Dans une récente revue publiée sur le medRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs ont fourni un aperçu des méthodes moléculaires existantes pour la détection du virus mpox (MPX) (MPXV).
Sommaire
Arrière plan
L’épidémie de MPXV en cours en 2022 a touché des pays non endémiques à travers le monde. L’augmentation rapide du nombre de cas de MPX a justifié le développement de technologies de diagnostic rapide pour identifier et fournir en temps opportun le traitement le plus approprié à toutes les personnes touchées. Les techniques moléculaires seraient les plus précises et les plus sûres pour la détection de virus.
À propos de l’examen
Dans la présente étude, les chercheurs ont présenté de nouvelles perspectives et un aperçu des méthodes moléculaires actuellement utilisées pour la détection du MPXV.
Les données ont été extraites de bases de données telles que Science Direct, PubMed, Scielo, Scopus et les bases de données VHL, en septembre 2022, d’articles pertinents de la période entre 2012 et 2022. Seuls les articles en texte intégral, y compris la réaction en chaîne par polymérase (PCR), réels La réaction en chaîne par polymérase (rt-PCR) et les dosages immuno-enzymatiques liés à la PCR (PCR-ELISA) ont été analysés. Les rapports de cas, les lettres éditoriales et les éditoriaux ont été exclus et les articles en double ont été supprimés.
Au total, 256 articles ont été initialement identifiés. Parmi ceux-ci, seuls 12 articles étaient éligibles pour un examen plus approfondi, trois articles ont été choisis pour examiner la détection du MPXV par PCR et neuf articles ont été choisis pour examiner la rt-PCR pour la détection du MPXV. Dix articles décrivaient la PCR-ELISA mais ne remplissaient pas les critères d’éligibilité, et ont donc été exclus.
Réaction en chaîne par polymérase en temps réel
La PCR en temps réel est considérée comme l’étalon-or du diagnostic MPX et diffère de la PCR conventionnelle dans la détection du produit amplifié. Dans la PCR traditionnelle, la détection est effectuée par électrophorèse sur gel, tandis que la PCR en temps réel utilise la propriété de la fluorescence pour la détection virale, ce qui donne plus d’agilité pour obtenir des résultats avec un risque de contamination moindre et une plus grande précision.
En outre, des tests PCR en temps réel multiplexés peuvent être effectués pour la détection et la différenciation simultanées du MPXV et du virus varicelle-zona (VZV) avec une spécificité, une sensibilité et une reproductibilité élevées, en ciblant le gène B6R pour obtenir des résultats avec de faibles limites de détection.
PCR et PCR-ELISA
La méthode PCR comprend l’amplification artificielle du matériel génomique d’intérêt de manière régulée, à l’aide d’amorces responsables de l’acide désoxyribonucléique (ADN) agrandi. Des tests PCR peuvent être effectués pour l’identification de différentes lignées d’un virus, telles que la différenciation du clade ouest-africain du clade du bassin du Congo de MPXV à partir de lésions cutanées et d’écouvillons nasopharyngés et oropharyngés.
Les tests PCR sont très sensibles et spécifiques mais présentent quelques limites, notamment la nécessité d’une étape d’identification des produits génétiques amplifiés, qui est généralement réalisée par électrophorèse sur gel, ce qui augmente la durée du test. Par conséquent, les tests PCR ne conviennent pas aux régions à ressources limitées. De plus, seule la présence/l’absence d’un gène spécifique peut être identifiée par électrophorèse sur gel, et le processus expose le personnel à des risques pour la santé et augmente les dommages environnementaux.
PCR-ELISA est une combinaison de techniques PCR et ELISA et utilise ELISA comme alternative à l’étape d’électrophorèse sur gel. ELISA est une technique analytique et respectueuse de l’environnement utilisée pour identifier les réactions antigène-anticorps sur la base des capacités de liaison et des changements de couleur observés après les réactions enzyme-substrat. Celles-ci sont effectuées pour identifier et quantifier des molécules spécifiques. L’ADN du MPXV est marqué avec de la biotine ou de la digoxigénine et peut être identifié en fonction des changements de couleur.
La PCR-ELISA est réalisée en trois étapes, comprenant l’amplification par PCR, l’immobilisation du produit amplifié sur des microplaques et la détection colorimétrique très sensible du produit, permettant le traitement de plusieurs échantillons en peu de temps.
Autres techniques de diagnostic moléculaire du MPX
Les techniques de diagnostic moléculaire comprennent l’analyse LAMP (amplification isotherme médiée par boucle), une modification de l’analyse PCR traditionnelle utilisant des enzymes pour l’amplification à des températures soutenues et une détection MPXV hautement spécifique, basée sur une fluorescence post-réplication accrue. Les tests auraient utilisé des ensembles d’amorces F3L-1 et A27L-1 pour les gènes J2L et A26L à 63,0 ° C pour l’amplification rapide du génome MPXV et le diagnostic MPX sur site, en particulier dans les zones rurales et les hôpitaux primaires.
Une autre méthode est l’amplification RPA (recombinase polymérase), une modification de la technique d’amplification isotherme, utilisant l’ADN polymérase, permettant des réactions thermiquement stables (température comprise entre 37,0°C et 42,0°C). Le test serait spécifique à 100% et sensible à 95% et donne des résultats en 10 minutes.
Des méthodes basées sur CRISPR (répétition palindromique courte régulièrement espacée) ont également été documentées. Parmi les organismes bactériens, le système de diagnostic CRISPR-Cas détecte les virus par lesquels le microbe a été préalablement infecté, générant des sondes d’ARN (acide ribonucléique) pour les interactions génomiques virales.
La détection est basée sur des signaux de fluorescence et s’effectue rapidement en quelques minutes. Le séquençage génomique est une autre technique de détection virale hautement sensible et spécifique, et le RANS (Rapid Amplicon Nanopore Sequencing System) a été développé pour le diagnostic MPX.
Conclusion
Dans l’ensemble, les résultats de l’examen ont mis en évidence différentes méthodes moléculaires pour la détection du MPXV, qui ne sont pas encore adaptées au fardeau sanitaire mondial croissant du MPX.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
