Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur de prétirage, les chercheurs ont examiné les pratiques de collecte d’échantillons, les caractéristiques épidémiologiques et les valeurs de seuil de cycle (Ct) pour les tests de réaction en chaîne par polymérase (PCR) utilisés dans deux laboratoires de référence aux États-Unis (É.-U.) pour détecter le virus monkeypox (MPXV).
Étude : performances et tendances cliniques au cours des deux premiers mois de test PCR du virus Monkeypox dans deux laboratoires de référence aux États-Unis. Crédit d’image : Salov Evgeniy/Shutterstock
Sommaire
Arrière plan
La récente épidémie de monkeypox dans des pays non endémiques tels que les États-Unis a entraîné une augmentation des tests de diagnostic MPXV PCR. Le monkeypox est causé par un virus dans le Orthopoxvirus genre, semblable à celui qui cause la variole Variole virus. Avec l’éradication presque complète de la variole, la plupart des pays ont interrompu la vaccination antivariolique, laissant des lacunes dans l’immunité.
La diminution substantielle de la propagation des orthopoxvirus a également eu pour conséquence que les cliniciens ne sont pas familiarisés avec les infections à orthopoxvirus et qu’il y a moins d’installations de test de diagnostic. Avant l’épidémie de 2022, les tests MPXV n’étaient effectués que dans des laboratoires agréés par la Food and Drug Administration (FDA) des États-Unis ou par les Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Entre juin et juillet 2022, les tests de dépistage du monkeypox développés en laboratoire et autorisés par la FDA ont été étendus aux laboratoires cliniques.
Alors que les laboratoires cliniques et de référence peuvent traiter un nombre de cas nettement plus élevé que les établissements de santé publique et communiquer les résultats des tests qualitatifs au CDC et aux services de santé de l’État, les données telles que les valeurs Ct et les performances des tests ne sont pas régulièrement communiquées. La surveillance de ces données peut aider à identifier les variantes émergentes et à améliorer les pratiques de test.
À propos de l’étude
La présente étude a examiné les données de test MPXV PCR de deux laboratoires de référence aux États-Unis – le laboratoire de virologie de l’Université de Washington (UW) à Seattle, Washington, et les laboratoires ARUP (ARUP) à Salt Lake City, Utah. Les données examinées comprenaient des informations sur plus de 10 000 spécimens collectés entre juillet et août 2022.
Des facteurs épidémiologiques descriptifs tels que la distribution par âge et par sexe dans les tests MPXV PCR ont été comparés entre les deux laboratoires. De plus, les chercheurs ont examiné les valeurs moyennes de Ct dans les deux laboratoires pour comparer les charges virales détectées dans les tests PCR. Enfin, la concordance des résultats des tests a été comparée à l’aide du pourcentage de patients ayant soumis plusieurs écouvillons.
Résultats
Les résultats ont fait état d’une augmentation des tests chez les hommes âgés de 18 à 40 ans, considérés comme plus à risque de monkeypox. Les auteurs ont observé que les taux de positivité diminuaient avec l’augmentation du nombre d’échantillons soumis. Ils ont également détecté un nombre plus important de résultats de tests positifs chez les hommes que chez les femmes, ce qui est cohérent avec les résultats d’autres études faisant état d’une incidence plus élevée d’infections par le monkeypox chez les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes.
Les valeurs de Ct entre les deux laboratoires de référence étaient comparables, les tests de laboratoire ARUP détectant une charge virale légèrement plus élevée. Les méthodes de collecte et d’extraction, cependant, différaient considérablement. L’extracteur d’acide nucléique Chemagic utilisé par l’ARUP a une sensibilité analytique plus élevée que le protocole d’inactivation virale et de lyse utilisé dans l’UW. Les auteurs pensent que la différence dans les procédures de traitement et d’extraction des échantillons pourrait expliquer la variation des charges virales des deux laboratoires.
La collecte de plusieurs écouvillons d’un même individu a entraîné une concordance globale des tests de plus de 95 %. Un très faible pourcentage (moins de 1,5%) a eu besoin de trois tests ou plus pour un résultat positif, et leurs valeurs de Ct étaient significativement élevées, indiquant une faible charge virale. Les écouvillons secs suspendus dans une solution saline tamponnée au phosphate ont révélé des charges virales plus élevées que les écouvillons dans les milieux de transport viral (VTM), que les auteurs attribuent à la dilution de la charge virale dans le VTM.
Selon les auteurs, alors que des résultats positifs discordants pourraient être dus à de faibles charges virales, la contamination croisée ne peut être exclue comme raison. Le CDC a récemment publié un avis sur le risque de faux positifs et a exhorté les laboratoires à tester deux échantillons pour des résultats avec des valeurs Ct supérieures à 34.
conclusion
Dans l’ensemble, l’étude a montré que la surveillance des facteurs de test MPXV PCR autres que les résultats des tests qualitatifs dans les laboratoires cliniques et de référence est extrêmement utile pour comprendre les différences et améliorer les processus des tests de diagnostic.
Les auteurs rapportent que si plusieurs écouvillons d’un individu améliorent la concordance globale des tests, une partie considérable des installations et des ressources de test PCR est utilisée pour un individu, ce qui est inefficace en termes de ressources et de temps. Par conséquent, ils proposent plutôt une méthode consistant à combiner plusieurs écouvillons d’un individu dans VTM pour améliorer les performances de diagnostic tout en réduisant les coûts globaux.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies
