Dans une récente étude publiée sur bioRxiv* serveur de prétirage, les chercheurs ont évalué l’impact du vaccin contre le virus de la vaccine sur la réponse immunitaire contre le virus monkeypox.
Sommaire
Arrière plan
Depuis mai 2022, un groupe émergent d’infections à monkeypox a été signalé chez l’homme et détecté dans des pays non endémiques. Les vaccins contre le virus de la vaccine ont démontré une efficacité élevée contre les virus du monkeypox et sont considérés comme une mesure de contrôle essentielle.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont rapporté l’effet du virus de la vaccine (VACV) sur la réponse immunitaire humaine contre les virus du monkeypox (MPXV).
L’équipe a obtenu 75 séquences génomiques complètes de MPXV-2022 à partir de la base de données de l’Initiative mondiale sur le partage de toutes les données sur la grippe (GISAID) le 7 juin 2022. Les séquences génomiques complètes et les références pour le MPXV et le VACV ont été obtenues auprès du National Center for Biotechnology Information (NCBI). L’équipe a développé un pipeline bioinformatique interne pour aligner ces séquences de nucléotides et leur traduction en résidus d’acides aminés. La traduction des acides aminés a été réalisée sur la base des positions de la séquence codante selon les séquences de référence correspondant au VACV, ainsi que de l’emplacement du gène.
L’équipe a utilisé plusieurs alignements à l’aide d’un logiciel de transformée de Fourier rapide (MAFFT) pour évaluer tous les alignements de séquences multiples. Les séquences codantes correspondant à 182 gènes ont été décrites selon la séquence de la référence VACV, et les régions génomiques traduites présentes dans les séquences MPXV représentaient les 182 protéines orthologues MPXV-2022. L’équipe a également calculé les similitudes génétiques entre n’importe quelle paire de séquences de protéines ou de nucléotides à partir d’alignements de séquences par paires. De plus, huit protéines VACVC qui suscitent des anticorps neutralisants (NAbs) ont été évaluées parmi la référence MPXV-bassin du Congo (MPXV-CB) et les séquences MPXV-2022.
Résultats
Les résultats de l’étude ont montré que les séquences MPXV-2022 présentaient une similarité génétique moyenne de 84 % avec la séquence de référence VACV. En outre, environ 3 % des protéines à nucléotide unique (SNP) et 13 % des indels ont été détectés, ce qui s’est traduit par près de 6 500 SNP et 27 500 indels. Les huit protéines immunogènes présentes dans le VACV présentaient une similarité génétique comprise entre 94 % et 98 % entre les séquences VAXV et les séquences MPXV-CB et MPXV-2022.
Les mutations spécifiques entre les huit protéines immunogènes présentes dans le VACV et à la fois la référence MPXV-CB et les séquences consensus MPXV-2022 ont montré les mêmes groupes de mutations pour quatre des huit protéines. Le reste des protéines a également révélé des similitudes entre la plupart des mutations. En outre, l’équipe a noté que la référence MPXV-CB et les séquences consensus MPXV-2022 affichaient un ou deux ensembles supplémentaires de mutations. De plus, des mutations communes par rapport au VACV ont été principalement trouvées dans les protéines D8L et H3L. La cartographie de ces mutations a montré que pour H3L, sept mutations sur 19 étaient exposées et étaient donc susceptibles de cibler les anticorps.
L’équipe a également noté un degré élevé de similitude entre les protéines VACV qui ont signalé au moins un épitope de cellule T et des orthologues correspondant au MPXV-CB et au MPXV-2022. Cela a indiqué des niveaux substantiels de réactivité croisée des réponses des lymphocytes T stimulées par le VACV contre le MPXV-2022. Parmi les 121 protéines comprenant au moins un épitope de cellule T, 388 étaient des épitopes de cellule T dérivés du VACV. De plus, l’équipe a détecté que 71,6 % des épitopes étaient similaires entre les séquences MPXV-CB et MPXV-2022. Le reste des épitopes n’affichait que 1,55 %, 1,8 % et 25 % de la variation dans MPXV-2022, MPXV-CB et MPXV-CB et MPXV-2022, respectivement. Dans l’ensemble, cela a révélé que bien qu’il y ait un degré élevé de similitude entre les protéines VACV et les orthologues MPXV-CB et MPXV-2022, la variation génétique était significative dans plus d’un quart des épitopes des lymphocytes T.
De plus, l’équipe a observé que 25 % des épitopes de lymphocytes T présents dans les séquences du VACV variaient dans le MPXV-CB ainsi que dans le MPXV-2022. Cependant, 70 % de ces différents épitopes de lymphocytes T présentaient des mutations épitopiques identiques entre MPXV-CB et MPXV-2022. Au total, cela a révélé que 89,2 % des séquences d’épitopes des cellules T étaient comparables dans MPXV-CB et MPXV-2022.
Conclusion
Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont montré que le MPXV présentait une conservation génétique élevée dans les régions protéiques immunogènes ainsi que des épitopes correspondant à la vaccination VACV. Les chercheurs pensent que diverses études ont rapporté que la haute efficacité des vaccins VACV nécessite une évaluation clinique plus approfondie.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
