Dans une étude récente publiée dans le Psychiatrie Moléculaire Journal, une équipe de chercheurs des États-Unis a mené une étude d’association à grande échelle à l’échelle du génome pour identifier de nouveaux facteurs génétiques qui affectent les taux plasmatiques d’apolipoprotéine E et pour tester l’association entre les taux plasmatiques de base d’apolipoprotéine E et la démence et la fonction cognitive incidentes. .
Étude: L’analyse à l’échelle du génome identifie de nouveaux loci influençant la concentration plasmatique d’apolipoprotéine E et le risque de maladie d’Alzheimer. Crédit d’image : vitstudio/Shutterstock.xom
Sommaire
Arrière-plan
Apolipoprotéine E, codée par le APOE gène, est une glycoprotéine composée de 299 acides aminés qui transportent le cholestérol et d’autres lipides dans le système nerveux central et le plasma.
Les hépatocytes produisent l’apolipoprotéine E plasmatique, tandis que les astrocytes produisent l’apolipoprotéine E dans le système nerveux central. Les phospholipides et le cholestérol essentiels à la neurotransmission, à la réparation neuronale et au développement neuronal sont transportés vers le système nerveux central par l’apolipoprotéine E.
Le APOE le gène est connu pour avoir trois allèles communs – APOE*2, APOE*4et APOE*4 — qui donnent naissance à six génotypes basés sur des combinaisons homozygotes et hétérozygotes de ces allèles. Ces génotypes sont connus pour déterminer la variation entre les individus des taux de cholestérol plasmatique et le risque de maladie d’Alzheimer.
Le APOE*4 l’allèle est l’allèle à risque, tandis que l’allèle APOE*2 on pense que l’allèle est protecteur par rapport à l’allèle APOE*3 allèle. Des études d’association à l’échelle du génome ont déjà été utilisées à petite échelle pour comprendre les variations du niveau plasmatique de l’apolipoprotéine E.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont mené une étude d’association à grande échelle à l’échelle du génome pour identifier de nouvelles variantes génétiques susceptibles d’influencer les taux plasmatiques d’apolipoprotéine E et comprendre l’association entre les taux de base d’apolipoprotéine E et la démence incidente et la fonction cognitive.
En plus d’augmenter le risque de maladie d’Alzheimer, le APOE*4 On pense également que l’allèle entraîne une baisse des taux d’apolipoprotéine E dans le plasma.
En revanche, le APOE*2 On pense que l’allèle augmente les taux plasmatiques d’apolipoprotéine E par rapport à l’allèle APOE*3 allèle, avec de faibles taux plasmatiques d’apolipoprotéine E censés augmenter le risque de maladie d’Alzheimer.
Les chercheurs ont utilisé la cohorte longitudinale qui fait partie d’une étude appelée Ginkgo Evaluation of Memory, qui comprenait des individus âgés de 72 à 96 ans ayant des capacités cognitives normales ou des troubles cognitifs légers lors des évaluations de base.
Les sujets inscrits à l’étude entre 2000 et 2002 ont été dépistés pour la démence incidente tous les six mois jusqu’en 2008.
Les taux plasmatiques d’apolipoprotéine E ont été déterminés au départ et des études génétiques ont été menées pour les participants pour lesquels des échantillons d’acide désoxyribonucléique (ADN) étaient disponibles. Étant donné que la représentation des autres ethnies était très faible dans la cohorte, seuls des échantillons provenant d’Américains d’origine européenne ont été utilisés pour l’étude d’association à l’échelle du génome.
Les rapports de risque ont été calculés pour des taux d’apolipoprotéine E inférieurs d’un écart type afin de comprendre l’association entre des taux plasmatiques plus faibles d’apolipoprotéine E et un risque accru de démence.
Les analyses ont été ajustées en fonction de l’âge, de l’origine ethnique, du sexe, de l’indice de masse corporelle et du niveau d’éducation. Un cadre de régression linéaire a également été utilisé dans l’analyse du polymorphisme nucléotidique unique (SNP), les niveaux d’éducation, l’âge et le sexe étant utilisés comme covariables.
Résultats
Les résultats ont indiqué que des taux plasmatiques plus faibles d’apolipoprotéine E étaient associés à une diminution de la fonction cognitive, mais n’ont montré aucune corrélation avec l’incident de démence.
En outre, l’étude d’association pangénomique a confirmé que le SNP rs7412 dans le APOE*2 L’allèle était associé à une augmentation des taux plasmatiques d’apolipoprotéine E. En revanche, le SNP rs429358 dans le APOE*4 L’allèle était responsable de la diminution des taux plasmatiques d’apolipoprotéine E.
De plus, lorsque les chercheurs ont examiné les taux plasmatiques d’apolipoprotéine E dans les six génotypes constitués de combinaisons des trois APOE allèles, ils ont constaté que les niveaux d’apolipoprotéine E étaient les plus élevés pour le génotype homozygote pour APOE*2 puis a diminué progressivement à travers les génotypes dans l’ordre APOE*2/APOE*3, APOE*2/APOE*3, APOE*2/APOE*4, APOE*3 homozygoteAPOE*3/APOE*4, et APOE*4 homozygote.
L’analyse a également révélé 42 autres SNP associés à une augmentation des taux plasmatiques d’apolipoprotéine E et 15 SNPS liés à une diminution des taux plasmatiques d’apolipoprotéine E.
L’analyse d’association à l’échelle du génome a également révélé neuf signaux indépendants dans la région du APOE gène qui explique cumulativement 22 % des variations du taux plasmatique d’apolipoprotéine E.
Sept nouveaux locus ont également été identifiés sur sept chromosomes différents, contribuant ainsi aux variations des niveaux d’apolipoprotéine E.
En outre, les variantes indépendantes associées aux taux plasmatiques d’apolipoprotéine E étaient également liées à un risque accru de maladie d’Alzheimer et de dépôt amyloïde, confirmant la corrélation entre les taux plasmatiques d’apolipoprotéine E et le risque de maladie d’Alzheimer.
Conclusions
En résumé, l’étude d’association à l’échelle du génome a révélé neuf signaux indépendants dans la région du APOE gène et sept nouveaux locus associés à des variations des taux plasmatiques d’apolipoprotéine E.
Ces signaux indépendants étaient également associés à une augmentation du risque de maladie d’Alzheimer, ce qui indique que les facteurs qui influencent les taux d’apolipoprotéine E dans le plasma jouent également un rôle dans la détermination du risque de maladie d’Alzheimer.
