Les foyers de soins courent un risque élevé d’épidémies de COVID-19, la maladie causée par le SRAS-CoV-2. Les personnes âgées et les personnes touchées par les maladies cardiaques, les maladies respiratoires et le diabète de type 2 – qui augmentent tous avec l’âge – courent le plus grand risque de maladie grave et même de décès, ce qui rend la population des foyers de soins particulièrement vulnérable.
Les établissements de soins sont connus pour être des milieux à haut risque de maladies infectieuses, en raison d’une combinaison de la vulnérabilité sous-jacente des résidents qui sont souvent fragiles et âgés, du milieu de vie partagé avec plusieurs espaces communs et du nombre élevé de contacts entre les résidents et le personnel. et les visiteurs dans un espace clos.
Dans une recherche publiée dans eLife, une équipe dirigée par des scientifiques de l’Université de Cambridge et du Wellcome Sanger Institute a utilisé une combinaison de séquençage du génome et d’informations épidémiologiques détaillées pour examiner l’impact du COVID-19 sur les maisons de soins et pour voir comment le virus se propage dans ces contextes.
Le SRAS-CoV-2 est un virus à ARN et, en tant que tel, son code génétique est sujet aux erreurs à chaque fois qu’il se réplique. On estime actuellement que le virus mute à raison de 2,5 nucléotides (les A, C, G et U de son code génétique) par mois. La lecture – ou «séquençage» – du code génétique du virus peut fournir des informations précieuses sur sa biologie et sa transmission. Il permet aux chercheurs de créer des «arbres généalogiques» – connus sous le nom d’arbres phylogénétiques – qui montrent comment les échantillons sont liés les uns aux autres.
Les scientifiques et les cliniciens de Cambridge ont été les pionniers de l’utilisation du séquençage du génome et des informations épidémiologiques pour retracer les épidémies et les réseaux de transmission dans les hôpitaux et les établissements de soins de santé communautaires, contribuant ainsi à informer les mesures de contrôle des infections et à briser les chaînes de transmission. Depuis mars 2020, ils appliquent cette méthode au SARS-CoV-2 dans le cadre du consortium COVID-19 Genomics UK (COG-UK).
Dans cette nouvelle étude, les chercheurs ont analysé des échantillons prélevés sur 6600 patients entre le 26 février et le 10 mai 2020 et testés au laboratoire de Public Health England (PHE) à Cambridge. Sur tous les cas, 1 167 (18%) étaient des résidents de maisons de soins de 337 maisons de soins, dont 193 étaient des maisons d’hébergement et 144 maisons de soins infirmiers, la majorité dans l’est de l’Angleterre. L’âge médian des résidents des foyers de soins était de 86 ans.
Alors que le nombre médian de cas par foyer de soins était de deux, les dix foyers de soins comptant le plus grand nombre de cas représentaient 164 cas. Il y avait une légère tendance pour les maisons de soins infirmiers à avoir plus de cas par maison que les maisons d’hébergement, avec une médiane de trois cas.
Comparativement aux résidents des foyers non hospitalisés admis à l’hôpital avec le COVID-19, les résidents des foyers de soins hospitalisés étaient moins susceptibles d’être admis dans des unités de soins intensifs (moins de 7% contre 21%) et plus susceptibles de mourir (47% contre 20%) .
Les chercheurs ont également exploré les liens entre les maisons de soins et les hôpitaux. 68% des résidents des foyers de soins ont été admis à l’hôpital pendant la période d’étude. 57% ont été admis avec le COVID-19, 6% des cas avaient une suspicion d’infection nosocomiale et 33% ont quitté l’hôpital dans les 7 jours suivant un test positif. Ces résultats mettent en évidence les nombreuses possibilités de transmission du SRAS-CoV-2 entre les hôpitaux et les établissements de soins.
Lorsque les chercheurs ont examiné les séquences virales, ils ont constaté que pour plusieurs des maisons de soins avec le plus grand nombre de cas, tous les cas étaient regroupés étroitement sur un arbre phylogénétique avec des génomes identiques ou une seule différence de paires de bases. Cela correspondait à la propagation d’une seule éclosion au sein de la maison de soins.
En revanche, pour plusieurs autres maisons de soins, les cas étaient répartis dans l’arbre phylogénétique, avec des différences génétiques plus répandues, suggérant que chacun de ces cas était indépendant et non lié à une source de transmission partagée.
«Les personnes âgées, en particulier celles des maisons de retraite qui peuvent être fragiles, sont particulièrement exposées au COVID-19, il est donc essentiel que nous fassions tout notre possible pour les protéger», a déclaré le Dr Estée Török, consultante honoraire à l’hôpital Addenbrooke, Cambridge Hôpitaux universitaires (CUH) et chercheur principal honoraire à l’Université de Cambridge.
« La prévention de l’introduction de nouvelles infections dans les maisons de soins devrait être une priorité clé pour limiter les flambées, parallèlement aux efforts de contrôle des infections pour limiter la transmission dans les maisons de soins, y compris une fois qu’une épidémie a été identifiée. »
L’équipe a trouvé deux grappes liées aux travailleurs de la santé. L’un d’eux impliquait des résidents de la maison de soins, un soignant de cette maison et un autre d’une maison de soins inconnue, des ambulanciers paramédicaux et des personnes vivant avec eux. La seconde impliquait plusieurs résidents de foyers de soins et le personnel médical de courte durée des hôpitaux universitaires de Cambridge NHS Foundation Trust qui s’occupait d’au moins un des résidents. Il n’a pas été possible de dire d’où provenaient ces grappes et comment le virus s’est propagé.
L’utilisation de cette technique de «surveillance génomique» peut aider les institutions telles que les maisons de soins et les hôpitaux à mieux comprendre les réseaux de transmission qui permettent la propagation du COVID-19. Cela peut ensuite éclairer les mesures de contrôle des infections, contribuant à garantir que ces lieux sont aussi sûrs que possible pour les résidents, les patients, le personnel et les visiteurs. «
Dr William Hamilton, Université de Cambridge et CUH
Le nombre absolu de cas de COVID-19 diagnostiqués chez les résidents des foyers de soins a diminué plus lentement en avril que chez les non-résidents des foyers de soins, augmentant la proportion de cas provenant des foyers de soins et contribuant à la lente diminution du nombre total de cas en avril et au début. Mai 2020.
<< Nos données suggèrent que la transmission dans les foyers de soins était plus résistante aux mesures de verrouillage que dans les foyers autres que les foyers de soins. Cela peut refléter la vulnérabilité sous-jacente de la population des foyers de soins et les problèmes de contrôle des infections liés aux soins infirmiers à plusieurs résidents qui peuvent également partager des espaces de vie communs, », a déclaré Gerry Tonkin-Hill du Wellcome Sanger Institute.
L’équipe n’a trouvé aucune nouvelle lignée virale en dehors du Royaume-Uni, ce qui pourrait refléter le succès des restrictions de voyage en limitant les nouvelles introductions virales dans la population générale au cours de la première vague épidémique et de la période de verrouillage.
La source:
Référence du journal:
Hamilton, WL, et coll. (2021) Épidémiologie génomique du COVID-19 dans les maisons de retraite de l’est de l’Angleterre. eLife. doi.org/10.7554/eLife.64618.