La leucémie lymphoblastique aiguë (LAL) est le cancer infantile le plus courant, représentant plus de 30 % de tous les cas pédiatriques. Une étude pilote en Le Journal du Diagnostic Moléculaire, publié par Elsevier, confirme la faisabilité de la mise en œuvre d’un flux de travail d’analyse de séquençage d’ARN (RNA-Seq) pour le diagnostic clinique de sous-types moléculaires dans la leucémie lymphoblastique aiguë B (B-ALL) pédiatrique. Cet essai génomique mondial prometteur et rentable pour la LAL-B pourrait conduire à un diagnostic plus précis ainsi qu’à des options de traitement ciblées.
LAL comprend une constellation de divers sous-types moléculaires, chacun avec son propre profil de sensibilité aux médicaments, sa propre réponse au traitement et même son propre pronostic. Il est important d’identifier des sous-types spécifiques, en particulier à l’ère actuelle de la médecine personnalisée. Toutefois, l’identification nécessite toute une série d’outils de profilage, ce qui rend le processus laborieux et coûteux.
Le co-chercheur principal Gordana Raca, MD, PhD, Département de pathologie et de médecine de laboratoire, Hôpital pour enfants de Los Angeles, explique : « Le but de l’étude était d’aborder les limites des tests standards de soins (SOC) actuels pour la LAL-B pédiatrique, qui ne peuvent pas identifier plusieurs sous-types récemment découverts de la maladie. Nous voulions également tirer parti des données d’expression générées par le test RNA-Seq basé sur l’enrichissement et validé cliniquement dans notre laboratoire pour la détection des fusions oncogènes dans le cancer afin d’évaluer si des analyses de données supplémentaires pourraient aider à déterminer la classification des sous-types en plus des informations sur la fusion pour notre B. -Tous les cas. »
Les enquêteurs ont examiné les données cliniques, morphologiques, immunophénotypiques et moléculaires d’archives ainsi que les échantillons résiduels d’ADN, d’ARN et de moelle osseuse congelée et/ou d’échantillons de sang périphérique leucémique provenant de tests cliniques antérieurs dans un groupe de 76 patients pédiatriques. Les résultats ont été analysés auprès de 61 patients nouvellement diagnostiqués et de 25 patients atteints de B-ALL en rechute/réfractaire qui ont subi une caractérisation cytogénétique et moléculaire dans le cadre de leurs soins cliniques standard au Center for Personalized Medicine de l’hôpital pour enfants de Los Angeles entre mars 2016 et septembre 2020. Ils ont émis l’hypothèse que l’ARN-Seq, qui a été utilisé dans la découverte de nouveaux sous-types moléculaires de B-ALL, pourrait également être un outil cliniquement utile pour la classification diagnostique des cas de B-ALL.
Pour tester cette hypothèse, les enquêteurs ont analysé les données RNA-Seq dans 28 cas de LAL-B de sous-type connu et 48 de sous-type indéterminé après analyse clinique du caryotype, fluorescence sur place hybridation, puces à ADN chromosomiques et tests sur panel de fusion d’ADN et d’ARN de séquençage de nouvelle génération (OncoKids®). L’analyse RNA-Seq a identifié avec précision les sous-types dans les 28 cas connus et a déterminé le sous-type génétique dans 38 des 48 cas précédemment inconnus (79 %). L’analyse RNA-Seq a également permis de détecter des fusions oncogènes, des anomalies liées au grand nombre de copies, des variantes de séquences de points chauds oncogènes et des réactions intragéniques. IKZF1 suppressions.
Co-chercheur principal Zhaohui Gu, PhD, Département de médecine computationnelle et quantitative et biologie des systèmes, Institut de recherche Beckman de City of Hope, Duarte, déclare : « L’étude a montré que les cas B-ALL avec des sous-types connus par les tests SOC étaient entièrement concordants avec la classification basée sur RNA-Seq. De plus, l’analyse RNA-Seq nous a permis de classer avec succès une grande proportion de cas qui restaient inconnus après un SOC complet. » La classification basée sur l’ARN-Seq était relativement facile à mettre en œuvre dans un laboratoire universitaire de taille moyenne en utilisant les données d’un test de fusion cliniquement validé. «
Le Dr Raca ajoute : « L’analyse RNA-Seq permet une détermination précise du sous-type génétique pour une proportion accrue de cas pédiatriques de LAL-B, ce qui permettra une stratification plus précise des risques et une optimisation de la gestion des patients. Une détermination précise du sous-type au moment du diagnostic permettra également d’accroître nos connaissances sur les aspects morphologiques et immunophénotypiques. , et les caractéristiques cliniques des nouveaux sous-types de B-ALL. Nous avons été surpris par une fréquence relativement élevée de certains nouveaux sous-types de B-ALL (comme PAX5Alt et DUX4) dans notre cohorte de patients, qui ne sont pas diagnostiqués par les tests SOC. L’étude a également abouti à des découvertes de plusieurs fusions inédites. »
Le Dr Raca dit : « L’étude a montré que la classification basée sur le profil d’expression, qui jusqu’à présent a été principalement utilisée en recherche, peut également constituer un test clinique très puissant pour la LAL-B pédiatrique. En tant que test unique, il permet la détermination du sous-type dans une proportion plus élevée de patients. cas que les tests SOC multimodaux complets effectués dans notre établissement. Par conséquent, ils ont le potentiel d’augmenter à la fois le rendement diagnostique et l’efficacité des tests B-ALL.
Dans un éditorial d’accompagnement, Shawn HR Lee, MD, Khoo Teck Puat-National University Children’s Medical Institute, National University Health System, Singapour, et Département de pédiatrie, Yong Loo Lin School of Medicine, National University of Singapore, convient que l’ARN-seq est sans doute l’un des outils les plus puissants, voire potentiellement les plus puissants, pour le profilage somatique dans la LAL-B pédiatrique. Cependant, il note également qu’il reste controversé de savoir si l’ARN-Seq comme seul moyen de classification est recommandé dans tous les cas, compte tenu de certaines limitations inhérentes, en particulier dans les endroits où les pipelines analytiques peuvent ne pas être aussi robustes.
Le Dr Lee commente : « Dans l’ensemble, l’ARN-seq en tant que plate-forme de diagnostic génomique somatique unique de la LAL est extrêmement prometteur, même s’il comporte toujours des lacunes. Dans certains cas, la validation des cas positifs par une méthode alternative (telle que le test de fusion oncogène et le séquençage de l’ADN) peut encore être sans doute une approche plus solide. Le test doit encore être affiné pour obtenir des informations complètes sur les mutations au-delà de celles du sous-typage moléculaire afin de le rendre accessible à l’échelle mondiale. À mesure que nous avançons dans l’ère de la médecine de précision, les informations fournies par ce test sont très prometteuses pour guider les analyses pertinentes et les risques. -traitement stratifié dans ce cancer infantile.
