Les enfants de moins de quatre ans étaient plus sensibles à la transmission du SRAS-CoV-2 dans les ménages que les adultes de 35 à 49 ans. Les OR pour les sites urbains et ruraux étaient de 2,2 et 4,1, respectivement.
Les taux d’incidence cumulés du SRAS-CoV-2 rapportés par le système de surveillance pour Omicron étaient de 0,8 et 0,5 pour 100 personnes dans les sites urbains et ruraux, respectivement, avec des taux de détection d’infection correspondants de 0,8 % et 1,3 %, respectivement. L’IFR estimé était de 0,04 % pendant la dominance BA.1/2, ce qui était nettement inférieur à celui qui avait été signalé lors des trois vagues précédentes.
conclusion
Les découvertes d’étude expliquent qu’Omicron BA.1/2 a montré un paysage immunisé hétérogène, avec des sous-groupes des populations caractérisées par des histoires distinctes de l’exposition SARS-CoV-2 en Afrique du Sud.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
