Aucune des mutations actuellement documentées dans le virus SARS-CoV-2 ne semble augmenter sa transmissibilité chez l’homme, selon une étude menée par des chercheurs de l’UCL.
L’analyse des génomes viraux de plus de 46000 personnes atteintes de COVID-19 de 99 pays est publiée aujourd’hui dans Communications de la nature.
Le premier auteur correspondant, le Dr Lucy van Dorp (UCL Genetics Institute), a déclaré: «Le nombre de génomes du SRAS-CoV-2 générés pour la recherche scientifique est stupéfiant.
Nous avons réalisé dès le début de la pandémie que nous avions besoin de nouvelles approches pour analyser d’énormes quantités de données en temps quasi réel afin de signaler de nouvelles mutations dans le virus qui pourraient affecter sa transmission ou la gravité de ses symptômes.
« Heureusement, nous avons constaté qu’aucune de ces mutations ne permet une propagation plus rapide du COVID-19, mais nous devons rester vigilants et continuer à surveiller les nouvelles mutations, en particulier à mesure que les vaccins sont déployés. »
Les coronavirus comme le SARS-CoV-2 sont un type de virus à ARN, qui peuvent tous développer des mutations de trois manières différentes: par erreur de copie d’erreurs lors de la réplication virale, via des interactions avec d’autres virus infectant la même cellule (recombinaison ou réassortiment), ou ils peut être induit par des systèmes de modification de l’ARN de l’hôte qui font partie de l’immunité de l’hôte (par exemple, le système immunitaire d’une personne).
La plupart des mutations sont neutres, tandis que d’autres peuvent être avantageuses ou nuisibles au virus. Les mutations neutres et avantageuses peuvent devenir plus courantes lorsqu’elles sont transmises à des virus descendants.
L’équipe de recherche de l’UCL, du Cirad et de l’Université de la Réunion, ainsi que de l’Université d’Oxford, a analysé un ensemble de données mondial sur les génomes de virus de 46723 personnes atteintes de COVID-19, recueillies jusqu’à la fin juillet 2020.
Les chercheurs ont jusqu’à présent identifié 12 706 mutations dans le SRAS-CoV-2, le virus responsable du COVID-19. Pour 398 des mutations, il existe des preuves solides qu’elles se sont produites de manière répétée et indépendante.
Parmi ceux-ci, les chercheurs se sont concentrés sur 185 mutations qui se sont produites au moins trois fois indépendamment au cours de la pandémie.
Pour tester si les mutations augmentent la transmission du virus, les chercheurs ont modélisé l’arbre évolutif du virus et analysé si une mutation particulière devenait de plus en plus courante dans une branche donnée de l’arbre évolutionnaire.
Autrement dit, tester si, après qu’une mutation se développe pour la première fois dans un virus, les descendants de ce virus surpassent les virus SARS-CoV-2 étroitement apparentés sans cette mutation particulière.
Les chercheurs n’ont trouvé aucune preuve que l’une des mutations courantes augmente la transmissibilité du virus. Au lieu de cela, ils ont découvert que les mutations les plus courantes sont neutres pour le virus.
Cela inclut une mutation dans la protéine de pointe du virus appelée D614G, qui a été largement signalée comme étant une mutation courante qui pourrait rendre le virus plus transmissible. Les nouvelles preuves montrent que cette mutation n’est en fait pas associée à une augmentation significative de la transmission.
Les chercheurs ont découvert que la plupart des mutations courantes semblent avoir été induites par le système immunitaire humain, plutôt que d’être le résultat de l’adaptation du virus à son nouvel hôte humain.
Cette situation est en contraste avec une autre analyse par la même équipe de ce qui s’est passé lorsque le SRAS-CoV-2 est passé plus tard des humains aux visons d’élevage.
Le Dr van Dorp a déclaré: «Lorsque nous avons analysé les génomes de virus provenant de visons, nous avons été étonnés de voir la même mutation apparaître maintes et maintes fois dans différents élevages de visons, bien que ces mêmes mutations aient rarement été observées chez l’homme auparavant.
Nous avons peut-être manqué cette période d’adaptation précoce du virus chez l’homme. Nous avions précédemment estimé que le SRAS-CoV-2 avait sauté dans l’homme en octobre ou novembre 2019, mais les premiers génomes que nous avons datent de la toute fin de décembre. À ce moment-là, des mutations virales cruciales pour la transmissibilité chez l’homme peuvent avoir émergé et se fixer, nous empêchant de les étudier.. «
François Balloux, auteur principal de l’étude et professeur, UCL Genetics Institute, University College London
On peut seulement s’attendre à ce qu’un virus mute et finisse par diverger en différentes lignées au fur et à mesure qu’il devient plus courant dans les populations humaines, mais cela n’implique pas nécessairement que des lignées émergeront plus transmissibles ou plus nuisibles.
Le Dr van Dorp a déclaré: « Le virus semble bien adapté à la transmission entre les humains, et il a peut-être déjà atteint son optimum de forme physique chez l’hôte humain au moment où il a été identifié comme un nouveau virus. »
Les chercheurs préviennent que l’introduction imminente de vaccins est susceptible d’exercer de nouvelles pressions sélectives sur le virus pour échapper à la reconnaissance par le système immunitaire humain.
Cela peut conduire à l’émergence de mutants échappant au vaccin. L’équipe a souligné que le cadre de calcul qu’ils ont développé devrait s’avérer utile pour l’identification en temps opportun d’éventuelles mutations d’échappement du vaccin.
Le professeur Balloux a conclu: « Les nouvelles sur le front des vaccins sont excellentes. Le virus pourrait bien acquérir des mutations de fuite de vaccin à l’avenir, mais nous sommes convaincus que nous serons en mesure de les signaler rapidement, ce qui permettrait de mettre à jour les vaccins en temps si nécessaire. «
La source:
University College de Londres
Référence du journal:
Dorp, L, v., et al. (2020) Aucune preuve d’une transmissibilité accrue des mutations récurrentes du SRAS-CoV-2. Communications de la nature. doi.org/10.1038/s41467-020-19818-2.
