New York a le premier cas d’un nouveau variant du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) appelé B.1.526, détecté par la recherche de surveillance génomique de l’Université de Columbia. Les résultats viennent après que des rapports sur d’autres variantes ont été signalés dans le monde entier – B.1.1.7 au Royaume-Uni, B.1.351 en Afrique du Sud et P.1 / P.2 au Brésil. Si elle est confirmée, la nouvelle variante serait la deuxième variante de COVID trouvée aux États-Unis après la découverte de B.1.427 / B.1.429 en Californie.
Les nouvelles variantes en évolution telles que B.1.1.7 ont la mutation N501Y sur la protéine de pointe, ce qui lui permet d’être plus contagieuse.
L’efficacité des vaccins anti-coronavirus à ARNm tels qu’ils ont été développés avant l’émergence des variantes est préoccupante. Le variant B.1.351 a la mutation E484K qui le rend résistant aux anticorps.
Les chercheurs suggèrent que le variant B.1.526 partage des mutations similaires aux autres variants rapportés, y compris la mutation E484K résistante aux anticorps.
L’étude «Une nouvelle variante préoccupante du SRAS-CoV-2, B.1.526, identifiée à New York» est disponible en pré-impression sur le medRxiv* serveur, tandis que l’article est soumis à un examen par les pairs.
Sommaire
Surveillance génomique de B.1.526
Les chercheurs ont effectué des tests rapides basés sur la PCR pour détecter les variantes de coronavirus avec la mutation N501Y et E484K à partir de 1142 échantillons sélectionnés au hasard de syndrome respiratoire aigu sévère positif confirmé (SARS-CoV-2).
Les échantillons provenaient de la biobanque de l’Université Columbia et les informations sur les patients ont été collectées à partir de la base de données COVID-Care.
Augmentation des cas positifs à E484K
Sur les 1 142 échantillons, 83 (9%) contenaient la mutation E484K. Le premier cas de SRAS-CoV-2 avec la mutation E484K a été collecté à la mi-novembre 2020. Depuis lors, les chercheurs ont constaté une augmentation des cas positifs à E484K.
Début novembre, 1,3% des cas positifs à E484K ont été détectés. Ce nombre est passé à 5,3% à la mi-janvier 2021 et à 12,3% entre le 8 févriere et 15e.
Augmentation des cas positifs au N501Y
Un total de 17 (1,8%) échantillons contenaient la mutation N501Y. Comme E484K, les chercheurs ont constaté que le nombre de cas avec N501Y a également augmenté avec le temps, le premier cas étant vu à la mi-janvier et 2,6% des isolats dépistés à la mi-février.
Un échantillon positif pour le SRAS-CoV-2 présentait les deux mutations.
Détection de la variante COVID B.1.526
Les chercheurs ont effectué un séquençage de nanopores du génome entier sur 65 échantillons qui étaient potentiellement des souches contenant du N501Y ou du E484K. Ils ont ensuite utilisé des tests PCR de dépistage pour vérifier leurs résultats.
Six échantillons qui avaient la mutation N501Y provenaient du variant B.1.17. Deux échantillons étaient du variant P2, qui contient la mutation E484K. Un échantillon provenait du variant B.1351, qui présentait les deux mutations.
La découverte la plus surprenante était qu’environ 75% (49 des 65 cas) avaient la mutation E484K mais correspondaient étroitement à une lignée différente appelée B.1.526.
Le premier cas de la variante B.1.526 a été trouvé en novembre 2020 chez un patient atteint de SIDA avancé qui avait initialement une infection à coronavirus. Cependant, cette infection à coronavirus ne présentait pas de mutations L5F, D253G et E484K.
Les auteurs suggèrent que la variante B.1.526 est le principal coupable de la récente augmentation des cas de COVID-19 à New York.
Composition génétique de B.1.526
L’analyse génétique des variants B.1.526 a révélé plusieurs mutations sur la protéine de pointe, notamment L5F, T95I, D253G, E484K, D614G et A701V.
Le variant B.1.526 a été testé en utilisant 4 anticorps monoclonaux avec autorisation d’utilisation d’urgence, 10 plasma convalescent et 10 sérums vaccinaux.
Les résultats ont montré que le variant B.1.526 montre également la capacité de neutraliser les anticorps, rendant les traitements actuels contre le SARS-CoV-2 moins efficaces. Il y avait une diminution de 7,7 fois de l’activité neutralisante du plasma de convalescence et de 3,4 fois pour les sérums vaccinaux lorsque le variant E484K était présent.
Information patient
Les personnes âgées étaient plus susceptibles d’avoir la mutation E484K et plus susceptibles d’être admises à l’hôpital ou à l’urgence.
Les habitants de deux quartiers diversifiés étaient plus susceptibles d’avoir les variantes E484K que les personnes vivant dans la région métropolitaine.
Préoccupations futures
Lorsque les chercheurs ont analysé les données génomiques des bases de données publiques, ils ont trouvé environ 140 génomes liés à la variante B.1.526 répartis dans le Nord-Est. Ils suggèrent que le E484K de la lignée B.1.526 se trouve dans l’État de New York.
New York était l’épicentre de l’épidémie de COVID aux États-Unis. Ils se classent actuellement 4e dans les États comptant plus de 1,6 million de cas de COVID-19. L’Amérique se classe au premier rang mondial pour le plus grand nombre de cas avec plus de 28,5 millions.
« En conclusion, nous avons identifié le B.1.526 comme une lignée locale préoccupante en raison du E484K en particulier, ce qui pourrait menacer l’efficacité des anticorps thérapeutiques et des vaccins actuels. Cette découverte souligne également la nécessité d’un programme de surveillance national concerté pour suivre et contenir les propagation de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 », a écrit l’équipe.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique / les comportements liés à la santé ou être traités comme des informations établies.
