Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur, une équipe de chercheurs a étudié comment la concentration d’antigènes et la charge virale dans différents types d’échantillons affectaient les performances des tests de diagnostic rapide (TDR) du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2).
Sommaire
Arrière plan
Comprendre la concentration d’antigène et la dynamique de la charge virale dans différents types d’échantillons peut éclairer la performance des TDR à travers les stades d’infection et les scénarios d’utilisation de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19). Ces deux variables, la concentration en antigène de la nucléocapside (N) et les charges virales varient selon les différents types d’échantillons et entre les individus. De plus, les charges virales relatives varient en fonction de la variante du SRAS-CoV-2 et du statut vaccinal.
L’amplification en chaîne par transcriptase inverse-polymérase (RT-PCR) reste l’étalon-or pour la détection du SRAS-CoV-2 dans les échantillons d’écouvillonnage nasopharyngé (NPS), quelle que soit la source de l’échantillon pour le test d’index. La concentration d’antigène dans la cavité buccale ou nasale échantillonnée et les copies virales dans les échantillons NPS ont limité la comparaison des performances du TDR par rapport à la RT-PCR. Pourtant, les performances des TDR ont été comparées à celles de la RT-PCR au cours des premières phases de la pandémie de COVID-19 à des fins réglementaires.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont présenté les résultats des mesures de concentration d’antigène de référence sur des échantillons prélevés pour une étude menée à Porto Velho, au Brésil, en 2021 pour déterminer les corrélations entre la concentration d’antigène et la charge virale sur les performances des TDR.
L’étude a inclus 214 contacts âgés de 12 ans et plus et avec différents statuts vaccinaux, avec des expositions récentes à des cas confirmés de COVID-19. Ils ont mesuré la concentration d’antigène dans le NPS, les écouvillons de narines antérieures (ANS) et les échantillons de salive. Par la suite, ils ont effectué une RT-PCR sur les échantillons de NPS et de salive. De même, ils ont effectué deux TDR sur des échantillons de SNA et un sur des échantillons de salive.
Résultats de l’étude
La concentration en antigène NPS correspondait à la charge virale NPS et la concentration en antigène salivaire mesurée dans les échantillons de salive était corrélée au seuil de cycle (CJ) valeurs du test SalivaDirect. Cependant, les concentrations d’antigène dans les échantillons de SNA et de salive n’étaient pas corrélées avec la charge virale mesurée dans les échantillons de NPS des mêmes participants à l’étude. Les résultats ont confirmé des concentrations d’antigène plus élevées dans les cas symptomatiques par rapport aux cas asymptomatiques et oligosymptomatiques dans les trois types d’échantillons. Les niveaux globaux d’antigènes inférieurs observés dans la salive dans cette étude suggèrent que les RAT actuellement utilisés ne sont pas suffisamment sensibles pour tirer parti de cette opportunité de détection précoce de l’infection par le SRAS-CoV-2.
La population étudiée couvrait les cas symptomatiques, asymptomatiques et oligosymptomatiques. De même, les échantillons d’étude avaient une faible charge virale et de faibles concentrations d’antigènes. De plus grands ensembles de données de mesures appariées de la charge virale et de la concentration d’antigènes dans différents types d’échantillons, variantes et différentes populations d’étude peuvent améliorer la capacité de prédire les performances des tests de détection d’antigènes dans différents scénarios et cas d’utilisation.
Cette étude a montré que des résultats discordants sont possibles si la source de l’échantillon pour le TDR est différente de l’échantillon utilisé pour mesurer la charge virale par RT-PCR. Au sein d’un type d’échantillon, la concentration d’antigène et les performances du test de détection basé sur l’antigène peuvent être liées à la charge virale. Des résultats discordants entre la RT-PCR sur des échantillons NPS et les TDR effectués sur ANS pourraient donc être attribuables aux valeurs de concentration d’antigène. Ces résultats élucident également les différences de performances observées pour les tests SARS-CoV-2 sur différents types d’échantillons.
conclusion
L’étude actuelle a montré l’intérêt de comprendre la dynamique sous-jacente de la concentration d’antigènes et sa relation avec la charge virale dans différents types d’échantillons pour informer et prédire les performances des TDR dans les paramètres, les variantes du SRAS-CoV-2 et les cas d’utilisation.
Les échantillons de salive ont des concentrations d’antigènes plus faibles, de sorte que les tests utilisant des échantillons de salive nécessitent une plus grande sensibilité analytique pour atteindre une sensibilité clinique comparable aux échantillons nasaux. La dynamique des antigènes dans différents types d’échantillons observés dans la progression de la maladie du SRAS-CoV-2 soutient l’utilisation des TDR dans les échantillons nasaux. Pour résumer, la limite de détection analytique des TDR pourrait aider à prédire la performance des TDR dans les populations pour lesquelles la concentration d’antigène est connue.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
