La nouvelle variante omicron du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) est une cause de préoccupation mondiale. Une nouvelle étude vise à expliquer l’évolution du SRAS CoV-2 conduisant à l’émergence de la variante omicron en utilisant la phylogénie basée sur le génome entier et l’analyse mutationnelle. Une version préimprimée de l’étude, qui doit encore faire l’objet d’un examen par les pairs, est disponible sur le site bioRxiv* serveur.
Étude : Cascade mutationnelle du SARS-CoV-2 menant à l’évolution et à l’émergence d’une variante omicron. Crédit d’image : natatravel/Shutterstock
Sommaire
À propos de la variante omicron
Omicron est la variante B.1.1.529. Il s’agit d’une variante préoccupante (COV) car elle présente un risque plus élevé de réinfection. Cela a entraîné une résurgence de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19). Il a été signalé pour la première fois en Afrique du Sud le 24 novembre 2021 à partir d’un échantillon de patients collecté le 9 novembre 2021. L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a attribué l’omicron comme COV le 26 novembre 2021. La variante d’omicron a été signalée dans au moins 23 pays. La plupart des cas d’omicron proviennent d’Afrique et d’Europe.
Omicron a un taux de mutation élevé avec plus de 30 changements mutationnels dans la protéine de pointe. Ces mutations peuvent avoir un impact sur le comportement, la propagation et la gravité du COVID-19 après l’infection.
Des études sont en cours pour comprendre si l’omicron est plus transmissible que d’autres variantes. Tous les COV du SRAS-CoV-2 peuvent provoquer une maladie grave ou la mort, en particulier chez les populations vulnérables. Par conséquent, la connaissance du variant et de ses mutations est essentielle pour formuler des stratégies de prévention. À l’heure actuelle, il n’est pas clair si l’omicron provoque une maladie grave par rapport à d’autres variantes. Cependant, les premiers rapports d’étudiants universitaires infectés suggèrent que l’infection par la variante omicron provoque COVID-19 avec une gravité faible ou légère par rapport aux autres COV.
Il est important de noter que cela peut être dû au fait que les individus infectés étaient des individus plus jeunes qui ont tendance à avoir une maladie plus bénigne. D’un autre côté, les taux d’hospitalisation ont augmenté en Afrique du Sud. Encore une fois, cela peut être dû à l’augmentation du nombre total d’individus infectés, plutôt qu’à une infection par l’omicron.
Il n’existe aucune donnée suggérant que les symptômes associés à l’omicron soient différents de ceux causés par d’autres variantes. Des études sont en cours pour évaluer la transmissibilité, la gravité de l’infection, les symptômes, les performances des vaccins et des tests de diagnostic, et l’efficacité des traitements concernant la variante omicron.
Analyses phylogénétiques et mutationnelles
Dans cette étude, les scientifiques ont examiné le profil mutationnel de différentes variantes jusqu’à présent pour étudier l’émergence de la variante omicron. Ils ont identifié et acheté 477 génomes du SRAS-CoV-2 à partir du référentiel public, dont 130 génomes de la variante omicron.
Ils ont examiné 25 souches de COV alpha, bêta, gamma et delta et 25 souches de variants d’intérêt lambda et mu (VOI). Ces génomes ont été soumis à des études informatiques pour l’analyse phylogénétique et l’analyse mutationnelle. L’analyse phylogénétique révélera le parent le plus proche de la variante omicron. L’analyse mutationnelle révélera les changements dans le génome viral. Cela permettra de faire la lumière sur l’émergence et l’évolution de la variante omicron.
Ascendance commune des variantes lambda et omicron
La phylogénie basée sur le génome entier a montré deux phylogroupes principaux PG-I et PG-II. La souche de référence originale Wuhan-Hu-1, NC_045512.2 du SRAS-CoV-2 a été prise comme groupe externe. Le PG-I comprenait les COV gamma, bêta et delta ; le VOI mu et le variant sous surveillance (VUM) GH. Le PG-II comprenait les COV alpha et omicron et le VOI lambda. Cependant, sept souches de COV gamma ont été incluses dans PG-II, dont deux sont basales à PG-II formant son groupe externe, et cinq étaient davantage liées à la variante alpha.
L’une des souches VUM était éloignée du clade principal de VUM. Notamment, deux COV mortels, delta et omicron, appartenaient à des phylogroupes différents. Trois souches d’omicron isolées d’Italie formaient une sous-lignée diversifiée au sein de la population d’omicron et une souche d’omicron d’Allemagne était une souche d’omicron diversifiée. Ainsi, la phylogénie a montré qu’omicron partage une ascendance commune avec VOI lambda.
Mutations du variant omicron
Dans tous les génomes analysés, 24 189 mutations ont été détectées, dont 18 261 dans les génomes omicron. Sur ces 18 261 mutations, plus de 97 % se trouvaient dans la région codante et les autres se trouvaient dans la région extragénique du génome. Parmi les mutations du gène codant, 2 965 étaient des INDELS (insertions ou délétions) tandis que 14 738 étaient des changements de nucléotide unique constituant 11 995 mutations non synonymes et 2 743 mutations synonymes.
La protéine de pointe avait 10 658 mutations qui constituent environ 60% des mutations totales dans la région génomique codante. L’ARN polymérase dépendante de l’ARN avait 4 142 mutations. Le reste de la région codante avait 2903 mutations.
Quelle que soit leur origine géographique, la plupart des souches présentaient moins de dix mutations représentant une faible diversité intra-souche parmi les souches omicron. Omicron présentait plus de 55 mutations par rapport aux autres COV et VOI. Deux souches d’Italie et deux d’Afrique du Sud étaient les plus diversifiées parmi les génomes d’omicron.
Conclusion
Les variantes delta et omicron ne partagent pas une ascendance commune. La variante omicron partage une ascendance commune avec le VOI lambda. Il a évolué principalement à cause de mutations non synonymes.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
