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Réservoirs cachés : les visons, les chiens viverrins et d’autres animaux à fourrure pourraient être des lieux de reproduction de la prochaine pandémie, les virus récemment découverts constituant une menace sérieuse pour la santé mondiale.
Étude : les animaux d'élevage à fourrure abritent des virus à potentiel zoonotique. Crédit photo : chinahbzyg / Shutterstock
Dans une étude récente publiée dans la revue Nature, Des chercheurs ont mené une étude métatranscriptomique sur des mammifères à fourrure d'élevage chinois soupçonnés d'être morts de maladies virales pour déterminer si ces animaux servaient de réservoir à des souches virales ayant un potentiel de propagation zoonotique. Cette analyse complète met en évidence le rôle essentiel des animaux à fourrure comme vecteurs potentiels de futures pandémies.
Le séquençage de nouvelle génération de tissus provenant de 461 échantillons individuels collectés auprès de 28 espèces a révélé 125 espèces de virus associés aux vertébrés provenant de 20 familles virales, soit un nombre nettement supérieur aux estimations précédentes.
L'étude a notamment identifié 36 nouveaux virus et au moins 39 virus répondant aux critères de transmission à haut risque, dont sept coronavirus, illustrant une transmission inter-espèces et un potentiel de propagation zoonotique. Cela comprend l'identification d'un nouveau coronavirus de type MERS chez le vison et de trois sous-types du virus de la grippe A, élargissant encore la gamme d'hôtes connus pour ces agents pathogènes.
L’étude a élargi les aires de répartition connues de plusieurs espèces de virus et identifié des hôtes jusque-là inconnus comme réservoirs de maladies. Elle met en évidence le vison (réservoir de 23 espèces de virus de 11 familles virales), le chien viverrin (19 espèces de virus de 14 familles virales), le renard arctique (13 espèces de virus de 6 familles virales) et le cobaye (hôte intermédiaire potentiel pour la transmission de pathogènes) comme des animaux nécessitant une surveillance intensive de peur qu’ils ne servent de déclencheur à une épidémie virale de proportions pandémiques.
La co-infection entre différents hôtes mammifères s’est avérée courante, 15 espèces de virus se transmettant entre animaux à fourrure de différents ordres. Par exemple, l’étude a détecté le virus de l’encéphalite japonaise chez les cobayes, un virus généralement associé aux infections humaines et porcines. Cette découverte souligne le large spectre d’hôtes et le potentiel de transmission inter-espèces important des virus identifiés.
Arrière-plan
Malgré le nombre important de virus pathogènes spécifiques à l’homme en circulation dans le monde, la plupart des épidémies récentes de proportions épidémiques ou pandémiques (Ebola, SRAS, MERS, VIH, maladie de Lyme, fièvre de la vallée du Rift, fièvre de Lassa et COVID-19) sont le résultat de la propagation zoonotique de leurs agents responsables des animaux aux humains.
Le Programme des Nations Unies pour l’environnement (PNUE) estime que 60 % des maladies infectieuses connues et 75 % des maladies infectieuses émergentes trouvent leur origine dans des réservoirs animaux. Ces chiffres soulignent l’importance de la surveillance et de la recherche pour prévenir la prochaine pandémie.
Les progrès modernes dans les technologies de séquençage viral ont permis un dépistage à haut débit des agents pathogènes chez les animaux d’élevage, sans doute la source la plus fréquente de genèse et de transmission des maladies humaines.
Malheureusement, la plupart des efforts de recherche se sont jusqu’à présent concentrés sur le bétail conventionnel (par exemple, les vaches, les chèvres et les porcs), les animaux à fourrure (par exemple, les rats musqués, les visons et les cerfs) étant largement négligés.
De plus, la plupart des études métagénomiques sur les virus animaux utilisent des échantillons fécaux regroupés (combinant plusieurs individus de la même espèce ou du même lieu), ce qui, bien que pertinent dans les analyses de diversité et d’évolution, ne permet pas de démêler les processus de prévalence et de co-infection.
« …les animaux à fourrure tels que les renards, les civettes et les visons sont considérés comme des hôtes potentiels de divers virus humains, notamment le virus de la grippe A (IAV), le SRAS-CoV et le SRAS-CoV-2, et des épidémies d’IAV H5N1 ont récemment été signalées chez des visons d’élevage européens. Les humains étant régulièrement en contact avec des animaux d’élevage, il est essentiel d’améliorer nos connaissances sur les virus qui circulent parmi les animaux à fourrure d’élevage et sur leur potentiel de transmission zoonotique. »
À propos de l'étude
La présente étude vise à combler les lacunes actuelles dans les connaissances en échantillonnant individuellement 461 animaux à fourrure de toute la Chine (une région historiquement associée aux épidémies zoonotiques mais jusqu'ici sous-étudiée) pour élucider les espèces animales présentant un risque accru de servir de réservoirs viraux, guidant ainsi les futurs efforts de surveillance.
Les espèces ont été classées en animaux à fourrure « principaux » (ceux élevés uniquement pour leur fourrure et non pour leur alimentation ; n = 164 échantillons de 4 espèces) et animaux d'élevage « polyvalents » (n = 297 échantillons de 24 espèces). La collecte d'échantillons a été réalisée entre 2021 et 2024 sur des mammifères à fourrure morts soupçonnés d'être morts de maladie.
La collecte d'échantillons de tissus comprenait 441 échantillons intestinaux, 225 échantillons pulmonaires et un échantillon hépatique. Cytochrome B mitochondrial (Cytb) ont confirmé génétiquement les espèces d’animaux à fourrure échantillonnées.
La plateforme Illumina NovaSeq 6000 a été utilisée pour le séquençage de l'ARN, suivie de MEGAHIT (v.1.2.8) pour l'assemblage de novo de la bibliothèque d'ARNr. Les contigs assemblés ont été passés par une base de données de protéines non redondantes (Diamond blastx) pour identifier les virus dans les échantillons de tissus. La plateforme Bowtie2 a été utilisée pour estimer l'abondance virale dans chaque échantillon (métrique = lectures mappées par million (RPM)).
« Nous avons catégorisé trois types de virus potentiellement à haut risque : (1) un virus zoonotique a été défini comme un virus qui a été trouvé au moins une fois chez l'homme ; (2) un virus d'ordre croisé a été défini comme un virus qui n'a pas encore été signalé comme infectant l'homme, mais qui a été trouvé dans deux ou plusieurs ordres d'animaux ; et (3) un nouveau virus à risque potentiel a été défini comme un virus avec > 60 % de similarité d'acides aminés avec des virus connus, où le genre en question a été trouvé dans plus de trois ordres de mammifères », ont expliqué les chercheurs.
Résultats de l'étude
L'analyse phylogénétique a révélé 125 espèces de virus associés aux vertébrés (20 familles) dans les 461 échantillons, dont 36 espèces non décrites auparavant (12 familles) absentes du Comité international de taxonomie des virus. De manière alarmante, les critères de risque viral zoonotique ont mis en évidence 13 de ces nouvelles espèces comme étant « à haut risque », soulignant la nécessité de poursuivre les recherches sur leur épidémiologie.
Trois cent trente-cinq échantillons d'hôtes (> 72 %) se sont révélés positifs pour au moins une espèce de virus, l'étude démontrant une augmentation de plus de 60 % de la gamme d'hôtes du virus par rapport aux espèces connues jusqu'à présent. La plupart des espèces d'animaux à fourrure étudiées hébergeaient entre 2 et 23 espèces de virus.
Les visons, les cobayes, les chiens viverrins et les renards arctiques se sont révélés être les hôtes les plus généralistes, agissant comme réservoirs pour 23, 20, 19 et 13 espèces de virus, respectivement.
L’identification de virus de type HKU5 du coronavirus de chauve-souris Pipistrellus chez le vison est particulièrement préoccupante, car elle met en évidence un événement de transmission entre ordres avec un potentiel zoonotique important. De plus, de nouveaux virus de la grippe A, tels que H5N6 et H6N2, ont été détectés chez le vison et le rat musqué, respectivement, ce qui indique que ces animaux pourraient servir d’hôtes intermédiaires importants dans les chaînes de transmission virale.
La co-infection entre hôtes mammifères interspécifiques s’est avérée courante : 15 espèces de virus se sont transmises entre animaux à fourrure de différents ordres, dont 11 présentent un potentiel de transmission zoonotique à l’homme.
Ensemble, ces résultats mettent en évidence que les animaux à fourrure d’élevage sont d’importants réservoirs d’agents pathogènes viraux potentiellement déclencheurs d’épidémies ou de pandémies, soulignant la nécessité d’efforts de surveillance et de recherche approfondis pour limiter la transmission de ces viromes aux humains et à d’autres populations de mammifères domestiques ou sauvages.
« L'ordre Carnivora était porteur du plus grand nombre de virus potentiellement à haut risque dans cette étude, tandis que les cobayes (Rodentia) étaient également porteurs d'une grande diversité de virus, notamment le JEV et le IAV. Les cobayes peuvent donc agir comme hôtes intermédiaires dans les chaînes de transmission du virus et justifier une surveillance plus intensive », conclut l'étude.
Conclusions
La présente étude a identifié les animaux à fourrure d'élevage chinois (28 espèces) comme des réservoirs sans précédent de plus de 125 espèces de virus (20 familles), 36 nouvelles pour la science et au moins 13 classées comme « à haut risque » pour leur potentiel de transmission zoonotique aux humains.
En outre, l’étude a révélé des espèces hautement prioritaires (par exemple, les cobayes, les rats musqués et les visons) et des co-infections fréquentes entre les mammifères et les humains, soulignant la nécessité d’une surveillance et d’une recherche renforcées pour éviter et traiter les futures épidémies zoonotiques.
Les résultats de l’étude fournissent des données de référence cruciales pour comprendre le potentiel des animaux à fourrure à déclencher de futures épidémies, soulignant l’importance d’une surveillance virologique continue pour protéger la santé publique.
