Une étude à grande échelle révèle que seules quelques lignées de chauves-souris hébergent des virus à fort potentiel épidémique, ce qui remodèle notre compréhension des menaces zoonotiques et appelle à une surveillance plus ciblée et spécifique des clades plutôt qu'à une peur générale des chauves-souris.
Étude : Le potentiel épidémique viral n’est pas uniformément réparti dans la phylogénie des chauves-souris. Crédit d'image : Faisal_Fatso/Shutterstock
Dans une étude récente publiée dans la revue Biologie des communicationsles chercheurs ont découvert que le potentiel d’épidémies virales n’est pas uniforme dans toute la phylogénie des chauves-souris.
Les agents pathogènes zoonotiques diffèrent par leur transmissibilité et leur virulence, qui influencent le fardeau de la mortalité et décrivent le potentiel épidémique d'un virus. Les initiatives de surveillance et de prévention de la transmission doivent donner la priorité aux agents pathogènes zoonotiques présentant le potentiel épidémique le plus élevé afin de réduire l’émergence de maladies zoonotiques et d’optimiser l’allocation des ressources.
Des études récentes indiquent que les chauves-souris hébergent plus de virus très virulents chez l'homme que les autres ordres d'oiseaux ou de mammifères.
Sommaire
Perception des médias et besoin de clarté sur les chauves-souris
Les chauves-souris ont attiré l’attention négative des médias en raison de leur identité en tant qu’hôtes de plusieurs virus très médiatisés, ce qui a conduit à des représailles contre les chauves-souris, ce qui peut à son tour augmenter le risque de contagion. En tant que tel, clarifier la distribution de la virulence virale dans l’ordre Chiroptères (auquel appartiennent les chauves-souris) pourrait permettre de mieux comprendre le potentiel épidémique viral, contribuant ainsi à éclairer les efforts de prévention des épidémies et à améliorer la perception des chauves-souris par le public.
Objectif de l'étude : cartographier le risque viral chez les mammifères et les chauves-souris
Dans la présente étude, les chercheurs ont vérifié si les virus à fort potentiel épidémique chez l’homme sont uniformément répartis parmi les mammifères ou si des clades spécifiques présentent un potentiel épidémique plus élevé. Premièrement, la base de données Global Virome in One Network a été utilisée pour extraire 2 637 associations mammifères-virus uniques.
Ces associations ont été détectées grâce à une combinaison d’isolement viral, de PCR et de sérologie. Les auteurs préviennent que de telles détections n’impliquent pas nécessairement que chaque hôte constitue un réservoir compétent ou apporte une contribution significative à la transmission humaine.
Quantifier le potentiel épidémique à l’aide de modèles phylogénétiques
Les chercheurs ont quantifié le potentiel épidémique viral typique, la transmissibilité et la charge de mortalité chez l’homme attribuée à chaque hôte. Le signal phylogénétique a été estimé pour le taux de létalité (CFR) moyen et maximum, la charge de mortalité moyenne et le pourcentage de virus transmissibles en utilisant les indices λ de Pagel et K de Blomberg. K et λ ont été calculés pour tous les virus afin d'évaluer si le potentiel épidémique viral est conservé d'une espèce à l'autre parmi les mammifères et chez les chauves-souris.
Identifier les clades à haut risque grâce à la factorisation phylogénétique
La factorisation phylogénétique a été utilisée pour identifier les clades présentant un potentiel épidémique viral inhabituellement faible ou élevé. Elle a été réalisée pour la première fois sur tous les mammifères afin de déterminer si Chiroptères dans son ensemble, il s’agissait d’un clade ayant une plus grande propension à héberger des virus présentant une virulence, un taux de mortalité et une transmissibilité élevés. Ensuite, elle a été réalisée dans Chiroptères pour identifier des clades spécifiques présentant un potentiel épidémique viral élevé ou faible.
Modèles de virulence virale chez les mammifères et les chauves-souris
Les données potentielles d’épidémie virale comprenaient 112 espèces virales uniques et 889 espèces de mammifères, dont 202 espèces de chauves-souris. Le CFR maximum, le CFR moyen et le pourcentage de virus transmissibles étaient tous compris entre 0 et 1. La charge de mortalité moyenne variait entre 0 et 2,58 millions.
Chez l’ensemble des mammifères et des virus, le taux de mortalité moyen et le taux de mortalité ont montré un signal phylogénétique modéré, tandis que le pourcentage de virus transmissibles a montré un signal élevé.
Les résultats étaient similaires lorsque les analyses étaient limitées aux chauves-souris. Cependant, le taux de mortalité moyen et le taux de mortalité ont montré un signal phylogénétique élevé pour tous les virus chez les chauves-souris, tandis que le pourcentage de virus transmissibles a présenté un signal plus faible. Parmi les mammifères, 11, 10, quatre et neuf clades variaient respectivement en termes de CFR moyens, de CFR maximum, de pourcentage de virus avec transmission ultérieure et de charge de mortalité moyenne.
Clades à haut risque et points chauds géographiques identifiés
Vingt-trois de ces 34 clades, dont huit clades de chauves-souris, présentaient un risque élevé, c'est-à-dire ceux présentant des taux de mortalité, un taux de mortalité et une propension à la transmission ultérieurs plus élevés. Parmi les virus, six clades variaient en termes de CFR moyens, dont quatre étaient des clades à haut risque.
Le premier clade à haut risque comprenait les superfamilles de chauves-souris Vespertilionoidea et Emballonuroidea, le deuxième comprenait 13 familles sous l'ordre des Carnivora et le troisième comprenait des familles de chauves-souris résiduelles de Yinptérochiroptères et Yangochiroptères.
Le quatrième clade à haut risque était un sous-clade de Néotominesune sous-famille de rongeurs. Un clade a été identifié comme présentant un risque élevé pour le pourcentage de virus transmissibles, qui comprenait des familles de Catarrhiniun primate parvordre.
Trois clades variaient en termes de charge de mortalité moyenne ; le premier clade à haut risque comprenait la famille des chauves-souris Rhinolophidéset le deuxième clade à haut risque comprenait l'infraclasse Euthérie. Le troisième clade avait un fardeau de mortalité inférieur et comprenait le super-ordre Cétartiodactyles.
Les chercheurs n’ont pas observé que Chiroptères dans son ensemble était un clade hébergeant des virus à haut risque à tous égards. Surtout, les chercheurs ont également vérifié si ces résultats étaient simplement un artefact des espèces les plus étudiées. Ils ont constaté que les clades de chauves-souris à haut risque n’étaient pas les groupes les plus étudiés ; en fait, certains ont été identifiés comme étant à haut risque malgré un sous-échantillonnage. Cela suggère que les résultats reflètent un véritable modèle biologique, et pas seulement un biais scientifique.
Enfin, ils ont cartographié la répartition géographique des chauves-souris dans les clades à haut risque avec des données sur l'empreinte anthropique et ont identifié des points chauds à fort potentiel épidémique viral en Amérique centrale, en Afrique équatoriale, sur les côtes de l'Amérique du Sud et en Asie du Sud-Est pour tous les virus.
Implications pour la surveillance ciblée et la conservation
En résumé, les résultats suggèrent que les chauves-souris ne présentent pas un potentiel épidémique viral uniforme, car la transmissibilité, la mortalité et la virulence sont regroupées au sein de clades distincts de chauves-souris, souvent au sein de familles cosmopolites.
L'article suggère des raisons potentielles pour ces tendances, notant que de nombreux clades à haut risque sont des insectivores dont le régime alimentaire pourrait les exposer à des virus à transmission vectorielle. En outre, la répartition mondiale de certaines de ces familles et leur capacité à se percher dans des structures construites par l'homme peuvent accroître les possibilités de retombées.
Dans Chiroptèresdes clades de chauves-souris à haut risque ont été identifiés pour les deux Flaviviridés et Togaviridés en termes de virulence virale (taux de létalité moyen, CFR). Pour Flaviviridés plus précisément, des clades de chauves-souris à haut risque ont également été identifiés en termes de transmission ultérieure et de mortalité.
À travers les virus, Rhinolophidés ont montré un fardeau de mortalité inhabituellement élevé, ce qui concorde avec les rapports précédents les liant à des virus à fort impact. En allant au-delà de la généralisation selon laquelle toutes les chauves-souris présentent un risque élevé, ces résultats permettent des efforts de surveillance plus ciblés.
Recadrage des interactions homme-chauve-souris et des risques de débordement
En fin de compte, l’étude souligne que les chauves-souris fournissent des services écosystémiques essentiels, tels que la pollinisation et la lutte antiparasitaire, et que les éliminer par peur peut en fait augmenter le risque de propagation.
Les auteurs espèrent que leurs travaux contribueront à faire évoluer le débat, en soulignant que les activités humaines, telles que la destruction de l’habitat, sont principalement à l’origine de l’émergence de maladies zoonotiques, plutôt que de la nature inhérente des chauves-souris elles-mêmes.
