Une étude récente publiée dans Emerging Infectious Diseases a fait état d’une épidémie impliquant Candida auris (C. auris) en Israël.
Étude: Éclosion nationale d’infections à Candida auris causées par des hospitalisations au COVID-19, Israël, 2021-2022. Crédit d’image : KaterynaKon/Shutterstock.com
Sommaire
Arrière-plan
C. auris est un agent pathogène fongique résistant aux médicaments et est devenu un agent causal d’épidémies nosocomiales au cours de la dernière décennie. En Israël, cinq cas de C. auris ont été signalés en 2014-2015.
Par la suite, des efforts de surveillance ont été lancés et les isolats cliniques ont été référés à un laboratoire national pour des tests supplémentaires. Bien que la surveillance ait indiqué une faible incidence, le nombre d’isolats a augmenté depuis janvier 2021.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont étudié les infections associées à C. auris en Israël pour examiner les caractéristiques microbiologiques et cliniques et identifier les facteurs à l’origine du changement épidémiologique. L’étude comprenait des établissements médicaux déclarant au moins un isolat clinique de C. auris de janvier 2014 à mai 2022.
L’équipe a obtenu des données sur les comorbidités, la démographie, l’exposition antérieure aux antimicrobiens, l’utilisation de la ventilation mécanique et l’infection par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) ou des agents pathogènes résistants aux médicaments. Les résultats cliniques comprenaient la durée d’hospitalisation et de soins intensifs, l’utilisation de la ventilation mécanique et la mortalité hospitalière.
L’amplification en chaîne par polymérase et le séquençage de l’espaceur interne transcrit (ITS) et des régions D1/D2 de l’ADN ribosomique ont été réalisés. La sensibilité aux médicaments antifongiques a été testée par microdilution en bouillon.
Les médicaments testés étaient le fluconazole, le voriconazole, l’anidulafungine, l’amphotéricine B et l’itraconazole. Un typage de séquence multi-locus a été effectué pour déterminer la parenté génétique entre les isolats.
Résultats
Au total, 209 C. auris isolats ont été signalés sur huit ans. Vingt-quatre patients ont été détectés entre mai 2014 et décembre 2020. Cependant, l’incidence des C. auris les infections ont grimpé en flèche en 2021, avec 120 cas, soit une multiplication par 30 par rapport à l’année précédente. Sur les 185 isolats identifiés à partir de janvier 2021, la plupart (93 %) provenaient de quatre hôpitaux (H1 – H4).
S1 rapporté 128 C. auris isole. Cultures répétées chez 152 patients indiqués C. auris colonisation pendant 14 jours. C. auris l’incidence en 2021-2022 correspondait à la flambée des cas de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19).
Surtensions dans C. auris les cas se sont produits en janvier-mars 2021, juin-novembre 2021 et janvier-mai 2022, synchrones avec les ondes Alpha, Delta et Omicron, respectivement.
La plupart C. auris les cas (88 %) de la vague Alpha avaient une infection par le SRAS-CoV-2, qui a diminué à 22 % et 6,2 % pendant les ondes Delta et Omicron, respectivement. L’équipe a tapé 22 C. auris isolats collectés avant décembre 2020 ; la plupart des isolats (82 %) appartenaient au clade IV, suivi des clades III et II, et sur les 43 isolats typés à partir de 2021, 24, 11 et huit appartenaient respectivement aux clades III, IV et I.
Les taux de sensibilité aux antifongiques étaient de 15,6 %, 79,6 %, 86,4 %, 98 % pour le fluconazole, le voriconazole, l’amphotéricine B et l’anidulafungine, respectivement. Vingt et un isolats étaient résistants au fluconazole et à l’amphotéricine B, tandis que deux étaient résistants à l’anidulafungine, à l’amphotéricine B et au fluconazole. Tous les isolats du clade III étaient résistants au fluconazole comparativement à 63 % des isolats restants.
Au total, 177 cas avaient des données cliniques disponibles ; 30 % souffraient de démence et la moitié présentaient une déficience fonctionnelle. Une ventilation mécanique était nécessaire pour 78 % des patients. Plus de la moitié des patients étaient porteurs ou infectés par d’autres agents pathogènes. COVID-19 a été documenté chez 41 patients avant de contracter C. auris dans le même hôpital, dont beaucoup (73 %) souffraient d’une maladie grave.
La moitié des patients COVID-19 ont reçu du remdesivir et presque tous ont reçu des corticostéroïdes. Il n’y avait aucune différence dans l’utilisation de la ventilation mécanique par rapport au statut COVID-19. Cependant, les patients COVID-19 avaient des taux de démence plus faibles, moins de comorbidités et un meilleur état fonctionnel au départ.
Au total, 70 décès à l’hôpital sont survenus. Les chercheurs ont en outre évalué C. auris évolution de l’épidémie dans trois hôpitaux (H1 – H3).
L’infection fongique a été détectée pour la première fois chez des patients COVID-19 sous ventilation mécanique en H1, suivis de patients ventilés mécaniquement non-COVID-19. Il y avait une tendance similaire dans H2 mais dans une moindre mesure. En H3, l’infection fongique a été principalement détectée chez les patients sous ventilation mécanique, quel que soit le COVID-19.
conclusion
L’étude a fait état d’une C. auris infection et colonisation dans les hôpitaux israéliens. Une multiplication par 30 de l’incidence annuelle de C. auris infections ont été observées en 2021.
Les clades I et III ne circulaient pas en Israël avant 2021, suggérant des événements d’importation. Le COVID-19 et la ventilation mécanique ont été identifiés comme les moteurs de la crise actuelle associée aux soins de santé. C. auris dissémination.
Les efforts de surveillance et les mesures de contrôle des infections doivent se poursuivre, en se concentrant sur les patients critiques nécessitant une ventilation mécanique.
