L’épidémie initiale du nouveau coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) chez l’homme est largement considérée comme d’origine zoonotique. La zoonose se produit lorsqu’un agent pathogène dérivé d’animaux saute vers des hôtes humains et se transmet avec succès entre eux.
Une hypothèse communément admise au début de la pandémie était un événement de débordement possible lors d’un contact humain étroit avec des animaux sauvages sur un «marché humide» à Wuhan, en Chine, où le virus a été détecté pour la première fois en décembre 2019.
Bien que les preuves phylogénétiques ultérieures aient largement problématisé cette thèse initiale, la plupart de la communauté scientifique mondiale est encore assez certaine que le SRAS-CoV-2 s’est propagé à des hôtes humains via des animaux sauvages. C’était potentiellement par le biais d’un hôte intermédiaire qui a contracté le virus des chauves-souris en fer à cheval (un réservoir commun pour les bêtacoronavirus comme le SRAS-CoV-2).
Certaines enquêtes sur les types d’animaux sensibles à ce type de coronavirus – ou pouvant agir comme réservoirs zoonotiques – ont déjà été entreprises. Celles-ci visaient à la fois à essayer de mieux comprendre les origines précises de la pandémie actuelle, mais aussi à mener des évaluations des risques sur les futures retombées zoonotiques potentielles du SRAS-CoV-2 afin que nous puissions éviter ce genre d’épidémies calamiteuses à l’avenir. La capacité du virus à évoluer avantageusement au sein des hôtes animaux, puis à revenir à l’homme par le biais de mutations échappant à l’immunité, est particulièrement préoccupante.
Cela dit, la recherche sur la façon dont le virus a affecté les espèces sauvages est actuellement limitée. Cependant, cela peut être crucial pour déterminer si les espèces sauvages peuvent servir de réservoirs pour retenir le virus.
Dans de nouvelles recherches tentant de résoudre ce problème, les mammifères péridomestiques, qui vivent dans et autour des habitations humaines, ont été étudiés pour déterminer comment le SRAS-CoV-2 peut affecter les espèces extérieures à la population humaine, mais à proximité de celle-ci.
Cette étude – menée par des chercheurs de la Colorado State University, États-Unis, et de l’Université du Queensland, Australie – a été publiée par les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) au sein du Maladies infectieuses émergentes journal.
Mammifères péridomestiques
Les animaux péridomestiques peuvent inclure des animaux sauvages et sauvages qui résident à proximité des humains et peuvent être considérés comme un élément clé pour la recherche sur l’épidémiologie du SRAS-CoV-2.
L’importance de comprendre comment le SRAS-CoV-2 interagit avec les mammifères péridomestiques est soulignée lors de l’évaluation de leurs associations avec les humains et de la modification de leurs habitats due à l’intervention humaine. Ces espèces sont les plus exposées au risque d’exposition au virus par l’homme, ce qui peut être dit même chez les animaux de compagnie tels que les chats.
Par la suite, si ces espèces devaient être sensibles au virus du SRAS-CoV-2, elles pourraient avoir la capacité de se répliquer et de le propager à un titre élevé, ce qui pourrait entraîner le maintien du virus dans l’espèce et entraîner une excrétion et être retransmis à l’homme. Cela pourrait éventuellement conduire à une épidémie avec de nouvelles variantes virales et des populations ramenées dans une pandémie.
Sensibilité aux virus
Les mammifères qui peuvent présenter des caractéristiques péridomestiques dans les environnements urbains et suburbains peuvent inclure les rongeurs sauvages, les lapins à queue blanche, les ratons laveurs et les mouffettes rayées. La recherche a montré que ces espèces excrétaient les virus de la grippe A après des inoculations expérimentales, suggérant leur capacité à héberger des infections productives lorsqu’elles sont exposées à d’autres virus respiratoires infectieux humains (comme le SRAS-CoV-2).
Les analyses des protéines des résidus d’acides aminés du récepteur de la cellule hôte de l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2) et de la protéine de pointe virale suggèrent que les carnivores et les rongeurs sauvages font partie des groupes à haut risque en ce qui concerne la sensibilité au virus. Cependant, lorsqu’on étudie quelles espèces spécifiques sont sensibles au SRAS-CoV-2, la recherche est plus complexe.
Les rongeurs constituent l’ordre de mammifères le plus vaste et le plus diversifié, ce qui rend la sensibilité au virus plus variée au sein d’une même espèce. Les souris non transgéniques s’avèrent principalement insensibles à l’infection. Cependant, les souris et les hamsters humanisés transgéniques, ainsi que les hamsters syriens, se sont révélés très sensibles aux infections. Une étude précédente a révélé que les hamsters nains Roborovki exposés à une infection entraînaient la maladie et la mort après trois jours.
Résultats
La recherche, publiée dans le journal CDC, a évalué six rongeurs péridomestiques courants pour leur niveau de sensibilité au SRAS-CoV-2, qui comprenaient des souris sylvestres, des souris domestiques capturées dans la nature, des rats des bois à queue touffue, des écureuils renards, des écureuils terrestres du Wyoming et chiens de prairie à queue noire. Ces animaux se trouvent couramment aux États-Unis et ont des contacts étroits avec les humains ainsi que des résidences humaines. Trois autres mammifères péridomestiques – lapins à queue blanche, ratons laveurs et mouffettes rayées – qui peuvent avoir moins d’interactions avec les humains mais qui sont encore couramment trouvés ont également été évalués.
Les résultats de la recherche consistaient à illustrer que les espèces péridomestiques telles que les souris sylvestres, les rats des bois à queue touffue et les mouffettes rayées sont susceptibles d’être infectées par le SRAS-CoV-2 et ont la capacité d’excréter le virus dans les sécrétions respiratoires. Cependant, d’autres mammifères péridomestiques tels que les lapins à queue blanche, les écureuils renards, les spermophiles du Wyoming, les chiens de prairie à queue noire, les souris domestiques et les ratons laveurs ne sont pas sensibles au virus.
Les animaux ont tous été évalués quotidiennement pour le tempérament et les signes cliniques de la maladie avant de tirer des conclusions. Les résultats de cette étude confirment des recherches antérieures sur la sensibilité des animaux, comme les souris sylvestres. Les chercheurs concluent que la plupart des animaux sauvages exposés au virus du SRAS-CoV-2 se manifestent par des symptômes inexistants ou légers de la maladie clinique. De plus, ils n’ont pas excrété le virus ou ont expulsé le virus pendant de courtes périodes de temps.
Les chercheurs reconnaissent que même si certains rongeurs peuvent s’avérer être des réservoirs potentiels du virus, l’étude a des limites car elle n’est pas représentative en raison des doses élevées administrées aux animaux. Cela peut ne pas refléter la réalité qui repose sur la dose disponible dans la nature, car elle peut être inférieure à ce qui a été fourni dans cette étude.
Cependant, en raison de la susceptibilité de certains animaux péridomestiques, les chercheurs recommandent l’élaboration de directives de sécurité pouvant assurer la sécurité des humains et de leurs animaux de compagnie. Cela peut inclure l’évaluation des risques professionnels lorsque vous travaillez avec ou autour d’animaux sensibles dans des zones de contact telles que des étables et des hangars. Cela peut nécessiter un équipement de protection individuelle (EPI) pour éviter l’exposition à tout type d’agent pathogène que ces rongeurs peuvent transporter. La sécurité est toujours d’une importance primordiale, et l’action doit être mise en garde lors de l’interaction avec des animaux sensibles, en particulier pendant la pandémie en cours.
Cette étude a permis de mieux comprendre comment les interactions entre l’homme et la faune peuvent entraîner une circulation continue du SRAS-CoV-2 chez les animaux et les humains et la probabilité de susceptibilité de cette interaction.
