Une méta-analyse d'études génétiques analysant le microbiote (bactéries de l'intestin) de 1 275 nourrissons de 10 pays révèle que l'accouchement par césarienne et l'utilisation d'antibiotiques sont à l'origine de l'augmentation de la charge de gènes de résistance aux antibiotiques chez les nourrissons, selon une nouvelle recherche présentée au congrès de cette année. Congrès mondial ESCMID (anciennement ECCMID) à Barcelone, Espagne (27-30 avril).
L'étude, réalisée par des chercheurs de l'UiT The Artic University de Norvège, souligne le besoin urgent de davantage de recherches sur des interventions ciblées visant à réduire la résistance aux antibiotiques chez les nourrissons. Ils pensent que les probiotiques, par exemple, pourraient réduire l’abondance des gènes de résistance aux antibiotiques et mériteraient des recherches plus approfondies.
La résistance aux antimicrobiens (RAM) constitue une urgence sanitaire mondiale. Les infections pharmacorésistantes tuent plus de 1,27 million de personnes par an dans le monde. Si aucune mesure n’est prise, la résistance aux antimicrobiens pourrait dépasser le cancer en tant que principale cause de décès dans le monde d’ici 2050 et devrait tuer 10 millions de personnes dans le monde.
Les nourrissons sont très sensibles aux infections en raison de leur système immunitaire immature. Dans le même temps, leur microbiote intestinal regorge de bactéries diverses, dont beaucoup présentent une résistance à un large éventail d’antibiotiques, même en l’absence d’exposition aux antibiotiques. Le résistome d'intestin – ; la collection de gènes résistants aux antibiotiques (ARG) hébergés dans les génomes des microbes d'intestin infantiles – ;
Le mobilome intestinal – la collection de divers éléments génétiques mobiles (MGE) dans l’intestin – joue un rôle clé dans la propagation des ARG. Les bactéries échangent du matériel génétique, comme les ARG, par transfert horizontal de gènes. Avec autant de bactéries à proximité, l’intestin offre des conditions idéales pour cet échange d’ARG.
Si de nombreuses bactéries intestinales hébergeant des ARG ne constituent pas une menace pour la santé, certaines ARG sont acquises par des microbes à potentiel pathogène. Lorsque ces gènes sont transmis à un agent pathogène, cela a des conséquences désastreuses tant pour le patient que pour la société.
Comprendre les facteurs qui influencent le développement du résistome et du mobilome intestinaux du nourrisson est donc crucial pour développer des stratégies visant à atténuer la prévalence de la RAM.
Plusieurs études cliniques antérieures ont fourni des informations importantes mais fragmentées sur le résistome intestinal, mais la petite taille de leurs échantillons et leurs biais inhérents (par exemple, biais de sélection et confusion) limitent la généralisabilité des résultats.
Pour surmonter ces limites, les chercheurs ont mené une méta-analyse de cohortes de nourrissons basée sur les données métagénomiques de 14 études couvrant 10 pays et trois continents.
Ils ont étudié dans quelle mesure l'utilisation d'antibiotiques, le mode de naissance, la prématurité, les pratiques alimentaires et la géographie influençaient l'abondance et la diversité des ARG et des MGE dans 3 981 échantillons fécaux de métagénome intestinal provenant de 1 275 nourrissons. Pour suivre les microbiomes des nourrissons, les selles des nourrissons ont été échantillonnées longitudinalement jusqu'à l'âge de 14 mois.
Les chercheurs ont utilisé des métagénomes publiés (séquençage génétique non ciblé de toutes les bactéries vivant dans l'intestin) pour examiner les associations entre la diversité et la charge d'ARG et de MGE et l'utilisation d'antibiotiques, le mode de naissance, la prématurité, les pratiques alimentaires et la géographie, ainsi que pour identifier quelles espèces bactériennes sont les principaux hôtes des ARG dans l'intestin des nourrissons.
Dans l’ensemble, les analyses ont révélé que l’utilisation d’antibiotiques, l’accouchement par césarienne et la prématurité étaient associés de manière significative à une diversité microbienne intestinale bénéfique réduite par rapport aux nourrissons nés à terme par voie basse et non exposés aux antibiotiques.
D’un autre côté, l’accouchement vaginal était lié à une abondance plus faible mais à des ARG plus diversifiés que l’accouchement par césarienne.
Les nourrissons nés par voie vaginale sont exposés à davantage de bactéries vaginales et intestinales que les bébés nés par césarienne, qui sont principalement exposés aux bactéries cutanées. Étant donné que les bactéries sont en corrélation avec la collection de gènes résistants aux antibiotiques dans l’intestin, on s’attend à une diversité génétique plus élevée de résistance aux antibiotiques chez les nourrissons nés par voie vaginale. Cependant, la présence de niveaux plus élevés de certaines bactéries commensales, qui fournissent à leur hôte des nutriments essentiels et aident à défendre l'hôte contre les agents pathogènes opportunistes, chez les nourrissons nés par voie vaginale, peut supprimer les bactéries pathogènes (qui sont susceptibles de transporter une plus grande abondance d'antibiotiques). gènes résistants), réduisant ainsi l'abondance globale.
Ahmed Bargheet, auteur principal de l'UiT, l'Université arctique de Norvège
Comme prévu, les analyses ont révélé que l’utilisation d’antibiotiques était liée à une abondance plus élevée d’ARG et de MGE. Cependant, l’utilisation d’antibiotiques n’a pas eu d’impact significatif sur la diversité des ARG.
Étonnamment, les nourrissons allaités exclusivement au sein n’ont montré aucun effet significatif sur la diversité ou l’abondance des ARG.
Il est important de noter que les chercheurs ont détecté 199 ARG cliniquement pertinents (qui confèrent une résistance aux antibiotiques cliniquement pertinents), dont la diversité a augmenté avec l'âge au cours des deux premières années de vie. « La diversité des ARG a augmenté avec le temps, reflétant la diversité des bactéries. Cependant, l'abondance des ARG a diminué avec le temps, probablement en raison d'une réduction de l'abondance de bactéries pathogènes telles que Escherichia coli« , dit Bargheet.
Il est intéressant de noter que deux cohortes africaines (du Zimbabwe et d’Afrique du Sud) présentaient une abondance d’ARG et de MGE statistiquement significative et plus élevée que les cohortes européennes. « Il est possible que le Zimbabwe et l'Afrique du Sud aient utilisé plus d'antibiotiques chez leurs nourrissons que les Européens », explique Bargheet. « Au Zimbabwe, la réglementation et le contrôle des antibiotiques ne sont pas aussi stricts que dans certaines régions d'Europe, ce qui conduit à une situation dans laquelle les antibiotiques peuvent souvent être achetés sans ordonnance, ce qui pourrait exacerber la résistance aux antimicrobiens. »
Les auteurs ont en outre confirmé E. Coli en tant qu'hôte principal des ARG dans les intestins des nourrissons et, ce qui est préoccupant, près de la moitié des ARG sont co-localisés avec des plasmides, permettant un transfert efficace entre les bactéries. En outre, E. coli Il a été constaté que la diversité des souches était réduite pendant l'allaitement, mais augmentait avec l'âge. Il est intéressant de noter que l’utilisation d’antibiotiques n’a pas eu d’impact significatif sur E. coli diversité des souches.
« Notre méta-analyse des preuves disponibles montre clairement que l'accouchement par césarienne, l'utilisation d'antibiotiques et la prématurité jouent un rôle sous-estimé dans la résistance aux antibiotiques chez les nourrissons en modifiant le résistome et le mobilome en début de vie, conduisant à un portage intestinal accru de gènes de résistance aux antibiotiques et éléments génétiques mobiles », explique Bargheet.
« Cela a des implications importantes pour la crise de la résistance aux antimicrobiens. En obtenant un aperçu de ces facteurs, nous visons à développer des interventions ciblées comme les probiotiques, qui pourraient réduire considérablement le nombre de décès causés par la résistance aux antimicrobiens. Cette recherche ne répond pas seulement à un défi de santé mondial urgent. mais ouvre également la voie à des percées dans le traitement médical et le contrôle des infections. À mesure que nous avançons, notre objectif reste de transformer ces résultats en stratégies concrètes qui peuvent sauver des vies et freiner la propagation des infections résistantes.
Malgré ces résultats importants, les auteurs notent plusieurs limites, notamment le fait que l’impact de l’hospitalisation et d’autres variables cliniques n’ont pas pu être examinés dans cette analyse en raison d’un manque de données.
