Dynamique de transmission du COVID-19 dans deux États indiens

Des chercheurs indiens et américains ont collaboré pour étudier les tendances de transmission du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) dans deux États indiens – le Tamil Nadu et l'Andhra Pradesh. Leur étude intitulée «Épidémiologie et dynamique de transmission du COVID-19 dans deux États indiens» a été publiée dans le dernier numéro de la revue Science la semaine dernière.

Contexte

La pandémie COVID-19 a touché plus de 36 millions de personnes dans le monde et l'Inde se classe au deuxième rang des pays les plus touchés. L'Inde étant un pays relativement pauvre en ressources avec la deuxième plus grande population au monde, gérer la pandémie avec une maladie hautement infectieuse a été un défi au cours du dernier semestre. L'épidémiologie de l'infection n'est pas clairement connue en Inde. Cette étude tente de montrer les tendances de la propagation de l'infection dans deux États de l'Inde, à savoir le Tamil Nadu et l'Andhra Pradesh.

COVID-19 en Inde

Les personnes vivant dans des pays à revenu faible ou intermédiaire (PRFI) tels que l'Inde courent un «risque accru de conséquences graves» et ont également un accès inadéquat aux services de santé. La dynamique de l'infection dans ces pays, donc différente des pays d'Europe et des pays développés comme les États-Unis. Les études avec modélisation mathématique qui examinent l'épidémiologie de l'infection ont été menées à ce jour dans les pays développés.

En Inde, le risque d'infection était de plus de 1,3 milliard d'habitants, et des stratégies de confinement à grande échelle ont donc été mises en œuvre aux niveaux national, étatique et local. Le premier cas documenté de COVID-19 était un ressortissant indien de Chine.

Andhra Pradesh et Tamil Nadu

L'Andhra Pradesh et le Tamil Nadu sont deux États du sud de l'Inde, avec une population de 127,8 millions d'habitants, soit 10 pour cent de la population totale de l'Inde. Les effectifs de santé de ces deux États sont meilleurs que les autres États. Leurs dépenses de santé publique par habitant sont également plus importantes avec une prestation de soins de santé primaires meilleure et plus efficace selon les données pré-COVID.

Au début de la pandémie, comme dans d’autres États, des mesures de surveillance et de recherche des contacts ont également été adoptées rapidement. Toutes les personnes recherchant des soins pour une maladie respiratoire aiguë sévère ou une maladie de type grippal dans les établissements de santé ont été testées pour le SRAS CoV-2 et leurs contacts ont été suivis. Les zones de 5 km ont été marquées comme des «zones de confinement» aux alentours.

Processus de dépistage et tests

Le Tamil Nadu, comme d'autres États, a lancé un dépistage à l'aéroport pour une infection respiratoire aiguë sévère pour les voyageurs ainsi qu'un dépistage thermique et clinique depuis le 4 mars 2020. Toutes les personnes symptomatiques et leurs contacts dans les 14 jours ont été dépistés.

Le Tamil Nadu et l'Andhra Pradesh ont enregistré leurs premiers cas le 5 mars 2020. La capacité de dépistage était faible au départ et le pourcentage de positifs aux tests était de 39,7% au Tamil Nadu et de 33,5% dans l'Andhra Pradesh les 30 et 31 mars 2020, respectivement.

Cas positifs et tendances

Tout au long du mois d'avril 2020, le nombre de tests a augmenté dans les deux États et, au 1er août 2020, le Tamil Nadu et l'Andhra Pradesh comptaient respectivement 263 330 et 172 209 cas.

• Chennai est la capitale du Tamil Nadu et, depuis mars, il y avait l'incidence cumulative la plus élevée de COVID-19, totalisant 102199 cas ou 204,6 pour 10000 habitants au 1er août 2020.
• Les districts environnants d'Ariyalur, Cuddalore, Perambalur et Villupuram dans le Tamil Nadu ont connu un groupe de cas à partir du 28 avril avec un total de 1 142 cas au 15 mai.
• Les cas ont augmenté dans les districts du sud du Tamil Nadu autour de Madurai en juin
• Les cas ont augmenté dans tous les districts de l'Andhra Pradesh en juin

Numéro de reproduction

Le numéro de reproduction R_t qui détermine le nombre d'infections secondaires que chaque individu infecté devrait entraîner a également changé avec le temps.

• le R_t était 1,7 – 3,0 au Tamil Nadu sur une période de 10^e au 23 mars et était de 1,0 à 1,3 à la troisième semaine de verrouillage qui a commencé le 23 mars 2020.
• le R_t était 1,4 – 4,3 dans l'Andhra Pradesh sur la période de 10^e au 23 mars et était de 1,0 à 1,3 à la troisième semaine de verrouillage qui a commencé le 23 mars 2020.
• R_t se situait entre 1,1 et 1,4 du 15 mai au 1er août dans les deux États. Cela était dû à des interventions de distanciation sociale, ainsi qu'à une recherche efficace des contacts et à l'augmentation du nombre de tests, ont déclaré les chercheurs.
• Au 1er août, 3 084 885 contacts connus et exposés de cas confirmés avaient été retrouvés et 575 071 avaient été testés. Ces contacts étaient généralement plus jeunes et étaient plus susceptibles d'être des femmes. L'équipe a constaté que «les personnes testées positives identifiées grâce à la recherche des contacts étaient, en moyenne, 1,3 an plus jeunes et 4,5% moins susceptibles d'être des hommes que la population globale de cas de COVID-19 dans les deux États.
• Le nombre moyen de contacts testés par cas index était de 7,3 et 0,2 pour cent des cas index étaient liés à plus de 80 contacts testés.
• Cependant, aucun contact positif n'a pu être trouvé pour 70,7% des cas index.

Taux de mortalité

• Des taux de mortalité ont été observés parmi 102569 cas au Tamil Nadu et 22315 cas dans l'Andhra Pradesh
• Le ratio global de létalité était de 2,06%
• Les taux de létalité selon l'âge étaient les plus bas à 0,05% (0,012-0,11%) chez les 5 à 17 ans et les plus élevés à 16,6% (13,4-19,9%) chez les plus de 85 ans.
• Le risque de décès était plus important pour les hommes que pour les femmes, les personnes plus âgées que les jeunes et les personnes vivant dans des milieux à revenu élevé.
• Près de la moitié des décès au Tamil Nadu et dans l'Andhra Pradesh ont été constatés dans les 6 jours suivant la détection. Le délai médian de décès à partir de la date d'admission à l'hôpital était de 13 jours, ce qui était inférieur à ce qui a été observé dans le monde. Les auteurs ont écrit: «Nos observations indiquent probablement qu'une proportion substantielle de patients du Tamil Nadu et de l'Andhra Pradesh sont diagnostiqués tardivement dans leur évolution de la maladie …»
• Les comorbidités courantes associées aux décès étaient «diabète (45,0%), hypertension prolongée (36,2%), coronaropathie (12,3%) et maladie rénale (8,2%)»

Conclusions et implications

Les taux globaux de létalité dans les deux États de l'Inde étaient similaires à ceux des autres pays. L'incidence de l'infection était plus faible chez les adultes plus âgés et, par conséquent, le rapport global de létalité et la répartition par âge des cas étaient différents du tableau mondial.

L'équipe a écrit: «Des tests prospectifs sur un large échantillon d'individus exposés grâce à une surveillance active intégrée et des interventions de santé publique dans le Tamil Nadu et l'Andhra Pradesh ont permis de caractériser les taux d'attaque secondaire …» Ils appellent à plus d'études pour voir l'efficacité de les mesures de lutte contre les épidémies et les pandémies dans le domaine public, en particulier dans les pays à faibles ressources comme l'Inde. L'équipe a conclu: «Des données primaires sont nécessaires de toute urgence pour les pays à faibles ressources pour guider les mesures de contrôle.»