Comment le nouveau coronavirus (SARS-CoV-2) modifie-t-il ses informations génétiques? Quelles autres infections surviennent chez les patients atteints de COVID-19? Y a-t-il des facteurs de risque génétiques qui favorisent une infection? De nombreux chercheurs en génome mettent en commun leur expertise et leur infrastructure de séquençage pour apporter une contribution scientifique à la gestion de la pandémie de COVID-19. Ces activités sont désormais officiellement combinées dans l'initiative allemande COVID-19 OMICS (DeCOI) pour accélérer la recherche. Les scientifiques de plus de 22 institutions sont activement impliqués dans DeCOI – y compris le TU Dresden.
Le génome du SRAS-CoV-2 est maintenant séquencé dans de nombreuses régions du monde afin de caractériser les changements dans l'information génétique du virus. Plus ces génomes viraux sont séquencés, mieux les scientifiques peuvent comprendre la variation du virus. En analysant la structure de parenté de virus individuels, des conclusions peuvent être tirées sur leur origine et sur les différentes formes du virus dans la population.
En Saxe, le Center for Regenerative Therapies (CRTD) du TU Dresden et le DRESDEN-concept Genome Center ont rejoint l'initiative DeCOI. «Nous apportons notre savoir-faire dans la discipline plutôt jeune du séquençage unicellulaire. Cela fournit des informations très prometteuses sur les processus complexes qui se déroulent dans le corps des patients. Nous étudions quelles cellules immunitaires sont impliquées dans des processus qui se produisent en particulier dans patients atteints de maladies graves afin d'identifier de nouvelles options thérapeutiques « , explique le professeur Ezio Bonifacio, qui dirige un groupe de recherche au CRTD et qui est conférencier au sein de DeCOI pour le TU Dresden, l'hôpital universitaire Carl Gustav Carus Dresden, la faculté de médecine, et les travaux génomiques CoViD-19 apportés à l'initiative par l'Institut Max Planck de biologie cellulaire et génétique moléculaire (MPI-CBG) Dresde.
Pour comprendre COVID-19 et sa propagation, autant de génomes du SRAS-CoV-2 que possible doivent être séquencés et accessibles aux chercheurs. Par conséquent, les protocoles de séquençage du SRAS-CoV-2 doivent être normalisés dans tous les grands centres de séquençage en Allemagne.
En séquençant largement le virus, nous surveillons les changements possibles dans le génome du virus au fil du temps et de la région, et nous visualisons sa propagation. Ces informations permettront de comprendre quelles mesures ont été les plus efficaces pour contenir la pandémie. «
Dr. Andreas Dahl, chef du centre de génome DRESDEN-concept
Cette installation offre une large gamme de technologies génomiques de pointe et une solide expertise dans le développement de tests, le séquençage monocellulaire de prochaine génération et la bioinformatique.
Les membres de l'initiative allemande COVID-19 OMICS (DeCOI) sont:
Robert Bals (Universität des Saarlandes), Ezio Bonifacio (TU Dresden), Maria Colome-Tatche (Helmholtz Zentrum München – Deutsches Forschungszentrum für Gesundheit und Umwelt / HMGU), Andreas Diefenbach (Charité – Universitätsmedizin Berlin), Alex Dilten Nicole Fischer (Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf), Konrad Förstner (ZB MED – Informationszentrum Lebenswissenschaften), Julien Gagneur (TU München), Michael Hummel (Charité; German Biobank Node), Birte Kehr (Charité), Andreas Keller (Uni des Saarlandes), Sarah Kim-Hellmuth (TU München), Oliver Kohlbacher (Universitätsklinikum Tübingen), Ingo Kurth (RWTH Aachen), Markus Landthaler (Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin Berlin / MDC), Kerstin Ludwig (Universitätsklinikum Bonn / UKBy) (Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung Braunschweig), Christian Mertes (TU München), Markus Nöthen (UKB), Peter Nürnberg (Universität zu Köln), Uwe Ohler (MDC), Klaus Pfeffer (U niklinik Düsseldorf), Nikolaus Rajewsky (MDC), Markus Ralser (Charité), Olaf Rieβ (UK Tübingen), Stephan Ripke (Charité), Philip Rosenstiel (Universität Kiel), Joachim Schultze (Universität Bonn / DZNE), Oliver Stegle (Deutsches Krebsforumungs ), Fabian Theis (HMGU), Janne Vehreschild (Uni Köln), Max von Kleist (Robert Koch-Institut), Jörn Walter (Uni des Saarlandes) et Dagmar Wieczorek (Uniklinik Düsseldorf).
