Le coronavirus-2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), l’agent causal de la pandémie actuelle de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), est un virus hautement infectieux et a fait plus de 6,8 millions de morts dans le monde. L’émergence continue de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 a réduit l’efficacité des vaccins COVID-19 disponibles.
Sommaire
Fond
L’émergence de la variante Omicron (BA.1) a conduit à un changement antigénique important dans l’évolution du SRAS-CoV-2. La région de pointe de cette variante héberge trente-deux mutations, en référence à la souche originale du SRAS-CoV-2 (Hu-1). Ces mutations diminuent la capacité neutralisante des anticorps induits par infection naturelle ou vaccination, en conséquence, un grand nombre d’individus vaccinés ont signalé une percée d’infection au cours des premières semaines de 2022.
Même si plusieurs variantes du SRAS-CoV-2 ont pu échapper aux réponses immunitaires, le répertoire diversifié des cellules B mémoire (MBC) généré par les vaccins à ARNm (après deux ou trois doses de vaccin) a révélé des clones neutralisants de haute affinité contre toutes les variantes jusqu’au BA. 1. Les MBC produits en réponse à la pointe ancestrale de pré-fusion Hu1 codée par les vaccins à ARNm d’origine, offraient une couche supplémentaire de protection immunitaire qui prévenait les infections graves au SRAS-CoV-2.
Les scientifiques ont émis l’hypothèse qu’après des infections percées, le répertoire des MBC deviendra étroit et sélectionnera des récepteurs de cellules B largement réactifs (BCR). Cela conduira à une réponse immunitaire diversifiée limitée, qui sera inefficace pour prévenir l’infection par de futures variantes. Une autre hypothèse implique que l’exposition à de nouveaux antigènes (dans des variantes) engage une de novo réponse cellulaire B naïve avec une maturation lente qui assure une diversité continue.
Plusieurs études ont indiqué que la réponse immunitaire précoce contre l’infection percée d’Omicron BA.1 ou la vaccination par l’ARNm Hu-1 équipe des clones à réaction croisée contre les épitopes conservés de la glycoprotéine Spike, au lieu d’utiliser des cellules B naïves spécifiques au résidu BA.1 muté.
À propos de l’étude
Une étude récente publiée sur le bioRxiv* Le serveur de préimpression a caractérisé longitudinalement le répertoire MBC et la réponse humorale après une percée d’infection par Omicron BA.1 chez des individus vaccinés avec le vaccin à ARNm COVID-19. Les réponses immunitaires ont été évaluées jusqu’à six mois après la percée de l’infection.
L’étude longitudinale actuelle a analysé une cohorte composée de quinze personnes sans antécédents de COVID-19. Tous les participants ont été infectés par Omicron BA.1 entre la seconde moitié de décembre 2021 et la fin janvier 2022, peu de temps (32 jours) après avoir reçu la troisième dose de vaccin de rappel (vaccin à ARNm BNT162b2).
Pour déterminer l’évolution de l’affinité et de la puissance neutralisante du répertoire MBC, l’analyse fonctionnelle de nombreux anticorps naturellement exprimés à partir de MBC spécifiques au domaine de liaison au récepteur (RBD) a été combinée avec des multi-omiques unicellulaires. Les auteurs ont effectué une analyse de cytométrie en flux multiparamètres, une culture unicellulaire de cellules B spécifiques à la pointe et à la RBD et un séquençage d’ARN unicellulaire (scRNA-seq), pour une caractérisation complète des réponses des cellules B de la réaction extra-folliculaire précoce à la règlement tardif de la mémoire à long terme. Ces analyses ont été menées à trois moments, c’est-à-dire 1, 2 et 6 mois, après la percée de l’infection BA.1
Résultats
La caractérisation des réponses des lymphocytes B a révélé que l’empreinte ne se limitait pas à la réponse extrafolliculaire précoce, mais se poursuivait dans le temps. Un très petit nombre de clones de lymphocytes B naïfs restreints à BA.1 ont été recrutés dans de novo centres germinatifs. Même si tous les participants ont reçu la troisième dose de vaccin de rappel, ils ont développé une percée d’infection par la souche Omicron BA.1.
La prévalence des percées d’infection chez les personnes vaccinées pourrait être due à l’absence de niveaux d’antigènes viraux suffisants pour activer les lymphocytes B naïfs, car ils sont rapidement éliminés par des anticorps largement neutralisants générés par les MBC à réaction croisée nouvellement recrutés. L’absence de de novo le recrutement de cellules B naïves restreintes à BA.1 et la concentration simultanée sur des clones MBC à réaction croisée pourraient entraîner une diminution de la diversité globale.
Après l’infection par BA.1, les modifications des répertoires des lymphocytes B (jusqu’à 6 mois) ne se sont pas avérées particulièrement limitées à l’expansion et à la contraction d’une réponse MBC à réaction croisée via la réponse du centre extra-germinal. Notamment, le suivi longitudinal des clones spécifiques à RBD a clairement indiqué une amélioration globale de l’affinité et de l’étendue de la neutralisation. La charge mutationnelle accrue dans les clones nouvellement développés a suggéré la contribution importante de ces cellules dans le remodelage du répertoire MBC. Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour déterminer si les clones à basse fréquence réintègrent les centres germinatifs (GC).
conclusion
Il est important de comprendre comment le répertoire des lymphocytes B mémoire induit après la vaccination est remodelé par la percée de BA.1. L’étude actuelle a révélé que la réorganisation de la hiérarchie clonale, combinée à de nouvelles réactions GC, a permis le maintien de la diversité des anticorps. De plus, l’induction d’une maturation progressive du répertoire MBC contre la souche ancestrale ainsi que le variant BA.1 a également été observée. En termes de vaccination, des recherches supplémentaires sur l’expansion de la réponse immunitaire au-delà des épitopes RBD conservés sont nécessaires. Cela favorisera la diversité et aidera à faire face aux futures variantes du SARS-CoV-2.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
