Les CPAD intègrent les données de l'omnibus d'expression génique (GEO), de l'atlas du génome du cancer (TCGA) et de la génomique de la sensibilité aux médicaments dans les bases de données du cancer (GDSC), englobant plus de 29 000 échantillons à travers 44 types de cancer et impliquant 288 médicaments. Il fournit cinq modules d'analyse principale: analyse de l'expression différentielle, analyse de corrélation, analyse des voies, analyse des médicaments et analyse de perturbation des gènes. Ces modules permettent aux utilisateurs d'explorer les changements d'expression génique, les corrélations entre les gènes ou les médicaments, l'enrichissement de la voie, la sensibilité aux médicaments et l'impact des perturbations génétiques sur la résistance aux médicaments.
Le module d'analyse d'expression différentielle permet aux utilisateurs de comparer les niveaux d'expression des gènes entre les groupes témoins et traités par médicament ou entre les groupes sensibles au médicament et résistants. Le module d'analyse de corrélation prend en charge les études de corrélation à gène unique et multigène, révélant comment l'expression des gènes est en corrélation avec les valeurs du médicament IC50. L'analyse des voies est facilitée par l'analyse d'enrichissement des ensembles de gènes (GSEA), l'analyse d'enrichissement de l'ensemble de gènes (SSGSEA) unique et un échantillon d'échantillonnage (SSGSEA), permettant aux utilisateurs d'explorer l'enrichissement de voies spécifiques dans des échantillons traités au médicament. Le module d'analyse des médicaments examine la relation entre l'expression des gènes et les valeurs du médicament IC50, aidant à identifier les marqueurs potentiels de résistance aux médicaments. Enfin, le module d'analyse de perturbation du gène exploite les données de GPSADB et CGP pour dépister les gènes associés à la résistance aux médicaments.
L'article met en évidence l'étude de cas de la L1CAM en tant que cible potentielle de résistance au médicament dans le cancer du poumon non à petites cellules (CNPNC). Grâce à l'analyse d'enrichissement GSEA, l'étude a identifié la régulation positive de la L1CAM dans les échantillons traités au cisplatine, suggérant son rôle dans la résistance aux médicaments. Une analyse plus approfondie de CPADS a confirmé que l'expression de L1CAM était significativement associée à la résistance au cisplatine et potentiellement à la résistance à d'autres médicaments comme le bosutinib et la rapamycine.
CPADS se démarque d'autres outils Web en raison de son ensemble de données étendu, de sa grande taille d'échantillon et de ses capacités analytiques polyvalentes. Il propose des visualisations personnalisables et des directives détaillées, ce qui le rend accessible aux utilisateurs sans expertise en programmation. L'outil est conçu pour évoluer avec l'intégration de nouveaux ensembles de données et des méthodes analytiques avancées, visant à devenir une ressource complète pour la recherche pharmacogénomique pancancer.
