Dans une récente étude publiée dans la revue Microbiologie clinique et infectionchercheurs en Espagne, ont résumé la compréhension actuelle de l’émergence et des niches écologiques de Candida auris.
Sommaire
Arrière-plan
C. auris a été identifié pour la première fois chez un patient japonais hospitalisé en 2009. Les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis (États-Unis) ont classé l’agent pathogène comme une menace urgente. De plus, C. auris a été désignée comme espèce pathogène fongique préoccupante par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) dans sa liste des priorités fongiques en octobre 2022.
Cinq clades distincts sur le plan clonal de ce champignon ont émergé indépendamment et simultanément sur trois continents. Le séquençage du génome entier de 47 isolats a identifié de nombreux polymorphismes mononucléotidiques (SNP) avec une diversité génétique intra-régionale minimale, suggérant une émergence quasi contemporaine dans des emplacements géographiques distincts.
Dans la présente étude, les auteurs ont discuté des voies probables de l’émergence de C. auris et le rôle de la transmission inter-espèces. Ce faisant, l’étude postule que le changement climatique a joué un rôle majeur dans la haute thermotolérance C. auris émergence. Ainsi, en supposant que le changement climatique a induit un ancêtre environnemental à devenir pathogène par adaptation thermique.
Émergence hypothétique due au réchauffement climatique
Le réchauffement climatique est proposé comme l’explication probable de l’émergence indépendante et contemporaine de C. auris clades. Peu d’espèces fongiques sont pathogènes chez les animaux endothermiques et les humains ; très peu de champignons se développent aux températures basales élevées des mammifères, créant une barrière thermique empêchant les infections.
Plusieurs rapports suggèrent que l’augmentation des températures environnementales due au changement climatique peut entraîner la sélection de lignées fongiques thermotolérantes qui peuvent contourner la barrière thermique et infecter/coloniser les animaux endothermiques.
Une étude a montré que C. auris pourrait se développer à des températures plus élevées que ses proches parents phylogénétiques. De plus, la remarquable halotolérance de ce champignon suggère qu’il aurait pu exister auparavant en tant qu’espèce environnementale dans les zones humides/marais.
Ces ancêtres pourraient être devenus des agents pathogènes chez l’homme après avoir acquis une thermotolérance en raison de l’adaptation au changement climatique. Néanmoins, cette hypothèse ne peut pas expliquer la dispersion géographique des clades d’évolution indépendante de C. auris.
Niche(s) écologique(s) de C. auris
Les premiers isolats environnementaux de C. auris ont été signalés en 2021 dans un marais salé des îles Andaman et récemment dans les estuaires colombiens. Notamment, l’un des isolats était moins multirésistant et moins tolérant à la chaleur.
Il était également significativement différent des isolats cliniques suggérant une plus grande similitude avec ses ancêtres sauvages des écosystèmes marins.
C. auris présente également une résistance élevée au stress, permettant une survie continue dans des environnements stressants. Cette plasticité pourrait contribuer à son émergence et à sa prévalence croissante. De plus, ce champignon a été détecté dans des pommes stockées mais pas fraîchement marinées en Inde, suggérant une nouvelle voie de transmission humaine et une voie de sélection possible pour les isolats résistants aux médicaments dans l’agriculture, le stockage et les chaînes d’approvisionnement.
L’isolement des cultures animales ou de l’environnement n’a pas encore été documenté. Néanmoins, une étude employant en silicone Le métabarcodage de l’ADN a passé au crible la région d’espacement interne transcrite dans des ensembles de données publics.
Le métabarcodage ADN a identifié des correspondances partielles dans des sources non humaines, telles que des boues activées, de la poussière d’air, le conduit auditif d’un chien souffrant d’otite, des champs d’arachides et la peau de tritons. Cela a fourni la preuve de la présence omniprésente du champignon dans les environnements anthropiques et naturels.
Approche One Health pour comprendre et gérer C. auris
One Health est une approche intégrative, collaborative, multi/transdisciplinaire pour un équilibre et une optimisation durables de la santé des humains, des animaux et des écosystèmes.
Champignons zoophiles et, hypothétiquement, C. auris pourrait avoir un double cycle de vie dans lequel l’hôte et les réservoirs environnementaux peuvent servir de sources durables de propagules. Cela pourrait contribuer à l’augmentation mondiale des maladies fongiques émergentes à travers les continents.
Remarques finales
La plasticité saisissante et la capacité de C. auris s’adapter à des environnements difficiles pourrait permettre au champignon de prospérer dans les boues, les eaux usées et les eaux douces/marines.
Le réchauffement climatique, l’impact des changements dans l’environnement et la population humaine, et l’utilisation aveugle d’antifongiques dans l’agriculture pourraient avoir conduit à C. auris évoluant vers un agent pathogène beaucoup plus résistant/invasif qui peut infecter/coloniser les animaux endothermiques.
Les hôtes marins aquatiques pourraient avoir transmis des souches primitives aux humains. Par conséquent, l’adoption de l’approche One Health peut aider à comprendre la relation entre la santé animale/humaine et les changements écologiques en tant que facteurs d’émergence et de transmission de pathogènes fongiques.
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