De nouvelles recherches publiées dans la revue Cellule évalue les viromes de 18 espèces différentes de gibier à travers la Chine pour prédire les agents pathogènes potentiels similaires au coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) qui pourraient infecter les populations humaines.
Des cas d’infections par le SRAS-CoV-2 ont été identifiés pour la première fois chez des préposés aux animaux dans les provinces du Hubei en Chine, tandis que des souches virales similaires ont été détectées chez des civettes, des chiens viverrins et des pangolins qui faisaient partie des animaux de gibier populaires et utilisés pour la consommation humaine et le commerce mondial. Cependant, il n’y a pas de données significatives sur ces animaux sauvages malgré leur contact étroit avec les populations humaines et leur potentiel d’infecter les humains avec une variété d’agents pathogènes.
Étude : La caractérisation des viromes du gibier en Chine révèle un éventail d’agents pathogènes émergents. Crédit d’image : photographie animalière kajornyot / Shutterstock
À propos de l’étude
La présente étude a mené une enquête méta-transcriptomique systématique de 18 espèces de gibier afin d’évaluer la diversité et le potentiel des agents pathogènes associés aux vertèbres chez ces animaux à infecter les populations humaines.
Au total, 3 111 échantillons de gibier ont été prélevés de juin 2017 à décembre 2021 dans les habitats naturels des animaux, les zoos et les sites de reproduction artificielle dans 20 provinces chinoises. Des échantillons ont été obtenus à partir d’espèces de mammifères, y compris Hystrix brachyura, Myocastor coypus, Rhizomys pruinosus, Marmota himalayana, Cynomys ludovicianus, Spermophilus dauricus, Callosciurus erythraeus, Sciurus vulgaris, Manis javanica, Manis pentadactyla, Paguma larvata, Nyctereutes procyonoides, Arctonyx collaris, Meles leucurus, Melogale moschata , et Oryctolagus cuniculus. Des écouvillons nasaux, pharyngés, anaux et fécaux d’animaux vivants et des échantillons de tissus d’animaux décédés ont été prélevés.
Marmota himalayana Crédit d’image : ErezFri/Shutterstock
La construction de la bibliothèque d’échantillons et l’extraction de l’acide ribonucléique (ARN) ont été réalisées en classant les échantillons en fonction de l’espèce, de l’état de santé, de l’emplacement et des conditions d’alimentation. L’extraction de l’ARN a été suivie de l’élimination de l’acide désoxyribonucléique (ADN) génomique à l’aide de la désoxyribonucléase I (DNase I) et de l’ARN ribosomal hôte pour faciliter la préparation d’une bibliothèque de méta-transcriptomes de chaque pool. La qualité des lectures de séquençage dans chaque bibliothèque a été contrôlée selon les paramètres définis, tandis que les lectures restantes ont été organisées de novo et par rapport à la base de données de protéines non redondantes (nr) du National Center for Biotechnology Information (NCBI). Le premier coup d’explosion dans chaque bibliothèque a été reconnu comme un coup de virus probable, et des informations sur la lignée taxonomique ont été obtenues.
La présence virale sur les échantillons d’ARN a été vérifiée par transcription inverse-amplification en chaîne par polymérase (RT-PCR) et RT-PCR nichée. Les produits de PCR résultants ont été séquencés et comparés à la matrice d’origine.
L’abondance relative d’une espèce de virus dans chaque bibliothèque a été estimée sur la base du nombre de lectures cartographiées par million de lectures totales (RPM) à l’aide de lectures ajustées conformément au contrôle de qualité. Celles-ci ont d’abord été cartographiées pour séparer les lectures liées à l’ARN ribosomique, tandis que les lectures non cartographiées ont ensuite été cartographiées pour vérifier les génomes viraux.
Paguma larvata. Crédit d’image : Ibenk_88 / Shutterstock
Résultats
Les résultats de l’étude ont montré des échantillons de 18 espèces appartenant à cinq ordres de mammifères, à savoir Pholidota, Rodentia, Eulipotyphla, Carnivora et Lagomorpha. Les échantillons fécaux et respiratoires prélevés sur les espèces sélectionnées ont fourni plus de 3 billions de bases nucléotidiques qui ont aidé à la découverte du virus et à sa caractérisation. Un total de 13 familles virales, dont 102 espèces virales apparentées aux vertébrés et 16 espèces d’ADN viral, ont été détectées par séquençage méta-transcriptomique et vérifiées par RT-PCR. Les virus appartenant aux Picornaviridae, Astroviridae et Parvovirdae étaient les plus courants et avaient une abondance et une prévalence plus élevées par rapport aux autres espèces virales.
Notamment, des coronavirus ont été détectés chez des blaireaux asiatiques, des rats de bambou et des civettes ; cependant, les virus apparentés au SRAS-CoV ou au SRAS-CoV-2 n’ont été trouvés dans aucune des espèces animales examinées dans cette étude. Plus de 80 % des identités de séquences nucléotidiques ont été détectées entre les virus trouvés dans l’espèce animale et les virus pathogènes connus, à savoir le virus de la grippe A, le virus de la grippe B, le virus parainfluenza humain 2, l’orthohepevirus A, le virus de Norwalk, l’orthoréovirus de mammifère et le rotavirus A et C
Sur les 102 virus liés aux vertèbres détectés dans cette étude, 21 virus qui étaient censés poser un risque d’infection significatif ont été examinés pour les modèles épidémiologiques tels que le potentiel zoonotique perçu et/ou la probabilité de franchir les barrières d’espèces et d’infecter d’autres espèces animales. Une tendance des virus à haut risque à former des grappes géographiques a été observée dans la province chinoise, comme indiqué dans le coronavirus de la chauve-souris Miniopterus dans la province du Hunan, le virus de la grippe B dans la province du Zhejiang, le respirovirus bovin 3 dans la province du Hebei et l’orthorubulavirus mammifère 5 dans le Yunnan. Province.
Une prévalence élevée de virus particuliers et la présence de marqueurs de signature de transmission inter-espèces dans différentes bibliothèques de la même espèce ou d’espèces différentes ont été observées dans plusieurs virus. En outre, le plus grand nombre d’agents pathogènes présentant un risque accru d’infection zoonotique a été trouvé chez les civettes, suivies des porcs-épics, des ragondins, des rats de bambou, des pangolins malais et des chiens viverrins.
Conclusion
Les résultats de l’étude ont montré que le gibier pourrait se présenter comme des hôtes cruciaux pour les virus et entraîner des maladies connexes chez l’homme ainsi que chez les animaux domestiques. De plus, la capacité de ces hôtes animaux à être porteurs de virus pathogènes peut favoriser les chaînes de transmission virale et l’émergence de nouvelles variantes virales.
