Une nouvelle étude, dirigée par des chercheurs de l’Université de Californie à Irvine, a approfondi la compréhension des mécanismes épigénétiques de la tumorigenèse et a révélé un répertoire jusqu’alors non détecté de gènes responsables du cancer. L’étude a été publiée cette semaine dans Progrès scientifiques.
À l’aide d’un nouvel algorithme de prédiction, appelé DORGE (Discovery of Oncogenes and tumor suppresso Genes using Genetic and Epigenetic features), les chercheurs ont pu identifier de nouveaux gènes suppresseurs de tumeurs (TSG) et oncogènes (OG), en particulier ceux avec des mutations rares, en intégrant le collection la plus complète de données génétiques et épigénétiques.
« Les algorithmes bioinformatiques existants ne tirent pas suffisamment parti des caractéristiques épigénétiques pour prédire les gènes responsables du cancer, malgré le fait que les altérations épigénétiques sont connues pour être associées aux gènes responsables du cancer », a déclaré l’auteur principal Wei Li, PhD, président de Grace B. Bell et professeur de bioinformatique au département de chimie biologique de l’école de médecine de l’UCI. « Notre algorithme de calcul intègre des données publiques sur les alternances épigénétiques et génétiques, pour améliorer la prédiction des gènes responsables du cancer. »
Le cancer résulte d’une accumulation d’altérations génétiques clés qui perturbent l’équilibre entre la division cellulaire et l’apoptose. Les gènes avec des mutations «conductrices» qui affectent la progression du cancer sont connus sous le nom de gènes moteurs du cancer et peuvent être classés comme des TSG et des oncogènes OG en fonction de leur rôle dans la progression du cancer.
Cette étude a démontré comment les gènes moteurs du cancer, prédits par DORGE, comprenaient à la fois des gènes moteurs du cancer connus et de nouveaux gènes moteurs non rapportés dans la littérature actuelle. En outre, les chercheurs ont découvert que les nouveaux gènes à double fonction, que DORGE prédit à la fois comme TSG et OG, sont hautement enrichis au niveau des centres d’interaction protéine-protéine (IPP) et de réseaux médicament / composé-gène.
«Notre algorithme DORGE a exploité avec succès des données publiques pour découvrir les altérations génétiques et épigénétiques qui jouent un rôle important dans la dérégulation des gènes responsables du cancer», a expliqué Li. « Ces résultats pourraient contribuer à améliorer les efforts de prévention, de diagnostic et de traitement du cancer à l’avenir. »
La source:
Université de Californie – Irvine
Référence du journal:
Lyu, J., et coll. (2020) DORGE: Découverte des oncogènes et des gènes suppresseurs de tumeur à l’aide de caractéristiques génétiques et épigénétiques. Progrès scientifiques. doi.org/10.1126/sciadv.aba6784.
