Emergence d’une nouvelle variante du SARS-CoV-2 du sud de la France

En décembre 2019, un nouveau coronavirus a été signalé dans la province chinoise de Wuhan qui, par la suite, s’est rapidement propagé à travers le monde. L’Organisation mondiale de la santé a déclaré que l’épidémie était une pandémie, qui est maintenant connue sous le nom de pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19). L’agent causal a été caractérisé comme un virus à ARN, à savoir le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2).

Fond

Depuis le début de cette pandémie, plusieurs variantes du SARS-CoV-2 sont apparues en raison de mutations. Certaines variantes, en particulier celles appartenant à la catégorie des variantes préoccupantes (COV), sont plus virulentes et transmissibles par rapport à la souche d’origine, et certaines peuvent également échapper à la protection immunitaire induite via la vaccination COVID-19 ou une infection naturelle. Les variantes du SRAS-CoV-2 ont provoqué des épidémies distinctes, successives ou superposées.

Des études antérieures ont indiqué que l’origine de ces variantes était principalement après leur introduction de l’étranger. Une nouvelle variante pourrait également être introduite par le vison. Ces observations étaient basées sur des échantillons de génotypage obtenus auprès de 40 000 patients COVID-19 à l’aide de la méthode de séquençage de nouvelle génération (NGS). Les scientifiques ont également effectué plusieurs tests PCR de transcription inverse en temps réel (qPCR) spécifiques à chaque variante pour déterminer ses caractéristiques de transmission.

Une nouvelle étude, publiée sur le medRxiv* serveur de préimpression, a décrit l’émergence d’une autre nouvelle variante du SARS-CoV-2 du sud-est de la France d’origine camerounaise.

L’émergence d’une nouvelle variante SARS-CoV-2-IHU

Les chercheurs ont signalé que le cas index était un adulte infecté par le COVID-19 et que son diagnostic a été confirmé par qPCR, à l’aide d’un échantillon nasopharyngé prélevé vers la mi-novembre 2021. Il a été vacciné contre l’infection par le SRAS-CoV-2 et a développé de légers symptômes respiratoires. dans les trois jours suivant le retour du Cameroun. Il a reçu un diagnostic de COVID-19 dans la journée suivant ses symptômes respiratoires. Les scientifiques ont détecté un nouveau modèle de mutations, c’est-à-dire une combinaison atypique avec des mutations L452R-négatives, E484K-positives et E484Q-négatives, qui n’était pas similaire à la variante Delta (souche circulante dominante) ou à d’autres variantes du SRAS-CoV-2. Fait intéressant, des échantillons respiratoires collectés auprès de sept autres patients infectés par le SRAS-CoV-2 résidant dans la même zone géographique ont montré une combinaison similaire de mutations dépistées par qPCR.

Pour une analyse plus poussée, ces échantillons ont été envoyés à l’institut hospitalo-universitaire Méditerranée Infection pour le séquençage du génome du SARS-CoV-2. L’analyse génomique a révélé la présence de quarante-six substitutions de nucléotides et trente-sept délétions. Les chercheurs ont en outre signalé la présence de quatorze substitutions d’acides aminés et de neuf suppressions d’acides aminés situées dans la protéine de pointe. Certaines des combinaisons de mutations se sont avérées similaires à d’autres variantes du SRAS-CoV-2, par exemple, les substitutions N501Y et E484K ont été combinées, ce qui est similaire aux variantes Beta, Gamma, Theta et Omicron. De même, la présence de la substitution F490S était similaire au variant Lambda, et la substitution P681H était similaire aux variants Lambda et Omicron.

En plus de la protéine de pointe, des mutations se sont également produites dans d’autres protéines structurelles, c’est-à-dire deux substitutions dans la protéine de la nucléocapside et une dans la protéine membranaire. Dans le contexte des protéines non structurelles, les scientifiques ont observé une substitution dans les protéines ARN polymérase dépendantes de l’ARN, à savoir Nsp2, Nsp3, Nsp4, Nsp6, Nsp12 et hélicase (Nsp13). De plus, deux substitutions ont été trouvées dans Nsp14 (3′-5′ exonucléase), quatre substitutions dans Nsp8 et trois délétions dans Nsp6. Des modifications des acides aminés ont également été signalées dans les protéines régulatrices, c’est-à-dire quatre substitutions dans ORF3a, une dans ORF9b et une dans ORF8.

Après une analyse primaire, Pangolin a caractérisé cette souche selon la lignée B.1.640. Plus tard, les chercheurs ont placé ce génome comme un groupe externe de la lignée B.1.640 qui correspond à une variante identifiée pour la première fois en France en avril 2021, en Indonésie en août 2021 et en République du Congo (Brazzaville) en septembre 2021. Plusieurs cas de COVID-19 de cette lignée ont également été signalés en Bretagne, en France, vers la mi-octobre 2021. Cependant, les deux lignées diffèrent par sept mutations, vingt-cinq substitutions de nucléotides et trente-trois délétions de nucléotides.

Après avoir étudié les similitudes et les dissemblances génomiques, ainsi que les schémas de mutation, les scientifiques ont signalé l’émergence d’une nouvelle variante du SRAS-CoV-2 et l’ont nommée « IHU ». L’analyse phylogénétique a révélé que IHU et B.1.640 sont étroitement liés mais comprennent deux branches divergentes. Les chercheurs ont observé que le cas index était possiblement infecté par le variant IHU lors de son séjour au Cameroun, mais aucune des séquences disponibles dans GISAID, parmi les génomes de ce pays, ne correspondait ou n’appartenait au B.1.640.1 ou B.1.640.2 lignées. Tous les échantillons positifs pour la variante IHU présentaient des schémas similaires de combinaisons de mutations dans la région du pic.

Conclusion

Les auteurs ont souligné l’imprévisibilité de l’émergence de nouvelles variantes du SARS-CoV-2. En outre, ils ont souligné la plus grande possibilité d’introduction d’une nouvelle variante de l’étranger, qui peut se propager rapidement dans une nouvelle zone géographique. Les scientifiques ont souligné l’importance de la surveillance génomique du SARS-CoV-2 qui est mise en œuvre au niveau national en France depuis l’été 2020.

Cette étude a décrit l’émergence d’une nouvelle variante du SARS-CoV-2 et l’a nommée IHU. Cependant, les chercheurs ont déclaré qu’il était encore tôt pour spéculer sur les variantes de l’IHU car le nombre de cas est extrêmement faible.

*Avis important

medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.