Une étude publiée plus tôt cette année affirmant que le coronavirus peut avoir sauté des chiens aux humains est scientifiquement erronée, n'offrant aucune preuve directe pour étayer ses conclusions, selon un groupe collaboratif de chercheurs internationaux, y compris des scientifiques du campus médical Anschutz de l'Université du Colorado.
Pendant cette période de Covid-19, nous voyons des gens publier des choses qui font des bonds fous vers des conclusions qui ne sont pas justifiées par les preuves, et cela semble être l'un d'entre eux. «
David Pollock, PhD, professeur, Biochimie et génétique moléculaire, École de médecine, Université du Colorado
Pollock et Todd Castoe, ancien élève de CU Anschutz, professeur agrégé de biologie à l'Université du Texas à Arlington, sont les principaux auteurs d'une lettre universitaire publiée cette semaine dans Biologie moléculaire et évolution visant à réfuter l'étude antérieure publiée dans la même revue.
Pollock et ses co-auteurs, dont la doctorante Kristen Wade et sa collègue Elizabeth Carlton, PhD, MPH, professeur adjoint à la Colorado School of Public Health de CU Anschutz, ont contesté l'étude d'avril 2020 du professeur de biologie Xuhua Xia de l'Université. d'Ottawa au Canada.
De nombreux scientifiques s'intéressent aux origines du nouveau coronavirus. Le désir de savoir de quel hôte le virus du SRAS-CoV-2, responsable de Covid-19, est venu avant de passer de l'animal à l'homme.
La manière classique de résoudre ce problème consiste à trouver des virus avec des séquences génomiques similaires dans un hôte animal particulier. Xia, cependant, s'est concentré sur une caractéristique du génome du coronavirus connu sous le nom de contenu CpG, et a constaté qu'un coronavirus de chien apparenté à distance avait un contenu CpG similaire à SARS-CoV-2.
Parce que ce virus éloigné s'est bien répliqué dans le tube digestif du chien, il a conclu que les intestins d'un chien étaient l'endroit idéal pour avoir affecté la teneur en CpG du SARS-CoV-2 ancestral.
« Cependant, il n'y a aucune preuve pour la prémisse logique de l'argument de Xia, considérant que tous les mammifères ont des voies digestives », ont écrit les chercheurs.
Ils ont montré que les chiens ne sont pas spéciaux dans leur contenu en protéines ZAP et ABOBEC3G, qui aident à protéger les humains contre les virus et peuvent interagir avec le contenu viral CpG.
« De plus, une récente étude sur l'inoculation a révélé que, bien que d'autres hôtes mammifères domestiques soient très sensibles au SARS-CoV-2, les canines présentaient une faible sensibilité et aucune trace d'ARN viral n'était détectable dans les organes d'un chien », ont écrit les scientifiques.
Pollock et ses collègues ont déclaré que, bien que l'origine récente du SRAS-CoV-2 soit incertaine, les meilleures preuves actuelles laissent probablement à penser qu'il a été transmis aux humains par des chauves-souris en fer à cheval ou peut-être des pangolins, une sorte de fourmilier épineux en Chine. Il existe des preuves solides que le virus a récemment sauté entre les humains et ces animaux ou d'autres hôtes intermédiaires.
Les virus des chauves-souris et des pangolins ont également une teneur en CpG similaire à celle du SRAS-CoV-2 humain, de sorte que l'environnement qui a affecté les CpG viraux a dû se produire il y a longtemps et peut-être chez l'un de ces deux mammifères. Ils ont noté qu'il existe des signes d'événements de recombinaison antérieurs parmi les virus divergents. Cela suggère qu'au fil des ans, des parents de coronavirus trouvés dans des chauves-souris et des pangolins se sont mélangés et mutés pour donner naissance au SRAS-CoV-2.
La proposition selon laquelle les chiens étaient probablement des ancêtres récents du SRAS-CoV-2 n'est pas justifiée par les preuves disponibles, ont conclu les chercheurs.
« Xia n'a pas démontré que la faible fréquence CpG dans le génome du SRAS-CoV-2 était due à un environnement sélectif unique dans les voies digestives des chiens », ont écrit les auteurs. « Les chiens ne sont pas plus plausibles que la plupart des autres espèces hôtes potentielles, et sur la base des données actuelles, beaucoup moins plausibles que les chauves-souris ou les pangolins. »
Pollock a déclaré que déterminer comment le virus a sauté des animaux aux humains est essentiel pour se préparer à la prochaine pandémie.
Même ainsi, a-t-il dit, au milieu d'une pandémie, les résultats scientifiques peuvent être sur-interprétés et utilisés à mauvais escient, conduisant à un détournement de ressources et d'efforts. Plutôt que de promouvoir les spéculations d'une étude basée sur des preuves faibles, a-t-il noté, il vaut mieux admettre l'incertitude. Sinon, la communauté scientifique a l'obligation de répondre.
« Compte tenu des ramifications, les scientifiques doivent être particulièrement prudents dans l'interprétation des résultats et éviter de se précipiter vers des conclusions qui ne sont pas bien étayées par des preuves solides », a déclaré le co-auteur principal Castoe. « Nous devons bien faire les choses. »
La source:
Campus médical d'Anschutz de l'Université du Colorado
Référence de la revue:
Pollock, D. D., et al. (2020) La carence virale en CpG ne fournit aucune preuve que les chiens étaient des hôtes intermédiaires pour le SRAS-CoV-2. Biologie moléculaire et évolution. doi.org/10.1093/molbev/msaa178.
