Dans une étude récente sur la medRxiv* serveur de prétirage, les chercheurs ont exploré la surveillance mondiale des nouvelles variantes du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2).
Étude: Surveillance mondiale des nouvelles variantes du SRAS-CoV-2. Crédit d’image : Andrey_Popov/Shutterstock.com
*Avis important: medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
Sommaire
Arrière-plan
La pandémie en cours est alimentée par de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2, qui causent des maladies et des décès et ont le potentiel de perturber la société.
La mise en œuvre précoce des politiques gouvernementales pour limiter les impacts s’est avérée plus efficace mais peut être coûteuse et ne doit être appliquée qu’en cas de nécessité. La détermination d’une réponse appropriée à une variante de menace émergente nécessite la collecte de preuves au fil du temps.
Cependant, certains pays n’ont pas la capacité et les ressources nécessaires pour effectuer une surveillance nationale en temps opportun, ce qui entraîne des lacunes dans la surveillance mondiale. Le Royaume-Uni a adopté une surveillance hospitalière à grande échelle, mais les recherches suggèrent que la détection de nouvelles variantes en testant les arrivées au Royaume-Uni serait plus efficace.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont produit des simulations pour modéliser l’émergence et l’importation de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 avec des taux d’hospitalisation pour infection (IHR) variables au Royaume-Uni. L’étude a comparé le temps nécessaire pour détecter les variantes lors de l’admission à l’hôpital, des arrivées au Royaume-Uni et de la communauté en général.
Une courbe épidémique qui a débuté dans une région de 60 millions d’habitants s’est soldée par une seule vague. Au jour zéro, le cas index a été signalé. La répartition initiale des descendants des deux générations a été fixée à deux pour établir l’épidémie.
On a supposé que l’épidémie s’était propagée pendant 16 semaines avant que la distribution moyenne des descendants ne soit réduite pour tenir compte des mesures de contrôle et d’une diminution du nombre d’individus sensibles dans la population.
Entre les générations 17 et 26, la distribution moyenne a diminué de 0,1 pour chaque génération successive, ce qui a entraîné un nombre de reproduction de un à la 26e génération. La moyenne de la distribution des descendants a diminué de 0,01786 à partir de la 27e génération.
La prévalence quotidienne a été calculée en additionnant les cas simulés pour chaque jour suivant l’apparition du cas index. La courbe épidémique a été limitée à 300 jours dans la simulation. Une distribution binomiale a déterminé le nombre de voyageurs entrants en incubation ou infectieux quotidiennement.
Le nombre quotidien de voyageurs a été fixé à 250 et la probabilité était basée sur la prévalence de l’infection dans la zone d’origine ce jour-là. Cela supposait que les personnes infectées étaient aussi susceptibles de voyager que les personnes non infectées. Un échantillon représentatif de voyageurs, allant de 10% à 50%, a été sélectionné pour le test à la frontière, étant donné que les simulations incluaient au moins un voyageur infecté.
Des tailles de surveillance de cohorte communautaire allant de 20 000 à 200 000 ont été utilisées pour détecter un cas d’infection simulé dans un cadre communautaire. Les sujets de la surveillance ont été testés toutes les deux semaines. L’étude a consisté à exécuter des simulations sur 1 000 épidémies de pays de destination.
Les simulations ont utilisé une distribution binomiale pour déterminer le nombre de détections quotidiennes sur la base des tests quotidiens et de la prévalence simulée. La sensibilité du test et le pourcentage de tests positifs séquencés ont également été pris en compte.
Résultats
L’étude a simulé le temps nécessaire pour détecter une nouvelle variante importée en faisant varier les fractions d’échantillonnage des arrivées de voyageurs en Angleterre. La prévalence de l’infection au sein de la population de passagers a été supposée équivalente à la courbe épidémique observée pour le pays d’origine au fil du temps.
De plus, l’étude a trouvé une corrélation non linéaire entre l’augmentation de la fraction d’échantillonnage et la diminution du nombre de jours jusqu’à la détection. Cette relation a été observée à partir de 131 jours jusqu’à la détection via un échantillonnage de 10% des arrivées de passagers.
La diminution la plus importante du délai de détection s’est produite lorsque les fractions d’échantillonnage se situaient entre 10 % et 20 %, ce qui a entraîné une réduction médiane de huit jours. Le temps gagné diminuait à mesure que la fraction d’échantillonnage augmentait.
L’étude a simulé le temps de détection en testant 50% des présentations hospitalières en Angleterre. L’équipe a supposé que la croissance de l’incidence en Angleterre était équivalente à celle du pays d’origine. Des simulations ont été effectuées pour des scénarios avec des variantes de RSI de 1,0 %, 1,5 %, 2,0 % et 2,5 %.
En outre, l’étude a révélé que même avec une augmentation du RSI, les hôpitaux avaient besoin de plus de dix jours de plus pour détecter une nouvelle variante par rapport à l’échantillonnage d’un pourcentage de voyageurs arrivant en Angleterre.
L’étude a simulé le moment le plus précoce pour détecter une nouvelle variante importée en testant un groupe communautaire. Le délai de détection a diminué de trois semaines lorsque la taille de la cohorte communautaire est passée de 0,04 % à 0,36 % de la population communautaire.
Le premier moment pour détecter la taille de l’échantillon de la communauté existante en Angleterre, composé d’environ 140 000 tests effectués toutes les deux semaines, était de 157 jours.
Conclusion
Les résultats de l’étude ont montré que l’échantillonnage de seulement 10% des voyageurs entrants pour la surveillance pouvait détecter le premier cas d’une nouvelle variante importée du SRAS-CoV-2 en Angleterre 26 jours plus tôt que la surveillance communautaire existante.
Une augmentation de 50 % de la fraction d’échantillonnage des voyageurs pourrait entraîner un gain de vitesse de 43 jours. L’échantillonnage de 10% des voyageurs entrants, selon IHR, pourrait détecter une variante plus rapidement que les tests de surveillance des admissions à l’hôpital de 11 à 19 jours.
La collaboration internationale peut être utile pour atteindre une couverture mondiale élevée de la surveillance, ce qui peut éclairer les approches nationales de la surveillance. Cela peut également donner aux gouvernements plus de temps pour formuler des décisions politiques en réponse aux nouvelles variantes du SRAS-CoV-2.
*Avis important: medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
